Неизвестные белки



До завершения российской части проекта «Протеом человека» осталось понять функцию всего 14 белков, закодированных на хромосоме 18 человека. Они точно транслируются в тканях или в клеточных линиях, но зачем они нужны – неясно. Function unknown… Назвали такие белки uPE1 –Protein Evidence Level 1, то есть виден на протеомном уровне и масс-спектрометрией, и иммуногистохимией, а функция «u» означает “Unknown”.


Самый крупный белок 867 а.о. (102,0 кДА) Coiled-coil domain-containing protein 178. Самый маленький — гепатитный HBV X-transactivated gene 13 protein (C18orf21), всего 220 а.о. Каждый белок просто испещрен вариантами замен аминокислотных остатков, из dbSNP и из COSMIC.


Краткие характеристики и ссылки на базу данных NextProt:


1) A6NKL6 621 а.о. По InterPro нет ни гомологов, ни доменного сходства ни с чем. трансмембранный белок TMEM 200С. 8 сайтов фосфорилирования по www.phosphosite.org Есть совпадение сигнатуры с PANTHER PTHR31815 / белок DUF 2371
2) Q0P6D2 419 а.о., 22 первых в цитоплазме, 23-43 трансмембранный домен, мотив ER retention Ген FAM69C* Кожа, мышцы, эритропоэтические клетки (костный мозг)
3) Q15846

466 а.о. – первые 20 – сигнальный пептид


5 пептидов идентифицировано шотган протеомикой, 6 — таргетной

CLUL 1 Retinal-specific clusterin-like protein* Найден в адипоцитах, миоцитах, фибробластах и меланоцитов кожи, а также в печени
4) Q32NC0 220 а.о. две изоформы, одна короче другой примерно в 2 раза (132 а.о.)

HBV X-transactivated gene 13 protein *


C18orf21 gene

6 физически взаимодействующих белков партнеров, включая регулятор апоптоза и убиквитинилирования
5)

Q5BJE1 867 а.о., 4 изоформы, покороче на 30-50 а.о. 57 курируемых публикаций в NextProt(в основном онкогеномика) pI =6.34 Coiled-coil domain-containing protein 178, 9 SAP ассоциированныхсонкопатологиямипоCOSMIC Почки, пузырь, простата, яички, яичники, пищеварительная система. Только МС ( shotgun/SRM), без иммуногистохимии

6)


Q68D86


513
а.о. – Изоформа 1, 483 а.о. – Изоформа 2


pI = 5.79


Coiled-coil domain-containing protein 102B, 1 фосфосерин


Кожа, соед. ткань, хондроциты, адипоциты – подтверждено ИГХ. Желчный проток


7)


Q68DL7


685 а.о., по ИнтАкт взаимодействует с JUN – транскрипционным фактором, pI = 9.83


Uncharacterized protein C18orf63, к STRING из NextProt ведет « битая » ссылка


ИммунноГХ = по нулям, ао РНА-сек представлен в разных тканях





Следующие 7 белков из 14-ти по физико-химическим характеристикам и по числу изоформ. Тут два белка просто запредельных размеров один под 2 тыс. остатков (GREB1L — Growth regulation by estrogen in breast cancer 1-like protein), второй – более тысячи (RAB11-binding protein RELCH/ RAB11 binding and LisH domain, coiled-coil and HEAT repeat-containing):


п/п
NextProt ID MW, кДа/a.o. pI Изоформ а.о. в min изоформе Коммент
8) Q8N2U9 30,5/271 8,34 3 132 PQLC1
9) Q8N584 65,9/583 6,59 3 76 TTC39C
10) Q8N6D5 32,4/301 9,46 2 268 ANKRD29
11) Q96ND0 30,8/272 9,77 1 n/a (272) Muscle & Bone
12) Q96RT6 85,3/745 5,85 1 n/a (745) cTAGE-2
13) Q9C091 214,4/1923 6,18 3 747 GREB1L, brst. canc.
14) Q9P260 134,6/1216 5,28 2 1250 RELCH, RAB11-binding



Если вдруг найдутся желающие взять себе один или несколько белков под информационный или экспериментальный анализ, напишите, пожалуйста, Ольге Киселевой: olly.kiseleva@gmail.com.