Лаборатория структурно-функционального конструирования лекарств

О лаборатории
Сотрудники
Проекты
Результаты
Публикации
Партнеры
Статистика научной деятельности

Другие лаборатории

ПУБЛИКАЦИИ

Журнальные статьи

2017
  1. Хайруллина В.Р., Герчиков А.Я., Лагунин А.А., Зарудий Ф.С. (2017). QSAR-моделирование ингибиторов тимидилатсинтазы в ряду производных хиназолина. Химико-фармацевтический журнал, 51 (10), 33-37.
  2. Dembitsky V.M., Gloriozova T.A., Poroikov V.V. (2017). Pharmacological Activities of Epithio Steroids Journal of Pharmaceutical Research International, 18 (4), 1-19. DOI: 0.9734/JPRI/2017/36199.
  3. Dembitsky V.M., Gloriozova T.A., Poroikov V.V. (2017). Biological Activities of Nitro Steroids. Journal of Pharmaceutical Research International, 18 (4), 1-19. DOI: 10.9734/JPRI/2017/36196.
  4. Dmitriev A., Rudik A., Filimonov D., Lagunin A., Pogodin P., Druzhilovsky D., Ivanov S., Tarasova O., Konova V., Bezhentsev V., Poroikov V. (2017). Integral estimation of xenobiotics’ toxicity with regard to their metabolism in human organism. Pure and Applied Chemistry, 89 (10), 1449-1458. DOI: https://doi.org/10.1515/pac-2016-1205.
  5. Гомазков О.А., Лагунин А.А. (2017). Сосудистая деменция. Молекулярные мишени нейропротективной терапии. Успехи современной биологии, 138 (3), 256-267.
  6. Stasevych M., Zvarych V., Lunin V., Deniz N.G., Gokmen Z., Akgun O., Ulukaya E., Poroikov V., Gloriozova T., Novikov V. (2017). Computer-aided prediction and experimental testing of the dithiocarbamate derivatives of 9,10-anthracenedione as anticancer agents. SAR & QSAR Environ. Res., 28(5), 355-366. DOI: 10.1080/1062936X.2017.1323796.
  7. Ivanov S., Semin M., Lagunin A., Filimonov D., Poroikov V. (2017). In silico identification of proteins associated with drug-induced liver injury based on the prediction of drug-target interactions. Mol. Inform., 36 (7), 1600142. DOI: 10.1002/minf.201600142
  8. Rudik A.V., Bezhentsev V.M., Dmitriev A.V., Druzhilovskiy D.S., Lagunin A.A., Filimonov D.A., Poroikov V.V. (2017). MetaTox: Web Application for Predicting Structure and Toxicity of Xenobiotics’ Metabolites. Journal of Chemical Information and Modeling, 57 (4), 638–642. DOI: 10.1021/acs.jcim.6b00662
  9. Tarasova O., Filimonov D., Poroikov V. (2017). PASS-based approach to predict HIV-1 reverse transcriptase resistance. J. Bioinform. Comput. Biol., 15 (2), 1650040-1 - 1650040-15. DOI: http://dx.doi.org/10.1142/S0219720016500402
  10. Беженцев В.М., Дружиловский Д.С., Иванов С.М., Филимонов Д.А., Sastry G.N., Поройков В.В. (2017). Веб-ресурсы для поиска и разработки новых лекарственных препаратов. Хим.-фарм. журн., 51 (2), 3-11.
  11. Gawande D.Y., Druzhilovsky D., Gupta R.C., Poroikov V., Goel R.K. (2017). Anticonvulsant activity and acute neurotoxic profile of Achyranthes aspera Linn. Journal of Ethnopharmacology, 202 (18) 97-102. DOI: 10.1016/j.jep.2017.03.018
  12. Dembitsky V.M., Gloriozova T.A., Poroikov V.V. (2017). Pharmacological and predicted activities of natural azo compounds. Nat. Prod. Bioprospect., 7, 151. DOI 10.1007/s13659-016-0117-3
  13. Гомазков О.А., Коррекция нейрогенеза взрослого мозга. Выбор терапевтических мишеней, Нейрохимия, 2017, 34(1), 5-15.
2016
  1. Васильев П.М., Калитин К.Ю., Спасов А.А., Гречко О.Ю., Поройков В.В., Филимонов Д.А., Анисимова В.А. (2016). Направленный поиск соединений с противосудорожной активностью в ряду производных бензимидазола. Хим.-фарм. журн., 50 (12), 3-8.
  2. Lagunin A.A., Druzhilovsky D.S., Rudik A.V., Filimonov D.A., Gawande D., Suresh K., Goel R., Poroikov V.V. (2016). Capacities of Computer Evaluation of Hidden Potential of Phytochemicals of Medicinal Plants of the Traditional Indian Ayurvedic Medicine, Biochemistry (Moscow) Supplement Series B: Biomedical Chemistry, 10(1), 43-54.
  3. Guasch L., Zakharov A.V., Tarasova O.A., Poroikov V.V., Liao C., Nicklaus M.C. (2016). Novel HIV-1 integrase inhibitor development by virtual screening based on QSAR models. Current Topics in Medicinal Chemistry, 2016, 16 (4), 441-448. DOI: 10.2174/1568026615666150813150433.
  4. Kel A.E., Stegmaier P., Valeev T., Koschmann J., Poroikov V., Kel-Margoulis O.V., Wingender E. Multi-omics "Upstream Analysis" of regulatory genomic regions helps identifying targets against methotrexate resistance of colon cancer. European Journal of Integrative Medicine, 2016. DOI: 10.1016/j.euprot.2016.09.002
  5. Тарасова О.А., Филимонов Д.А., Поройков В.В. (2016). Взаимосвязи <структура-активность> для ингибиторов обратной транскриптазы ВИЧ-1: как повысить точность и предсказательную способность получаемых моделей? ВИЧ-инфекция и иммуносупрессии, 2016, 8 (3), 78-82.
  6. Nikolin A.A., Kramarova E.P., Shipov A.G., Baukov Yu.I., Negrebetsky V.N., Arkhipov D.E., Korlyukov A.A., Lagunin A.A., Bylikin S.Yu., Bassindalee A.R., Taylore P.G. (2016) N,N-Bis-(dimethylfluorosilylmethyl)amides of N-organosulfonylproline and sarcosine: synthesis, structure, stereodynamic behaviour and in silico studies. RSC Adv., 2016, 6, 75315. DOI: 10.1039/c6ra14450k
  7. Sarapultsev A.P., Sarapultsev P.A., Sidorova L.P., Poroikov V.V., Chupakhin O.N. (2016). Substituted thiadiazines as potential anti-stress agents. Results of (Q)SAR prediction and experiments in vivo. The FASEB Journal, 30 (1), supplement 938.5.
  8. Гомазков О.А. (2016). Нейрогенез как организующая функция взрослого мозга. Достаточно ли доказательств? Успехи современной биологии, 136 (3), 227-246.
  9. Беженцев В.М., Тарасова О.А., Дмитриев А.В., Рудик А.В., Лагунин А.А., Филимонов Д.А., Поройков В.В. Компьютерный прогноз путей метаболизма ксенобиотиков в организме человека. Успехи химии, 2016, 85 (8) 854-879. DOI:10.1070/RCR4614
  10. Zakharov A.V., Varlamova E.V., Lagunin A.A., Dmitriev A.V., Muratov E.N., Fourches D., Kuz'min V.E., Poroikov V.V., Tropsha A., Nicklaus M.C. (2016). QSAR Modeling and Prediction of Drug-Drug Interactions. Molecular Pharmaceutics, 13 (2), 545-556. DOI 10.1021/acs.molpharmaceut.5b00762
  11. Levitsky D.O., Gloriozova T.A., Poroikov V.V., Dembitsky V.M. (2016). Naturally Occurring Isocyano/Isothiocyanato Compounds: Their Pharmacological and SAR Activities. Mathews Journal of Pharmaceutical Science, 1 (1), 003. http://www.mathewsopenaccess.com/PDF/pharmaceutical-science/M_J_Pharma_1_1_003.pdf
  12. Ivanov S.M., Lagunin A.A., Poroikov V.V. (2016). In silico assessment of adverse drug reactions and associated mechanisms. Drug Discovery Today, 21 (1), 58-71. DOI: 10.1016/j.drudis.2015.07.018.
  13. Дружиловский Д.С., Рудик А.В., Филимонов Д.А., Лагунин А.А., Глориозова Т.А., Поройков В.В. (2016). Веб-ресурсы для прогнозирования биологической активности органических соединений. Известия Академии наук. Серия химическая, № 2, 384-393.
  14. Karasev D.A., Veselovsky A.V., Oparina N.Yu., Filimonov D.A., Sobolev B.N. (2016). Prediction of amino acid positions specific for functional groups in a protein family based on local sequence similarity. Journal of Molecular Recognition, 29 (4), 159-169. DOI: 10.1002/jmr.2515.
  15. Geronikaki A., Eleftheriou P., Poroikov V. (2016). Anti-HIV Agents: Current Status and Recent Trends. Topics in Medicinal Chemistry. 1-59. DOI:10.1007/7355_2015_5001.
2015
  1. Гомазков О.А. (2015). Ферменты эпигенеза как терапевтические мишени заболеваний мозга. Экспериментальная и клиническая фармакология, 2015, 78 (11), 35-44.
  2. Konova V., Lagunin A., Pogodin P., Kolotova E., Shtil A., Poroikov V. (2015). Virtual screening of chemical compounds active against breast cancer cell lines based on cell cycle modeling, prediction of cytotoxicity and interaction with targets. SAR and QSAR in Environmental Research, 26 (10), 595-604. DOI: 10.1080/1062936X.2015.1076516.
  3. Pogodin P.V., Lagunin A.A., Filimonov D.A., Poroikov V.V. (2015) PASS Targets: ligand-based multi-target computational system based on public data and naive Bayes approach. SAR and QSAR in Environmental Research, 26 (10), 783-793. DOI: 10.1080/1062936X.2015.1078407.
  4. Anusevicius K., Mickevicius V., Stasevych M., Zvarych V., Komarovska-Porokhnyavets O., Novikov V., Tarasova O., Gloriozova T., Poroikov V. (2015). Design, synthesis, in vitro antimicrobial activity evaluation and computational studies of new N-(4-iodophenyl)-β-alanine derivatives. Research on Chemical Intermediates. 41 (10), 7517-7540. DOI: 10.1007/s11164-014-1841-0
  5. Giniyatyllina G.V., Smirnova I.E., Kazakova O.B., Yavorskaya N.P., Golubeva I.S., Zhukova O.S., Pugacheva R.B., Apryshko G.N., Poroikov V.V. (2015). Synthesis and anticancer activity of aminopropoxytriterpenoids. Med. Chem. Res., 24 (9), 3423-3436. DOI: 10.1007/s00044-015-1392-y.
  6. Tarasova O.A., Urusova A.F., Filimonov D.A., Nicklaus M.C., Zakharov A.V., Poroikov V.V. (2015). QSAR Modeling Using Large-Scale Databases: Case Study for HIV-1 Reverse Transcriptase Inhibitors. Journal of Chemical Information and Modeling, 55 (7), 1388-1399, DOI: 10.1021/acs.jcim.5b00019
  7. Poroikov V. (2015). 20th EuroQSAR: Understanding Chemical-Biological Interactions. Molecular Informatics, 34 (6-7), 340. DOI: 10.1002/minf.201580631
  8. Ivanov S.M., Lagunin A.A., Pogodin P.V., Filimonov D.A., Poroikov V.V. (2015). Identification of drug targets related to the induction of ventricular tachyarrhythmia through systems chemical biology approach. Toxicological Sciences, 145 (2): 321-336. DOI: 10.1093/toxsci/kfv054
  9. Rudik A., Dmitriev A., Lagunin A., Filimonov D., Poroikov V. (2015). SOMP: web-service for in silico prediction of sites of metabolism for drug-like compounds. Bioinformatics, 31 (12), 2046-2048. DOI: 10.1093/bioinformatics/btv087.
  10. Goel R.K., Poroikov V., Gawande D., Lagunin A., Randhawa P., Mishra A. (2015). Revealing medicinal plants useful for comprehensive management of epilepsy and associated co-morbidities through in silico mining of their phytochemical diversity. Planta Medica, 81(6), 495-506. DOI: 10.1055/s-0035-1545884
  11. Лагунин А.А., Дружиловский Д.С., Рудик А.В., Филимонов Д.А., Gawande D., Suresh K., Goel R., Поройков В.В. (2015). Компьютерная оценка скрытого потенциала фитокомпонентов лекарственных растений из традиционной индийской медицины Аюрведа. Биомедицинская химия, 61 (2), 286-297.
  12. Dembitsky V.M., Gloriozova T.A., Poroikov V.V. (2015). Naturally occurring plant isoquinoline N-oxide alkaloids: Their pharmacological and SAR activities. Phytomedicine, 22 (1), 183-202. DOI: 10.1016/j.phymed.2014.11.002.
  13. Khayrullina V.R., Gerchikov A.Ya., Lagunin A.A.,, Zarudii F.S. (2015). Quantitative analysis of structure−activity relationships of tetrahydro-2-isoindole cyclooxygenase-2 Inhibitors. Biochemistry (Moscow), 80 (1), 74-86.
  14. Колесанова Е.Ф., Соболев Б.Н., Мойса А.А., Егорова Е.А., Арчаков А.А. (2015). Путь к пептидной вакцине против гепатита С. Биомедицинская химия, 61(2), 254-264.
  15. (а) Гомазков О.А. Сигнальные молекулы и нарушения когнитивных функций при заболеваниях мозга. Нейрохимия, 2015; 32(3):192-205. (б) Gomazkov O.A. Signaling Molecules and Disturbances of Cognitive Function. Neurochemical Journal. 2015; 9(3):169–180.
  16. Gomazkov O.A. How Do Signaling Molecules Organize Higer Brain Function? Biology Bulletin Reviews. 2015; 5(4):281-295.
  17. Гомазков О.А. Кортексин. Молекулярные механизмы и мишени нейропротективной активности. Журнал неврологии и психиатрии им. С.С. Корсакова, 2015; №8: 99-104.
2014
  1. Zvarych V.I., Stasevych M.V., Stan’ko O.V., Komarovskaya-Porokhnyavets E.Z., Poroikov V.V., Rudik A.V., Lagunin A.A., M.V. Vovk, Novikov V.P. Computerized prediction, synthesis, and antimicrobial activity of new amino-acid derivatives of 2-chloro-n-(9,10-dioxo-9,10-dihydroanthracen-1-yl)acetamide. (2014). Pharmaceutical Chemistry Journal, 48 (9), 584-588.
  2. Гомазков О.А. (2014). Трансформация нейральных стволовых клеток и репаративные процессы в мозге. Журнал неврологии и психиатрии им. С.С. Корсакова, 114 (8), 4-12.
  3. Гомазков О.А. (2014). Как сигнальные молекулы организуют высшие функции мозга? Успехи современной биологии, 30 (6), 333-355.
  4. Gomazkov O.A. (2014). Neurogenesis as an Adaptive Function of the Adult Brain. Biology Bulletin Reviews, 4 (2), 86–100.
  5. Tretyakova E.V., Smirnova I.E., Kazakova O.B., Tolstikov G.A., Yavorskaya N.P., Golubeva I.S., Pugacheva R.B., Apryshko G.N., Poroikov V.V. (2014). Synthesis and anticancer activity of quinopimaric and maleopimaric acids’ derivatives. Bioorganic and Medicinal Chemistry, 22 (22), 6481–6489.
  6. Зварич В.И., Стасевич М.В., Станько О.В., Комаровская-Порохнявец Е.З., Поройков В.В., Рудик А.В, Лагунин А.А., Bовк М.В., Новиков В.П. (2014). Компьютерный прогноз, синтез и антимикробная активность новых аминокислотных производных 2-хлоро-n-(9,10-диоксо-9,10-дигидроантрацен-1-ил)ацетамида. Химико-фармацевтический журнал, 48 (9) 20-24.
  7. Lagunin A.A., Goel R.K., Gawande D.Y., Priynka P., Gloriozova T.A. Dmitriev A.V., Ivanov S.M., Rudik A.V., Konova V.I., Pogodin P.V., Druzhilovsky D.S., and Poroikov V.V. (2014). Chemo- and bioinformatics resources for in silico drug discovery from medicinal plants beyond their traditional use: a critical review. Natural Product Reports, 31 (11), 1585-1611.
  8. Fedorova E.V., Buryakina A.V., Zakharov A.V., Filimonov D.A., Lagunin A.A., Poroikov V.V. (2014). Design, synthesis and pharmacological evaluation of novel vanadium-containing complexes as antidiabetic agents. PLoS ONE, 9 (7): e100386.
  9. Fedyushkina I.V., Romero Reyes I.V., Lagunin A.A., Skvortsov V.S. (2014). Prediction of the Action of Ligands of Steroid Hormone Receptors. Biochemistry (Moscow) Supplement Series B: Biomedical Chemistry, 8 (1), 53–58.
  10. Ivanov S.M., Lagunin A.A., Pogodin P.V., Filimonov D.A., and Poroikov V.V. (2014). Identification of drug-induced myocardial infarction-related protein targets through the prediction of drug-target interactions and analysis of biological processes. Chemical Research in Toxicology. DOI: 10.1021/tx500147d.
  11. Filimonov D.A., Lagunin A.A., Gloriozova T.A., Rudik A.V., Druzhilovskii D.S., Pogodin P.V., Poroikov V.V. (2014). Prediction of the biological activity spectra of organic compounds using the PASS online web resource. Chemistry of Heterocyclic Compounds, 50 (3), 444-457.
  12. Раевский О.А., Солодова С.Л., Лагунин А.А., Поройков В.В. (2014). Компьютерное моделирование проницаемости физиологически активных веществ через гематоэнцефалический барьер. Биомедицинская химия, 60 (2), 161-181.
  13. Veselovsky A.V., Zharkova M.S., Poroikov V.V., Nicklaus M.C. (2014). Computer-aided design & discovery of protein-protein interaction inhibitors as agents for anti-HIV therapy. SAR and QSAR in Environmental Research, 25 (6), 457-471.
  14. Филимонов Д.А., Лагунин А.А., Глориозова Т.А., Рудик А.В., Дружиловский Д.С., Погодин П.В., Поройков В.В. (2014). Предсказание спектров биологической активности органических соединений с помощью веб-ресурса PASS Online. Химия гетероциклических соединений, № 3, 483-499.
  15. Иванов С.М., Лагунин А.А., Захаров А.В., Филимонов Д.А., Поройков В.В. (2014). Компьютерный поиск молекулярных механизмов ульцерогенного действия нестероидных противовоспалительных средств. Биомедицинская химия, 60 (1), 7-17.
  16. Rudik A.V., Dmitriev A.V., Lagunin A.A., Filimonov D.A., Poroikov V.V. (2014). Metabolism sites prediction based on xenobiotics structural formulae and PASS prediction algorithm. Journal of Chemical Information and Modeling, 54 (2), 498–507.
  17. Singh D., Gawande D., Singh T., Poroikov V., Goel R.K. (2014). Revealing pharmacodynamics of medicinal plants using in silico approach: A case study with wet lab validation. Computers in Biology and Medicine, 47 (1), 1-6.
  18. Соболев Б.Н., Веселовский А.В., Поройков В.В. (2014). Предсказание посттрансляционных модификаций в белках: основные направления и методы. Успехи химии, 83 (2), 143-154.
2013
  1. Отделенов В.А., Смирнов В.В., Дмитриев А.В., Поройков В.В., Шумянцева В.В., Красных Л.М., Сычев Д.А., Кукес В.Г. (2013). Влияние этилметилгидроксипиридина малата на активность CYP3A4: комплексный подход к оценке влияния на систему биотрансформации лекарственных средств. Лекарственные препараты и рациональная фармакотерапия. № 3, 30-36
  2. Данилов-Данильян В.И., Поройков В.В., Чиганова М.А., Козлов М.Н., Филимонов Д.А., Баренбойм Г.М. (2013). Оценка биологической опасности органических ксенобиотиков в источниках водоснабжения. Водоснабжение и санитарная техника, № 10, 17-25.
  3. Gomazkov O.A., Afanasiev V.V., Rumyantseva S.A., Stupin V.A., Silina E.V., Sokhova O.A. (2013). Current concepts on neurocytoprotective therapy. Neuroscience and Behavioral Physiology, 43 (3), 374-379.
  4. Gawande D.,Randhawa P., Lagunin A., Mishra A., Poroikov V., Goel R.K. (2013). In Silico Approach for Appropriate Selection of Medicinal Plant for Management of Epilepsy and Associated Depression and Memory Deficit. Indian Journal of Pharmacology, 45, Supplement 1, S98.
  5. Zvarych V., Stasevych М., Stanko О., Novikov V., Vovk М., Poroikov V., Solovyov O. (2013). Computer prediction and synthesis of new azoles based on N-benzoyl-N'-(9,10-dioxo-9,10-dihydroanthracen-1-yl)thioureas. Cheminė Technologija, Nr. 2 (64), 25-33.
  6. Погодин П.В., Лагунин А.А., Иванов С.М., Конова В.И., Филимонов Д.А., Поройков В.В. (2013). Компьютерный прогноз взаимодействия низкомолекулярных органических соединений с белками-мишенями. Вестник РГМУ, № 4, 69-74.
  7. Носков Д.С., Поройков В.В., Ших Е.В., Яснецов В.В. (2013). Деанола ацеглумат (нооклерин): клинико-фармакологические аспекты и актуальность применения в лечебной практике. Журнал неврологии и психиатрии им. С.С. Корсакова, 113 (11), 97-99.
  8. Lagunin A.A., Filimonov D.A., Gloriozova T.A., Tarasova O.A., Zakharov A.V., Guasch L., Nicklaus M.C., Poroikov V.V. (2013). Virtual screening for potential substances for the prophylaxis of HIV infection in libraries of commercially available organic compounds. Pharmaceutical Chemistry Journal, 47 (7), 343-360.
  9. Лагунин А.А., Филимонов Д.А., Глориозова Т.А., Тарасова О.А., Захаров А.В., Guasch-Pamies L., Nicklaus M.C., Поройков В.В. (2013). Виртуальный скрининг в библиотеках коммерчески доступных органических соединений потенциальных средств для профилактики ВИЧ-инфекции. Химико-фармацевтический журнал, 47 (7), 3-21.
  10. Gomazkov O.A. (2013). Signaling Molecules as Regulators of Neurogenesis in the Adult Brain. Neurochemical Journal, 7 (4), 241-255.
  11. Гомазков О.А. (2013). Сигнальные молекулы как регуляторы нейрогенеза взрослого мозга. Нейрохимия, 30 (4), 1-16.
  12. Гомазков О.А. (2013). Нейротрофическая терапия и концепция «минипептидов». Consilium Medicum, т.15/№2, Рациональная фармакотерапия, с.1-7.
  13. Raevsky O.A., Solodova S.L., Lagunin A.A., Poroikov V.V. (2013). Computer modeling of blood brain barrier permeability for physiologically active compounds. Biochemistry (Moscow) Supplement Series B: Biomedical Chemistry, 7 (2), 95–107.
  14. Гомазков О.А. (2013). Нейрогенез как адаптивная функция взрослого мозга. Успехи современной биологии. 133 (4) 349-366.
  15. Lagunin A., Ivanov S., Rudik A., Filimonov D., Poroikov V. (2013). DIGEP-Pred: web-service for in-silico prediction of drug-induced expression profiles based on structural formula. Bioinformatics,29 (16), 2062-2063.
  16. Romero Reyes I.V., Fedyushkina I.V., Skvortsov V.S., Filimonov D.A. (2013). Prediction of progesterone receptor inhibition by high-performance neural network algorithm. Internat. J. Math. Models and Methods Appl. Sci., 7(3) 303-310.
  17. Choudhary K.M., Mishra A., Poroikov V.V., Goel R.K. (2013). Ameliorative effect of Curcumin on seizure severity, depression like behavior, learning and memory deficit in post-pentylenetetrazole-kindled mice. Eur. J. Pharmacol., 704 (1-3), 33-40.
  18. Ivanov S.M., Lagunin A.A., Zakharov A.V., Filimonov D.A., Poroikov V.V. (2013). Computer search for molecular mechanisms of ulcerogenic action of non-steroidal anti-inflammatory drugs. Biochemistry (Moscow) Supplement Series B: Biomedical Chemistry, 7 (1), 40–45.
  19. Lagunin A.A., Gloriozova T.A., Dmitriev A.V., Volgina N.E., Poroikov V.V. (2013). Computer Evaluation of Drug Interactions with P-Glycoprotein. Bulletin of Experimental Biology and Medicine, 154 (4), 521-524.
  20. Zharkova M.S., Sobolev B.N., Oparina N.Yu., Veselovsky A.V., Archakov A.I. (2013) Prediction of amino acid residues participated in substrate recognition by cytochrome P450 subfamilies with broad substrate specificity. J. Mol. Recognit.; 26(2), 86-91.
  21. Королев С.П., Кондрашина О.В., Дружиловский Д.С., Старосотников А.М., Дутов М.Д., Бастраков М.А., Далингер И.Л., Филимонов Д.А., Шевелев С.А., Поройков В.В., Агапкина Ю.Ю., Готтих М.Б. (2013). Структурно-функциональный анализ 1,2,5-бензоксадиазолов и их n-оксидов в качестве ингибиторов интегразы ВИЧ-1. Acta Naturae, 5, № 1 (16) 75-85.
2012
  1. Buchkevych I., Stasevych M., Chervetsova V., Musyanovych R., Novikov V., Poroikov V., Gloriozova T., Filimonov D., Zagoriy G., Ponomarenko M.(2012). Synthesis, computational and antimicrobial studies of new 1,4-naphthoquinone aminothiazole derivatives. Cheminė Technologija, Nr. 3(61) 62-69.
  2. Zakharov A.V., Lagunin A.A., Filimonov D.A., Poroikov V.V. (2012). Quantitative prediction of antitarget interaction profiles for chemical compounds. Chemical Research in Toxicology, 25 (11) 2378-2385.
  3. Лагунин А.А., Глориозова Т.А., Дмитриев А.В., Волгина Н.Е., Поройков В.В. (2012) Компьютерная оценка взаимодействия фармакологических веществ с P-гликопротеином. Бюллетень экспериментальной биологии и медицины. 154(10), 520-524.
  4. Гомазков О.А., В.В. Афанасьев, С.А. Румянцева, В. А. Ступин, Е.В. Силина, О.А. Сохова. Современные концепции нейроцитопротекторной терапии. Журнал неврологии и психиатрии имени С. С. Корсакова. - 2011. Т. 111, № 12, вып. 2: Инсульт. 58-63.
  5. Гомазков О.А. Нейротрофины: терапевтический потенциал и концепция «минипептидов». Нейрохимия, 2012, том 29, № 3, 1–11.
  6. Гомазков О.А. Нейротрофины: терапевтический потенциал. Природа. 2012. № 5. 62-70.
  7. Gomazkov O.A. (2012). Neurotrophins: The Therapeutic Potential and Concept of Minipeptides. Neurochemical Journal, 6 (3), 163-172.
  8. Barenboim G., Chiganova M., Poroikov V. (2012). Water monitoring: Estimation of biological hazard of organic xenobiotics (methodological aspects). Water: Chemistry and Ecology, No. 1, p.3-12.
  9. Tcheremenskaia O., Benigni R., Nikolova I., Jeliazkova N., Escher S.E., Grimm H., Baier T., Poroikov V., Lagunin A., Rautenberg M., Hardy B. (2012). OpenTox Predictive Toxicology Framework: toxicological ontology and semantic media wiki-based OpenToxipedia. J. Biomed. Semantics, 3 (Suppl.1): S7.
  10. Выдрина Н.Д., Третьяков А.Ю., Сычев Д.А., Поройков В.В., Дмитриев А.В., Грищенко А.А., Захарченко С.П., Шиленок В.Н., Леухин И.Н., Дмитриев В.А., Кукес В.Г. (2012). Компьютерный прогноз взаимодействия фениндиона с цитохромами Р450 как метод оптимизации антикоагулянтной терапии больных с фибрилляцией предсердий. Менеджмент качества в сфере здравоохранения и социального развития, 11 (1), 88-91.
  11. Kryzhanovskii S.A., Salimov R.M., Lagunin A.A., Filimonov D.A., Gloriozova T.A., Poroikov V.V. (2012). Nootropic action of some antihypertensive drugs: computer predicting and experimental testing. Pharmaceut. Chem. J., 45 (10), 605-611.
  12. Filz O.A., Lagunin A.A., Filimonov D.A., Poroikov V.V. (2012). In silico fragment-based drug design using PASS approach. SAR & QSAR Environ. Res., 23 (3-4), 279-296.
  13. Гомазков О.А. (2012). Клеточные и молекулярные принципы старения мозга. Успехи современной биологии, 132 (2), 141-154.
  14. Фильц О.А., Поройков В.В. (2012). Конструирование молекул с заданными свойствами с использованием библиотек структурных фрагментов. Успехи химии, 81 (2), 158-174.
  15. Eleftheriou P., Geronikaki A., Hadjipavlou-Litina D., Vicini P., Filz O., Filimonov D., Poroikov V., Chaudhaery S.S., Roy K.K., Saxena A. (2012). Fragment-based design, docking, synthesis, biological evaluation and structure–activity relationships of 2-benzo/benzisothiazolimino–5–aryliden–4-thiazolidinones as cycloxygenase/lipoxygenase inhibitors. Eur. J. Med. Chem., 47 (1), 111-124.
2011
  1. Крыжановский С.А., Салимов Р.М., Лагунин А.А., Филимонов Д.А., Глориозова Т.А., Поройков В.В. (2011). Ноотропное действие некоторых антигипертензивных препаратов: компьютерный прогноз и экспериментальное тестирование. Хим.-фарм. журнал, 45 (10), 25-31.
  2. Отделёнов В.А., Дмитриев А.В., Сычев Д.А., Поройков В.В., Кукес В.Г. (2011). Назначение субстратов основных изоферментов цитохрома P450 больным цереброваскулярными болезнями: значение для оценки ингибирующих и индуцирующих влияний новых антиоксидантов. Вестник Уральской медицинской академической науки, № 3 (37), 93-95.
  3. Kokurkina G.V., Dutov M.D., Shevelev S.A., Popkov S.V., Zakharov A.V., Poroikov V.V. (2011). Synthesis, antifungal activity and QSAR study of 2-arylhydroxynitroindoles. Eur. J. Med. Chem., 46 (9), 4374-4382.
  4. Lagunin A., Zakharov A., Filimonov D., Poroikov V. (2011). QSAR Modelling of Rat Acute Toxicity on the Basis of PASS Prediction. Molecular Informatics, 30 (2-3), 241–250.
  5. Prasad Y.R., Raja Sekhar K.K., Shankarananth V., Sireesha G., Swetha Harika K., Poroikov V. (2011). Synthesis and in silico biological activity evaluation of some 1,3,5-trisubstituted -2-pyrazolines. Journal of Pharmacy Research, 4 (2), 558-560.
  6. Goel R.K., Singh D., Lagunin A., Poroikov V. (2011). PASS-assisted exploration of new therapeutic potential of natural products. Med. Chem. Res., 20 (9), 1509-1514.
2010
  1. Hardy B., Douglas N., Helma C., Rautenberg M., Jeliazkova N., Jeliazkov V., Nikolova I., Benigni R., Tcheremenskaia O., Kramer S., Girschick T., Buchwald F., Wicker J., Karwath A., Gutlein M., Maunz A., Sarimveis H., Melagraki G., Afantitis A., Sopasakis P., Gallagher D., Poroikov V., Filimonov D., Zakharov A., Lagunin A., Gloriozova T., Novikov S., Skvortsova N., Druzhilovsky D., Chawla S., Ghosh I., Ray S., Patel H., Escher S. Collaborative development of predictive toxicology applications. Journal of Cheminformatics, 2010, 2: 7.
  2. Poroikov V. (2010). Computer-assisted prediction and design of multitargeted drugs. Med. Chem. Res., 19 (S1), s30.
  3. Druzhilovsky D.S., Filimonov D.A., Liao C., Peach M., Marc Nicklaus, Poroikov V.V. (2010). Computer-assisted search and optimization of new human immunodeficiency virus integrase inhibitors.Biochemistry (Moscow) Supplemental Series B. Biomedical Chemistry, 4 (1), 59-67.
  4. Sobolev B.N., Filimonov D.A., Lagunin A.A., Zakharov A.V., Koborova O.N, Kel A., Poroikov V.V. (2010). Prediction of protein-protein interactions using the scores of sequence local similarity: application to prediction of protein kinase substrates, BMC Bioinformatics, 11: 313.
  5. Веселовский А.В., Соболев Б.Н., Жаркова М.С., Арчаков А.И. (2010). Компьютерные методы предсказания субстратной специфичности цитохромов Р450. Биомедицинская химия, 56 (1), 90-100.
  6. Lagunin A., Filimonov D.A., Poroikov V.V. (2010). Multi-targeted natural products evaluation based on biological activity prediction with PASS. Cur. Phar. Des., 16 (15), 1703-1717.
2009
  1. Filimonov D.A., Zakharov A.V., Lagunin A.A., Poroikov V.V. (2009). QNA based “Star Track” QSAR approach. SAR and QSAR Environ. Res., 20 (7-8), 679-709.
  2. Koborova O.N., Filimonov D.A., Zakharov A.V., Lagunin A.A., Ivanov S.M., Kel A., Poroikov V.V. (2009). In silico method for identification of promising anticancer drug targets. SAR and QSAR Environ. Res., 20 (7-8), 755-766.
  3. Дружиловский Д.С., Филимонов Д.А., Лиао Ч., Пич М., Никлаус М., Поройков В.В. (2009). Компьютерный поиск и оптимизация новых ингибиторов интегразы вируса иммунодефицита человека. Биомедицинская химия, 55 (5), 544-557.
  4. Lagunin A., Zakharov A., Filimonov D., Poroikov V.(2009). In silico assessment of acute toxicity in rodents. Toxicololgy Letters, 189 (S1), S254.
  5. Lagunin A., Filimonov D., Zakharov A., Xie W., Huang Y., Zhu F., Shen T., Yao J., Poroikov V. (2009). Computer-Aided Prediction of Rodent Carcinogenicity by PASS and CISOC-PSCT. QSAR and Combinatorial Science, 28 (8) 806-810.
  6. Флейшер М., Беляков С., Янсоне Д., Поройков В., Лейте Л., Лукевиц Э. (2009). Исследование структуры и прогноз биологической активности 1,3-бис(6,6-диметил-2-оксо-3-циано-5,6-дигидро-2н-пиран-4-ил)-2-(4-метоксифенил)пропана. Химия гетероциклических соединений, № 5 (503), 680-685.
  7. Коборова О.Н., Филимонов Д.А., Захаров А.В., Лагунин А.А., Кель А., Колпаков Ф., Кондрахин Ю.В, Шарипов Р., Поройков В.В. (2009). Моделирование регуляторных сетей для выявления противоопухолевых мишеней на примере рака молочной железы. Информационный вестник ВОГиС. 13 (1) 201-207.
  8. Поройков В.В., Филимонов Д.А., Глориозова Т.А., Лагунин А.А., Дружиловский Д.С., Степанчикова А.В. (2009). Компьютерное предсказание биологической активности химических веществ: виртуальная хемогеномика. Информационный вестник ВОГиС, 13 (1) 137-143.
  9. Александров К.Е., Соболев Б.Н., Филимонов Д.А., Поройков В.В. (2009). Функциональная аннотация аминокислотных последовательностей на основе локального сходства. Информационный вестник ВОГиС. 13 (1) 114-121.
  10. Geronikaki A, Vicini P, Dabarakis N, Lagunin A, Poroikov V, Dearden J, Modarresi H, Hewitt M, Theophilidis G. (2009). Evaluation of the local anaesthetic activity of 3-aminobenzo[d]isothiazole derivatives using the rat sciatic nerve model. Eur. J. Med. Chem., 44(2) 473-481.
  11. Бритов А.Н., Гомазков О.А. (2009). Биохимический, структурный и клинический анализ плейотропных эффектов статинов. Кардиоваскулярная терапия и профилактика, 8 (5), 92–102.
  12. Кузьмина Т.И., Оленина Л.В., Санжаков М.А., Фарафонова Т.Е., Абрамихина Т.В., Дюбюиссон Ж., Соболев Б.Н., Колесанова Е.Ф. (2009) Антигенность и B-эпитопное картирование оболочечного белка E2 вируса гепатита C. Биомедицинская химия, 55 (1), 32-40.
  13. Rufanova V., Pozdnеv V., Gomazkov O., Medvedev O., Medvedeva N. (2009). Endothelin-Converting Enzyme Inhibition in Rat Model of Acute Heart Failure: Heart Function and Neurohormonal Activation. Exp. Biol. Med., 234, 1201-1211.
2008
  1. Апрышко Г.Н., Филимонов Д.А., Поройков В.В. (2008). Использование Базы данных по противоопухолевым веществам РОНЦ им. Н.Н. Блохина РАМН для доэкспериментального скрининга новых противоопухолевых субстанций на основе PASS. Вестник Российского онкологического научного центра им. Н.Н. Блохина РАМН, 19 (№ 4): 4-8.
  2. Benaamane N., Nedjar-Kolli B., Bentarzi Y., Hammal L., Geronikaki A., Eleftheriou P., Lagunin A. (2008). Synthesis and in silico biological activity evaluation of new N-substituted pyrazolo-oxazin-2-one systems. Bioorg Med Chem., 16 (6): 3059-3066.
  3. Апрышко Г.Н., Филимонов Д.А., Поройков В.В. (2008). Прогнозирование биологической активности химических соединений из базы данных по противоопухолевым веществам РОНЦ им. Н.Н. Блохина с помощью системы PASS. Вестник Российского онкологического научного центра им. Н.Н. Блохина РАМН, 19 (№ 3): 11-15.
  4. Гомазков О.А., Лагунин А.А., Поройков В.В. (2008). Компьютерный прогноз комбинированного действия препаратов, используемых в терапии артериальной гипертонии. Кардиоваскулярная терапия и профилактика, 7 (5), 100-104.
  5. Коборова О.Н., Филимонов Д.А., Захаров А.В., Лагунин А.А., Кель А., Колпаков Ф.,Кондрахин Ю.В., Шарипов Р., Поройков В.В. (2008). Выявление противопухолевых мишеней с использованием биоинформационных технологий. Рос. биотерапевт. журн., 7 (2), 54-56.
  6. Alexandrov K., Sobolev B., Filimonov D., Poroikov V. (2008). Recognition of protein function using the local similarity. J. Bioinform. Computat. Biol., 6 (4), 709-725.
  7. Fjodorova N., Novich M., Vrachko M., Smirnov V., Kharchevnikova N., Zholdakova Z., Novikov S., Skvortsova N., Filimonov D., Poroikov V., Benfenati E. (2008). Directions in QSAR Modeling for Regulatory Uses in OECD Member Countries, EU and in Russia. J. Env.. Sci. Health, Part C, 26, 201–236.
  8. Zakharov A., Lagunin A., Filimonov D., Poroikov V. (2008). Computer-Aided Prediction of potential antineoplastic agents. Chemistry Central Journal, 2 (Suppl.1), 18.
  9. Sergeiko A.P., Poroikov V.V., Hanus L.O., Dembitsky V.M. (2008). Cyclobutane-Containing Alkaloids: Origin, Synthesis, and Biological Activities. The Open Medicinal Chemistry Journal, 2008, 2, 26-37.
  10. Geronikaki A., Druzhilovsky D., Zakharov A., Poroikov V. (2008). Computer-aided predictions for medicinal chemistry via Internet. SAR and QSAR in Environ. Res., 19 (1 & 2), 27-38.
  11. Geronikaki A.A., Lagunin A.A., Hadjipavlou-Litina D.I., Elefteriou P.T., Filimonov D.A., Poroikov V.V., Alam I., Saxena A.K. (2008). Computer-aided discovery of anti-inflammatory thiazolidinones with dual cyclooxygenase/lipoxygenase inhibition. J. Med. Chem., 51 (6), 1601-1609.
  12. Filz O., Lagunin A., Filimonov D., Poroikov V. (2008). Computer-aided prediction of QT-prolongation. SAR and QSAR in Environ. Res., 19 (1 & 2), 81-90.
2007
  1. Devillers J., Dore J.C., Guyot M., Poroikov V., Gloriozova T., Lagunin A., Filimonov D. (2007). Prediction of biological activity profiles of cyanobacterial secondary metabolites. SAR and QSAR in Environ. Res., 18 (7-8), 629-643.
  2. Сергейко А.П., Степанчикова А.В., Соболев Б.Н., Зотчев С.Б., Филимонов Д.А., Лагунин А.А., Поройков В.В. (2007). Компьютерное конструирование поликетидов с заданными свойствами. Биомедицинская химия, 53 (5), 522-531.
  3. D\'yachkov P.N., Kharchevnikova N.V., Dmitriev A.V., Kuznetsov A.V., Poroikov V.V. (2007). Quantum chemical simulation of cytochrome p450 catalyzed aromatic oxidation: Metabolism, toxicity, and biodegradation of benzene derivatives. International Journal of Quantum Chemistry, 107 (13), 2454-2478.
  4. Zakharov A.V., Lagunin A.A., Filimonov D.A., Poroikov V.V. (2007). Quantitative Structure-Activity Relationships of Cyclin-Dependent Kinase I Inhibitors. Biochemistry (Moscow), Supplement, Series B, Biomedical Chemistry, 1 (1), 17-28.
  5. Dembitsky V.M., Gloriozova T.A., Poroikov V.V. (2007). Natural Peroxy Antincancer Agents. Mini-Reviews in Medicinal Chemistry, 7, 571-589.
  6. Kolpakov F., Poroikov V., Sharipov R., Kondrakhin Y., Zakharov A., Lagunin A., Milanesi L. and Kel A. (2007). Cyclonet - an integrated database on cell cycle regulation and carcinogenesis. Nucleic Acid Research, 35, Database Issue, D550-D556.
  7. Lagunin A.A., Zakharov A.V., Filimonov D.A., Poroikov V.V. (2007). New approach for QSAR modeling of the acute toxicity. SAR & QSAR in Environmental Research, 18 (3-4), 285-298.
  8. Poroikov V., Filimonov D., Lagunin A., Gloriozova T., Zakharov A. (2007). PASS: Identification of probable targets and mechanisms of toxicity. SAR & QSAR in Environmental Research., 18 (1-2), 101-110.
2006
  1. Dembitsky V.M., Levitsky D.O., Gloriozova T.A., Poroikov V.V. (2006). Acetylenic aquatic anticancer agents and related compounds. Natural Product Communications, 1 (89), 773-812.
  2. Geronikaki A., Vasilevsky S., Hadjipablou-Litina D., Lagunin A., Poroikov V. (2006). Synthesis and antiinflammator activity of ethylylthiazoles. Chemistry of Heterocyclic Compoiunds, № 5, 769-774.
  3. Devillers J., Dore J.C., Marchand-Geneste N., Porcher J.M., Poroikov V. (2006). Modelling the endocrine disruption profile of xenobiotics. Lecture Series on Computer and Computational Sciences, 6, 1-3.
  4. Fomenko A.E., Filimonov D.A., Sobolev B.N., Poroikov V.V. (2006). New approach to predict enzyme function without the alignment. OMICS: A Journal of Integrative Biology, 10 (1), 56-65.
  5. Филимонов Д.А., Поройков В.В. (2006). Прогноз спектров биологической активности органических соединений. Российский химический журнал, 50 (2), 66-75. 13.Захаров А.В., Лагунин А.А., Филимонов Д.А., Поройков В.В. (2006). Количественный анализ взаимосвязи «структура-активность» ингибиторов циклин-зависимой киназы 1. Биомедицинская химия, 52 (1), 3-18.
  6. Zotchev S.B., Stepanchikova A.V., Sergeyko A.P., Sobolev B.N., Filimonov D.A., Poroikov V.V. (2006). Rational Design of Macrolides by Virtual Screening of Combinatorial Libraries Generated through in Silico Manipulation of Polyketide Synthases. J. Med. Chem., 49 (6), 2077-2087.
2005
  1. Filimonov D.A., Poroikov V.V. (2005). Why relevant chemical information cannot be exchanged without disclosing structures. J. Comput.-Aided Mol. Design, 19 (9-10), 705-713.
  2. Lagunin A.A., Dearden J., Filimonov D.A., Poroikov V.V. (2005). Computer-aided rodent carcinogenicity prediction. Mutation Research, 586 (2), 138-146.
  3. Varfolomeev S., Efremenko E., Beletskaya I., Bertini I., Blackburn G., Bogdanov A., Cunin R., Eichler J., Galaev I., Gladyshev V., O’Hagan D., Haertle T., Jarv J., Karyakin A., Kurochkin I., Mikolajczyk M., Poroikov V., Sakharov I., Spener F., Voyer N., Wild J. (2005). Postgenomic chemistry (IUPAC Technical Report). Pure and Applied Chemistry, 77 (9), 1641-1654.
  4. Sobolev B.N., Olenina L.V., Kuraeva T.E., Kolesanova E.F., Poroikov V.V., Archakov A.I. (2005). Computer design of vaccines: approaches, software tools and informational resources. Current Computer-Aided Drug Design, 1 (2), 207-222.
  5. Dembitsky V.M., Gloriozova T.A., Poroikov V.V. (2005). Novel antitumor agents: marine sponge alkaloids, their synthetic analogues and derivatives. Mini-Reviews in Medicinal Chemistry, 5 (3), 319-336.
  6. Акимов Д.В., Филимонов Д.А., Приказчикова Т.А., Готтих М.Б., Поройков В.В. (2005). Компьютерный поиск новых ингибиторов интегразы ВИЧ-1. Биомедицинская химия, 51 (3), 335-340.
2004
  1. Geronikaki A., Babaev E., Dearden J., Dehaen W., Filimonov D., Galaeva I., Krajneva V., Lagunin A., Macaev F., Molodavkin G., Poroikov V., Saloutin V., Stepanchikova A., Voronina T. (2004). Design of new anxiolytics: from computer prediction to synthesis and biological evaluation. Bioorg. Med. Chem., 12 (24), 6559-6568.
  2. Borodina Yu., Rudik A., Filimonov D., Kharchevnikova N., Dmitriev A., Blinova V., Poroikov V. (2004). A new statistical approach to predicting aromatic hydroxylation sites. Comparison with model-based approaches. J. Chem. Inform. Comput. Sci., 44 (6), 1998-2009.
  3. Степанчикова А.В., Соболев Б.Н., Оленина Л.В., Николаева Л.И., Колесанова Е.Ф., Поройков В.В. Гепатит С: молекулярно-биологические и медико-социальные аспекты проблемы. Общедоступный ресурс в Интернете. (2004). Биомедицинская химия, 50 (Приложение № 1), 153-157.
  4. Kovalev P.V., Drozdov-Tikhomirov L.N., Poroikov V.V., Alexandrov A.A. Role of the electrostatic interactions in pre-orientation of subunits in the formation of protein-protein complexes. (2004). J. Biomol. Structure & Dynamics, 22 (1), 111-118.
  5. Geronikaki A., Dearden J., Filimonov D., Galaeva I., Garibova T., Gloriozova T., Krajneva V., Lagunin A., Macaev F., Molodavkin G., Poroikov V., Pogrebnoi S., Shepeli F., Voronina T., Tsitlakidou M., Vlad L. (2004). Design of new cognition enhancers: from computer prediction to synthesis and biological evaluation. J. Med. Chem., 47 (11), 2870-2876.
  6. Левченко М.Е., Поройков В.В., Канехиса М. (2004). Пептидные рецепторы, сопряженные с G-белками, и их эндогенные лиганды в геноме человека. Биомедицинская химия, 50 (2), 149-158.
  7. Поройков В.В., Филимонов Д.А., Бородина Ю.В., Глориозова Т.А., Ситников В.Б., Садовников С.В., Соснов А.В. (2004). Анализ количественных зависимостей «структура-отставленная нейротоксичность» методом самосогласованной регрессии на основе PASS. Хим.-фарм. журн., 38 (4), 17-19.
  8. Филимонов Д.А., Акимов Д.В., Поройков В.В. (2004). Метод самосогласованной регрессии для количественного анализа связи структуры и свойств химических соединений. Хим.-фарм. журн., 38 (1) 21-24.
2003
  1. Иванов А.С., Поройков В.В., Арчаков А.И. (2003). Биоинформатика: путь от генома к лекарству in silico. Вестн. РГМУ, № 4 (30), 19-23.
  2. Sadym A., Lagunin A., Filimonov D., Poroikov V. (2003). Prediction of biological activity spectra via Internet. SAR and QSAR in Environmental Research, 14 (5-6), 339-347.
  3. Geronikaki A., Vicini P., Theophilidis G., Lagunin A., Poroikov V., Dearden J.C. (2003). Study of local anesthetic activity of some derivatives of 3-amino-1, 2-[d] benzisothiazoles. SAR and QSAR in Environmental Research, 14 (5-6), 487-497.
  4. Ибрагимова И.И., Поройков В.В. (2003). Изобретения в области фармацевтики и компьютерное прогнозирование биологической активности химических соединений. Патенты и лицензии, № 11, 11-16.
  5. Соболев Б.Н., Фоменко А.Е., Филимонов Д.А., Поройков В.В. (2003). Функциональное картирование аминокислотных последовательностей трипсиновых протеиназ. Аллергия, астма и клиническая иммунология, 7 (8), 20-26.
  6. Бородина Ю.В., Садым А.В., Филимонов Д.А., Поройков В.В. (2003). Компьютерный прогноз биотрансформации ксенобиотиков. Аллергия, астма и клиническая иммунология, 7 (8), 85-89.
  7. Borodina Yu., Sadym A., Filimonov D., Blinova V., Dmitriev A., Poroikov V. (2003). Predicting biotransformation potential from molecular structure. J. Chem. Inform. Comput. Sci., 43 (5), 1636-1646. /li>
  8. Drozdov-Tikhomirov L.N., Linde D.M., Poroikov V.V., Alexandrov A.A., Skurida G.I., Kovalev P.V., Potapov V.Yu. (2003). About factors providing the fast protein-protein recognition in processes of complex formation. J. Biomolecular Structure & Dynamics, 21 (2) 257-266.
  9. Ковалева В.Л., Шилова Е.В., Поройков В.В. (2003). Современные тенденции в поиске и разработке новых антиастматических, антиаллергических средств. Химико-фармацевтический журнал, 37 (6), 16-20.
  10. Соболев Б.Н., Фоменко А.Е., Филимонов Д.А., Поройков В.В. Применение структурных MNA дескрипторов для создания профилей белковых семейств. Биофизика, 2003, 48 (4), 557-566.
  11. Соболев Б.Н., Поройков В.В., Оленина Л.В., Колесанова Е.Ф., Арчаков А.И. (2003). Компьютерное конструирование вакцин. Биомедицинская химия, 49 (4), 309-332.
  12. Lagunin A.A., Gomazkov O.A., Filimonov D.A., Gureeva T.A., Dilakyan E.A., Kugaevskaya E.V., Elisseeva Yu.E., Solovyeva N.I., Poroikov V.V. (2003). Computer-aided selection of potential antihypertensive compounds with dual mechanisms of action. J. Med. Chem., 46 (15), 3326-3332.
  13. Borodina Yu.V., Lisitsa A.V., Poroikov V.V., Filimonov D.A., Sobolev B.N., Archakov A.A. (2003). If there exists correspondence between similarity of substrates and protein sequences in cytochrome P450 superfamily? Nova Acta Leopoldina, 87 (329), 47-55.
  14. Stepanchikova A.V., Lagunin A.A., Filimonov D.A., Poroikov V.V. (2003). Prediction of biological activity spectra for substances: Evaluation on the diverse set of drugs-like structures. Current Med. Chem., 10 (3), 225-233.
  15. Poroikov V.V., Filimonov D.A., Ihlenfeldt W.-D., Gloriozova T.A., Lagunin A.A., Borodina Yu.V., Stepanchikova A.V., Nicklaus M.C. (2003). PASS Biological Activity Spectrum Predictions in the Enhanced Open NCI Database Browser. J. Chem. Inform. Comput. Sci., 43 (1) 228-236.
  16. Дроздов-Тихомиров Л. Н., Линде Д.М., Поройков В.В., Александров А.А., Скурида Г.И., Ковалев П.В., Потапов В.Ю. (2003). Какие силы определяют образование высокоспецифических белок-белковых комплексов. Мол. биол., 37 (1), 31-43.
2002
  1. Poroikov V.V., Filimonov D.A. (2002). How to acquire new biological activities in old compounds by computer prediction. J. Comput. Aid. Molec. Des., 16 (11), 819-824.
  2. Садым А.В., Лагунин А.А., Филимонов Д.А., Поройков В.В. (2002). Интернет-система прогноза спектра биологической активности химических соединений. Химико-фармацевтический журнал, 36 (10), 21-26.
  3. Акимов Д.В., Филимонов Д.А., Поройков В.В. (2002). Ингибиторы интегразы – возможное будущее ВИЧ/СПИД терапии. Обзор. Химико-фармацевтический журнал, 36 (11), 3-7.
  4. Borodina Y., Filimonov D., Poroikov V. (2002). Computer-aided prediction of receptor profile for drug-like compounds. SAR and QSAR in Environmental Research, 13 (3/4), 433-443.
  5. Geronikaki A., Lagunin A., Poroikov V., Filimonov D., Hadjipavlou-Litina D., Vicini P. (2002). Computer aided prediction of biological activity spectra: evaluating versus known and predicting of new activities for thiazole derivative. SAR and QSAR in Environmental Research, 13 (3/4), 457-471.
  6. Poroikov V., Lagunin A. (2002). PharmaExpert: knowledge-based computer system for interpretation of biological activity spectrum for substance. Newsletter of The QSAR and Modelling Society, No.13, p.23-24.
  7. Соболев Б.Н., Поройков В.В., Оленина Л.В., Колесанова Е.Ф., Арчаков А.И. (2002). Анализ белков вируса гепатита С на основе аминокислотных последовательностей и литературных данных. Биофизика, 43 (2), 204-210.

Книги, обзоры, авторефераты, препринты:

  1. Гомазков О.А. Зачем мозгу нужны новые нервные клетки? М.: Из-во ИКАР, 2016. - 140 стр. ISBN 9-785-7974-0545-0.
  2. Zakharov A., Lagunin A. (2014). Computational toxicology in drug discovery: opportunities and limitations. In: Application of Computational Techniques in Pharmacy and Medicine. Leonid Gorb, Victor Kuz’min and Eugene Muratov Eds.. Springer, 2014, p. 325-367.
  3. Филимонов Д.А., Лагунин А.А., Глориозова Т.А., Gawande D., Goel R., Поройков В.В. Библиотеки природных и синтетических соединений как источники базовых структур новых лекарств. В кн.: Химия гетероциклических соединений. Современные аспекты, М.: МБФНП, 2014, том 1, с. 464-471.
  4. Lagunin A., Ivanov S., Pogodin P., Rudik A., Gloriozova T., Gawande D., Goel R., Poroikov V. (2013)/ In silico estimation of interactions between the phytoconstituents of medicinal plants and human regulatory pathways. In: Proceedings of the 9th International Symposium on Integrative Bioinformatics 2013, Gatersleben, Germany, 2013, p.p. 160-161.
  5. Гомазков О.А. Нейрогенез как адаптивная функция мозга. М.: Из-во ИКАР, 2013. - 136 с.
  6. Гомазков О.А. (2011). Старение мозга и нейротрофическая терапия. ИКАР, Москва, 180 с. (PDF)
  7. Баренбойм Г.М., Чиганова М.А., Поройков В.В. (2010)/ Оценка биологической опасности органических ксенобиотиков при мониторинге водных объектов (методические проблемы и некоторые пути их решения). В кн.: Управление развитием крупномасштабных систем (MLSD\'2010): Труды Четвертой международной конференции (4-6 октября 2010 г., Москва, Россия). Том II. - М.: Учреждение Российской академии наук Институт проблем управления им. В.А. Трапезникова РАН, 2010. (ISBN 978-5-91450-069-3), с. 298-309.
  8. Гомазков О.А. Плейотропные эффекты нейротрофинов. Принципы терапевтического действия церебролизина. М.: ООО <КДМ>, 2010. - 136 с.
  9. Поройков В.В., Филимонов Д.А., Лагунин А.А., Глориозова Т.А. Компьютерное прогнозирование биологической активности природных соединений и их производных. В кн.: Современные аспекты химии гетероциклов. Под. Ред. В.Г. Карцева, М.: МБФНП, 2010, с.142-148.
  10. Filimonov D.A., Poroikov V.V. (2008). Probabilistic approach in activity prediction. In: Chemoinformatics Approaches to Virtual Screening. Eds. Alexandre Varnek and Alexander Tropsha. Cambridge (UK): RSC Publishing, p.182-216.
  11. Гомазков О.А. (2006). Нейротрофическая регуляция и стволовые клетки мозга. Монография, Москва, 332 с.
  12. Ivanov A.S., Poroikov V.V., Archakov A.I. (2006). Bioinformatics education in the Institute of Biomedical Chemistry RAMS: course «Bioinformatics – the way from gene to drug» and special course «Bioinformatics and computer-aided drug design». In: Proceedings of the Fifth International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure. Eds. N. Kolchanov, R. Hofestadt, Novosibirsk, July 16-22, 2006, v.3, p.262-265.
  13. Поройков В.В., Филимонов Д.А., Глориозова Т.А., Лагунин А.А. (2006). Компьютерное прогнозирование спектров биологической активности азотсодержащих органических соединений. В кн.: Азотсодержащие гетероциклы, М.: ICSPF, с.92-97.
  14. Poroikov V.V., Filimonov D.A., Gloriozova T.A., Lagunin A.A. (2006). Computer Prediction of Biological Activity Spectra for Nitrogen-Containing Organic Compounds. In: Nitrogen-Containing Heterocycles, M.: ICSPF, p.109-120.
  15. Поройков В.В. (2005). Система государственной регистрации и биологических испытаний химических соединений: воспоминания о будущем. В кн.: Медицинская биофизика. Биологические испытания химических соединений. М.: Медицина, с.546-549.
  16. Filimonov D.A., Lagunin A.A., Poroikov V.V. (2005). Prediction of activity spectra for substances using new local integrative descriptors. QSAR and Molecular Modelling in Rational Design of Bioactive Molecules. Eds. Esin Aki Sener, Ismail Yalcin, Ankara (Turkey), CADD & D Society, p.98-99.
  17. Kovaleva V.L., Geronikaki A., Krylov I.A., Shilova E.V., Goncharenko L.V., Poroikov V.V. (2005). New potent bronhodilators bearing 2-aminothiazole roup discovered on the basis of computer-aided prediction. QSAR and Molecular Modelling in Rational Design of Bioactive Molecules. Eds. Esin Aki Sener, Ismail Yalcin, Ankara (Turkey), CADD & D Society, p.108-110.
  18. Dmitriev A., Rudik A., Borodina Yu., Filimonov D., Poroikov V., Blinova V., Kharchevnikova N. (2005). A new statistical approach to predicting aromatic hydroxilation sites. Comparison with model-based approaches. QSAR and Molecular Modelling in Rational Design of Bioactive Molecules. Eds. Esin Aki Sener, Ismail Yalcin, Ankara (Turkey), CADD & D Society, p.207-208.
  19. Lagunin A., Dearden J., Filimonov D., Poroikov V. (2005). A new in silico approach for the mutagenicity prediction. QSAR and Molecular Modelling in Rational Design of Bioactive Molecules. Eds. Esin Aki Sener, Ismail Yalcin, Ankara (Turkey), CADD & D Society, p.209-210.
  20. Zakharov A., Lagunin A., Filimonov D., Poroikov V. (2005). Computer prediction of human carcinogenicity for chemical compounds according to the IARC classification. QSAR and Molecular Modelling in Rational Design of Bioactive Molecules. Eds. Esin Aki Sener, Ismail Yalcin, Ankara (Turkey), CADD & D Society, p.211-212.
  21. Poroikov V., Lagunin A., Filimonov D. (2005). Pharmaexpert: diseases, targets and ligands – three in one. QSAR and Molecular Modelling in Rational Design of Bioactive Molecules. Eds. Esin Aki Sener, Ismail Yalcin, Ankara (Turkey), CADD & D Society, p.514-515.
  22. Poroikov V., Filimonov D. (2005). PASS: Prediction of Biological Activity Spectra for Substances. In: Predictive Toxicology. Ed. by Christoph Helma. Taylor & Francis, 459-478.
  23. Гомазков О.А. (2005). Нейротрофические и ростовые факторы мозга: регуляторная специфика и терапевтический потенциал. Успехи физиол. наук, том 36, №2, с.1-25.
  24. Гомазков О.А. (2005). Васкулярные ростовые факторы в патогенезе гипертензивных состояний. «Кардиоваскулярная терапия и профилактика», №3, часть 1, с.93-103.
  25. Гомазков О.А. (2004). Нейротрофические факторы мозга. Справочно-информационное издание. Электронная версия CD-ROM.
  26. Поройков В.В., Филимонов Д.А., Лагунин А.А., Глориозова Т.А., Рудик А.В., Степанчикова А.В., Акимов Д.В., Захаров А.В., Дмитриев А.В. (2004). Компьютерная оценка спектра биологической активности химических соединений с целью минимизации рисков их применения в медицине. В кн.: Проблемы оценки риска здоровью населения от воздействия факторов окружающей среды, М., с.167-169.
  27. Бородина Ю.В., Рудик А.В., Филимонов Д.А., Блинова В.Г., Дмитриев А.В., Харчевникова Н.В., Поройков В.В. (2004). Компьютерный прогноз биотрансформации ксенобиотиков. Материалы XII международной конференции «Новые информационные технологии в медицине, биологии, фармакологии и экологии», Гурзуф. В кн.: Успехи современного естествознания, № 6 (прил.1, том 1), 77-79.
  28. Гомазков О.А. (2003). «Нейрохимия ишемических и возрастных патологий мозга». Информационно-аналитическое издание. Москва. 200 C.
  29. Akimov D.A., Filimonov D.A., Poroikov V.V. Computer-aided finding of new HIV-1 integrase inhibitors. (2003). In: EuroQSAR 2002. Designing Drugs and Crop Protectants: Processes, Problems and Solutions. Malden a.o.: Blackwell Publ., p.80.
  30. Филимонов Д.А., Бородина Ю.В., Лагунин А.А., Акимов Д.В., Садым А.В., Поройков В.В. (2003). Компьютерное прогнозирование биологической активности химических соединений. В кн.: Проблемы создания новых лекарственных средств, Уфа: Гилем, с.с. 83-84.
  31. Sobolev B.N., Fomenko A.E., Filimonov D.A., Poroikov V.V. (2002). Protein profiles based on structural descriptors of amino acid residues. Proceedings of the Second International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS\'2002, Eds. Kolchanov et al.), vol. 3, pp. 117-119.
  32. Поройков В.В. Компьютерный анализ связей "структура – активность". В кн.: Учебное пособие по курсу “Химия и технология фармацевтических препаратов”. Иваново: Ивановский государственный химико-технологический университет, 2002. С.23-33, 279.
  33. Гомазков О.А. (2002). «Нейропептиды и ростовые факторы мозга» Информационно-справочное издание. Москва. 240 с.
  34. Поройков В.В., Филимонов Д.А. Компьютерный прогноз биологической активности химических соединений как основа для поиска и оптимизации базовых структур новых лекарств. В кн.: Труды Международной конференции «Состояние и перспективы развития органической химии в Республике Казахстан» (к 90-летию член-корреспондента АН КазССР И.Н. Азербаева). Алматы - Шымкент – 2002, с.201-206.