РЕЗУЛЬТАТЫ

По результатам транскриптомного профилирования хромосомы 18 показана высокая корреляция между значениями RPKM, полученными на платформе SOLiD (1) и Illumina (1,2,3) (R2 = 0.82).

Анализ мастерных белков, кодируемых хромосомой 18, проводили с использованием одного или двух протеотипических пептидов. Содержание белка в образце определяли методом внешней калибровки с использованием синтетических легких пептидов, а также пептидов, содержащих изотопную метку (Leu-6C131N15). МРМ-спектры получены для 269 белков (более 90% всех мастерных белков хромосомы 18), при этом с высокой степенью надежности детектированы и измерены 164 белка в деплетированной плазме крови человека, 186 и 171 белок в клетках печени и клеточной линии HepG2, соответственно.

  • Проведено траснкриптомное и протеомное профилирование продуктов экспрессии генов хромосомы 18 человека в трех типах биоматериала (Zgoda et al., 2013; Ponomarenko et al., 2014)
  • Разработан метод детекции ультра-низкокопийных белков, позволяющий проводить измерения с чувствительностью до 10-18 M (по БСА) (Kopylov et al., 2013).
  • Сравнительный анализ хромосом человека на основе постгеномных данных показал минимальные различия между хромосомами. Для российской части проекта выбрана хромосома 18 по оптимальному соотношению количества белок-кодирующих генов и их медицинской значимости (Ponomarenko et al., 2012)
  • На основе результатов транскриптомного профилирования создан каталог сплайс-вариантов белков (Shargunov et al., 2013) и описана потенциальная значимость исследования протеоформ для диагностики (Lisitsa et. al., 2014).
  • Разработана технология анализа интерактома с использованием направленного молекулярного фишинга (Ivanov et al., 2014).
  • Проведен сравнительный анализ уровня экспрессии транскриптов в клетках ткани печени и клеточной линии HepG2 влияния (Tyakht et al., 2014).
  • Создана геноцентричная база знаний для сравнения визуализированных в виде тепловых карт полученных экспериментальных результатов с ранее опубликованными данными (Poverennaya et al., 2014).