Спецкурс "Биоинформатика и компьютерное конструирование лекарств"

Cпецкурс для студентов 6-й курса МБФ РГМУ. Осенний семестр 2009.


Запись на спецкурс: +7 (499) 246-48-81 (кафедра биохимии МБФ РГМУ) –

Ольга Васильевна Добрынина (+7 (916) 336-98-29), Вера Борисовна Лисицына (+7 (903) 287-50-75);

Владимир Васильевич Поройков (+7 (499) 246-09-20).


  • О курсе
  • Программа спецкурса и лекции

Биоинформатика и компьютерное конструирование лекарств – бурно развивающиеся разделы современной биомедицинской науки, связанные с анализом информации о первичной и пространственной структуре белков и нуклеиновых кислот, взаимосвязей "структура-активность" физиологически активных веществ, молекулярных основ возникновения заболеваний и созданием новых лекарственных препаратов.

 

Рассматриваются основные направления биоинформатики и даются основы работы с пакетами прикладных программ:

  • Работа с банками данных по нуклеиновым кислотам, белкам и низкомолекулярным лигандам.
  • Анализ структуры и функции биологических макромолекул.
  • Моделирование пространственной структуры биологических макромолекул и их взаимодействия с лигандами.
  • Анализ взаимосвязей "структура-активность" и "структура-свойство" фармакологических веществ.
  • Прогнозирование фармакологических свойств новых веществ.
  • Виртуальный скрининг и конструирование de novo базовых структур новых лекарств.
  • Путь создания лекарств «от геномов до прототипа лекарства».
  • Поиск биомедицинской научной информации в глобальной сети Internet и ее анализ через призму системной биологии.

Специалисты по биоинформатике занимают в настоящее время ведущие позиции в академической науке, поскольку исследования в данной области проводятся во многих ведущих университетах мира, а также в фармацевтических и биотехнологических фирмах.

 

Целью спецкурса является ознакомление студентов-выпускников кафедр биохимии, биофизики и медицинской кибернетики Медико-биологического факультета на профессиональном уровне с методами биоинформатики в постгеномных исследованиях, фундаментальные и прикладные аспекты которых интенсивно развиваются в настоящее время.

 

Практические занятия проводятся в хорошо оснащенном компьютерном классе Учреждения Российской академии медицинских наук Научно-исследовательский институт биомедицинской химии имени В.Н. Ореховича РАМН (ИБМХ РАМН). Институт располагает высокопроизводительным компьютерным оборудованием, а также современным специализированным программным обеспечением.

 

Ряд работ выполняется в сотрудничестве с отделом протеомных исследований Института с целью поиска биомаркеров заболеваний, мишеней новых лекарств и перспективных базовых структур новых препаратов. Работы выполняются при поддержке Российских и международных грантов (Роснауки, Российского фонда фундаментальных исследований, Международного научно-технического центра,
Европейской программы FP7 и др.). Результаты исследований публикуются в престижных научных журналах и представляются на Российских и международных конференциях и симпозиумах. Лучшим выпускникам спецкурса может быть предложено выполнение дипломной работы в ИБМХ РАМН, поступление в аспирантуру Российской академии медицинских наук, подготовка и защита диссертации. На базе Института функционирует Специализированный Совет по защите докторских и кандидатских диссертаций (Д 001.010.01) по специальностям 03.00.04 "Биохимия" и 03.00.28 "Биоинформатика" по биологическим наукам.

Дата Лектор Тема
1 18.09.09 В.В. Поройков Экспериментальные и теоретические подходы к открытию базовых структур новых лекарств
2 25.09.09 А.С. Иванов Скрининг in vitro и биотестирование прототипов новых лекарств, предсказанных методами in silico.
3 02.10.09 Б.Н. Соболев Базы данных и программы анализа нуклеотидных и аминокислотных последовательностей, доступные через Интернет.
4 09.10.09 А.С. Иванов Методы молекулярного моделирования в конструировании лекарств.
5 16.10.09 Д.А. Филимонов Методы (Q)SAR/(Q)SPR в поиске и оптимизации базовых структур лекарств.
6 23.10.09 О.А. Фильц Конструирование новых базовых структур лекарств на основе структуры фрагментов.
7 30.10.09 А.А. Лагунин Компьютерное предсказание токсичности: возможности и ограничения.
8 06.11.09 М.А. Пятницкий Распознавание образов для анализа данных постгеномных исследований.
9 13.11.09 М.А. Пятницкий Текстомика: применение для анализа белок-белковых взаимодействий.
10 20.11.09 О.А. Коборова Анализ регуляторных сигнальных путей для идентификации перспективных мишеней лекарств.
11 27.11.09 А.В. Веселовский Поиск новых ингибиторов моноаминоксидаз как потенциальных лекарств (case study).
12 04.12.09 В.В. Поройков Старые и новые лекарства в лечении артериальной гипертензии (case study).
13 11.12.09 А.В. Дмитриев Компьютерные методы прогноза метаболизма лекарств