Лаборатория структурно-функционального конструирования лекарств

О лаборатории
Сотрудники
Проекты
Результаты
Публикации
Партнеры
Статистика научной деятельности

Другие лаборатории

ПРОЕКТЫ

Текущие проекты

  1. Анализ механизмов резистентности ВИЧ-1 к ингибиторам обратной транскриптазы и протеазы методами био- и хемоинформатики для оптимизации терапии пациентов с ВИЧ/СПИД (грант РНФ № 17-75-10187).
  2. Оценка побочного действия комбинаций лекарственных соединений на сердечно-сосудистую и гепатобилиарную системы с использованием методов биоинформатики (грант РНФ № 17-75-10168).
  3. Прогноз межлекарственного взаимодействия для рационального применения лекарственных средств (грант РНФ № 17-75-20250).
  4. Исследование химико-биологического пространства очень больших баз данных потенциально синтезируемых соединений с целью поиска новых веществ с анти-ВИЧ активностью (грант РФФИ № 17-54-30015-НИЗ_а).
  5. Идентификация фитокомпонентов лекарственных растений традиционной индийской медицины для эффективного лечения деменции на основе сетевой фармакологии (грант РФФИ № 16-54-45016)
  6. Подход к репозиционированию лекарств для социально-значимых и редких заболеваний, основанный на знаниях (грант РНФ № 16-45-02012)
  7. Интегральная оценка токсичности ксенобиотиков с учётом их метаболизма в организме человека изоформами 3A4, 2C9, 2C19, 2D6, 1A2 цитохрома P450 (грант РНФ № 14-15-00449)
  8. Интегральная оценка молекулярных механизмов гепатотоксичности лекарственных соединений с использованием методов биоинформатики(грант РФФИ № 16-34-01077)
  9. Роль единичных аминокислотных остатков в формировании функциональной специфичности белков(грант РФФИ № 16-04-00491)

Завершенные проекты

  1. Поиск селективных ингибиторов серин/треониновой протеинкиназы Nek6 путем компьютерной оценки взаимодействия химических соединений с киномом человека(грант РФФИ № 16-34-01243)
  2. Преодоление резистентности к ингибиторам обратной транскриптазы ВИЧ-1 (грант РФФИ № 16-34-60187)
  3. Исследование субстратной специфичности цитохромов Р450, участвующих в синтезе стероидных гормонов (грант РФФИ № 13-04-01668).
  4. Компьютерный дизайн и биологическое тестирование новых соединений для профилактики и терапии ВИЧ/СПИД (грант РФФИ № 13-04-91455-НИЗ_а).
  5. Компьютерный дизайн в синтезе новых биологически активных соединений (грант РФФИ № 13-04-9042513).
  6. Система поддержки сетевых научных исследований взаимосвязей «молекулярная структура – биологическая активность» с использованием Интернет» (грант РФФИ № 12-07-00597-а).
  7. Прогноз сайтов метаболизма с использованием информации о структурных формулах ксенобиотиков (грант РФФИ № 12-04-31670-мол_а).
  8. Разработка экспериментально-вычислительной системы для прогнозирования динамики и выявления ключевых факторов патогенеза опухолевых заболеваний и использования их для диагностики и лечения (грант Министерства образования и науки № 14.512.11.0093).
  9. Разработка рабочей версии программы для прогноза эффектов при блокировании комбинаций белков/генов в регуляторных сетях (Договор № 1/2013 c ФГУП «НИИПА»).
  10. Определение посттрансляционных модификаций белков человека на основе локального сходства аминокислотных последовательностей (грант Министерства образования и науки № 8274).
  11. Компьютерное исследование скрытого потенциала традиционной Индийской медицины и его фармакологическая валидация (грант РФФИ № 11-04-92713-Инд_а).
  12. Виртуальный скрининг и биологическое тестирование анти-ВИЧ микробицидов (грант РФФИ/NIH № 12-04-91445-НИЗ_А).
  13. Оптимизация методов идентификации генных кластеров, определяющих биосинтез вторичных метаболитов в бактериях (грант МФТИ № RU.55229907.00160).
  14. Прогноз функциональной специфичности белков на основе аминокислотных последовательностей и структуры лигандов. (грант РФФИ 09-04-01281-а).
  15. Развитие, разработка, принятие и реализация КССА (количественный связи структура-активность) моделей в токсикологии FP7 Project # 200787 (Promotion, development, acceptance and implementation of QSARs (quantitative structure-activity relationship) for toxicology).
  16. От регуляторных генных сетей к предсказанию лекарств - Net2Drug (совместно с рядом организаций из Германии, России, Финляндии, Швеции, Испании, Италии; грант ЕС FP6 № LSHB-CT-2007-037590).
  17. Развитие и применение КССА моделей токсичности химических соединений по отношению к грызунам. Грант МНТЦ № 3777 (Development and Application of QSAR Rodent Toxicity Models for Chemical Compounds)
  18. Компьютерное прогнозирование потенциальных канцерогенов на основе структурной формулы химических соединений (совместно с Шанхайским институтом органической химии, грант РФФИ 06-03-39015-ГФЕН_а).
  19. Компьютерный поиск новых ингибиторов интегразы ВИЧ-1 (совместно с Национальным раковым институтом, США, грант МНТЦ № 3197).
  20. Компьютерное предсказание ферментативного профиля биотрансформации и сайтов С-Гидроксилирования для лекарственно-подобных веществ в организме человека (партнер: Корейский институт науки и технологий – KIST; грант МФТИ № DPG.55229907.00106).
  21. Компьютерный прогноз сайтов метаболизма экзогенных веществ на основе комбинирования квантохимических и статистических алгоритмов (совместно с ИОНХ РАН, грант в рамках Программы РАН «Биомолекулярная и медицинская химия»).
  22. Лицензионное соглашение на использование компьютерной программы PASS фирмой «НовоНордиск, Дания».
  23. Прогнозирование биологической активности веществ по запросам заказчика (Соглашение с фирмой «Тева», Израиль).
  24. Изучение возможностей Германско-Российского сотрудничества в области био- и хемоинформатики (Соглашение с фирмой «БиоБаза», Германия).
  25. Построение исчерпывающей модели клеточного цикла млекопитающих в нормальном и патологическом состояниях для предсказания потенциальных противоопухолевых веществ, действующих на ключевые мишени (совместно с КТВТ СО РАН, Новосибирск; фирмой «Биобаза», Германия; и Институтом биомедициских технологий, Италия; грант ИНТАС № 03-55-5218).
  26. Компьютерное предсказание биотрансформации лекарственно-подобных веществ в организме человека (партнер: Корейский институт науки и технологий – KIST; грант МФТИ № DPG.55229907.00190).
  27. Поддержка и развитие Интернет-ресурса для прогнозирования спектра биологической активности химических соединений (грант РФФИ № 05-07-90123).
  28. Определение функциональной специфичности белков вновь идентифицируемых патогенных микроорганизмов на основе сравнительного анализа аминокислотных последовательностей (грант РФФИ № 04-04-49390а).
  29. Компьютерное прогнозирование и отбор веществ, перспективных для создания новых лекарств (совместно с УПИ в рамках гранта РФФИ № 05-03-08077 офи-а).
  30. Компьютерный прогноз взаимодействия лекарств (Государственный контракт ФАНИ № 02.442.11.7430).
  31. Создание пакета прикладных программ для оценки токсичности химических соединений (Государственный контракт с Роснаукой № 02.434.11.1014).
  32. Структурные элементы, ответственные за проявления функции в семействах ферментов (грант РФФИ 01-04-48710).
  33. Гепатит С: создание специализированного портала по молекулярно-биологическим и медико-социальным аспектам проблемы (гранты РГНФ № 04-06-12019 и № 02-06-12003б).
  34. Идентификация перспективных мишеней действия новых лекарственных препаратов на основе реконструкции генных сетей (совместно с ИЦиГ СО РАН в рамках госконтракта с Роснаукой).
  35. Разработка веб-ориентированной системы, для решения задач молекулярного моделирования с использованием технологий распределенных вычислений (совместно с НИВЦ МГУ в рамках госконтракта с Роснаукой).
  36. Компьютерный поиск аналогов биологически активных веществ в базах данных и прогнозирование их биологической активности (Договор с ОАО Московский завод «ДИОД»).
  37. Разработка пилотной версии компьютерной программы BIOGENPHARM (соглашение с фирмой «BioSergen», Норвегия).
  38. Разработка компьютерной программы MacroPASS (совместно с Норвежским университетом науки и технологий, грант Исследовательского фонда Норвегии №165190/V40 “Создание новых биологически активных молекул с применением комбинированных подходов биоинформатики и генной инженерии”).
  39. Лицензионное соглашение на использование компьютерных программ PASS и PharmaExpert (фирма «BioSergen», Норвегия).
  40. Разработка программы BIOGENERATOR для генерации виртуальных библиотек макролидов на основе манипуляций in silico с поликетидсинтазами (соглашение с фирмой “Sinvent AS”, Норвегия).
  41. Отставленная нейротоксичность. Ранняя диагностика и внеэкспериментальное прогнозирование (совместно с ГНЦ "ГОСНИИОХТ", грант МНТЦ № 574).
  42. Компьютерное конструирование, синтез и тестирование новых анксиолитиков, ноотропных и противосудорожных препаратов (грант ИНТАС № 00-0711).
  43. Лицензионное соглашение на использование компьютерной программы PASS (фирма «СанофиСинтелабо», Франция).
  44. Компьютерный анализ механизмов действия 250000 химических соединений, зарегистрированных Национальным институтом рака США (совместно с Национальным раковым институтом США, грант CRDF № RC1-2064).