Российский журнал

ISSN 0042-8809

Главное меню  ׀  Редакционная коллегия ׀  Международный редакционный совет  ׀  Основные направления ׀   Содержания и рефераты  ׀  Правила для авторов ׀  Подписка

Выпуск:
Том 53, Выпуск 5

Название: КОМПЬЮТЕРНОЕ КОНСТРУИРОВАНИЕ ПОЛИКЕТИДОВ С ЗАДАННЫМИ СВОЙСТВАМИ.

Авторы: А.П. Сергейко¹*, А.В. Степанчикова¹, Б.Н. Соболев¹, С.Б. Зотчев², А.А. Лагунин¹, Д.А. Филимонов¹, В.В. Поройков¹

Адрес:

1. ГУ НИИ биомедицинской химии им. В.Н. Ореховича РАМН, 119121, Москва,  ул. Погодинская, д. 10; тел.: (495) 247-30-29, эл.почта: sergeikonp@mail.ru;

2. Норвежский университет наук и технологий, г. Тронхейм, Норвегия.

Реферат:

Предложен подход к рациональному конструированию новых поликетидов с заданным спектром биологической активности. Разработана компьютерная программа BioGenPharm, которая на основе заданных пользователем входных параметров генерирует комбинаторные         библиотеки поликетидов, осуществляет прогноз спектра биологической активности для сгенерированных структур и отбор среди них молекул с требуемыми свойствами. Для прогноза спектра биологической активности поликетидов использовался алгоритм PASS (http://www.ibmc.msk.ru/PASS). Оценка его прогностической способности для предсказания биологической активности поликетидов была выполнена на тестовой выборке, содержащей 242 природных макролида из базы данных Dictionary of Natural Products. Она показала, что средняя точность прогноза составляет 75,5%. Рассмотрена проблема выбора пороговых значений вероятности наличия активности (Ра), обеспечивающих оптимальные сочетания таких параметров как чувствительность, специфичность и согласие, характеризующих качество прогноза. В качестве примера применения описанного метода была сгенерирована виртуальная библиотека аналогов эритромицина и отобраны вещества, для которых снижена вероятность гепатотоксического действия.

Ключевые слова: поликетиды, макролиды, виртуальная библиотека, поликетидсинтазы, прогноз биологической активности, отбор веществ с заданными свойствами.

[Back]