Отдел протеомных исследований и масс-спектрометрии
- Лаборатория системной биологии
- Лаборатория межмолекулярных взаимодействий
- Лаборатория масс-спектрометрической метаболомной диагностики
- Лаборатория фармакопротеомики
- Группа масс-спектрометрии
- Группа транскриптомного анализа

Отдел персонализированной медицины
- Лаборатория медицинской протеомики
- Лаборатория клеточной биологии
- Лаборатория нанобиотехнологии
- Лаборатория биоэлектрохимии


Отдел нанолекарств
- Лаборатория фосфолипидных нанолекарств и транспортных систем
- Лаборатория пептидной инженерии
- Научно-производственный участок
Отдел биоинформатики
- Лаборатория анализа постгеномных данных
- Лаборатория структурно-функционального конструирования лекарств
- Лаборатория структурной биоинформатики
- Лаборатория параллельных вычислений и информационных технологий

Научные лаборатории
- Лаборатория биохимии и химической патологии белков
- Лаборатория биосинтеза белков
- Лаборатория медицинской биотехнологии
- Лаборатория микросомального окисления
- Лаборатория синтеза физиологически активных соединений
- Лаборатория экобиотехнологии