Сотрудники института получили дипломом II степени журнала "Биоорганическая химия"

Поздравляем соавторов статьи "Прямой молекулярный фишинг в исследовании молекулярных партнеров белок-белковых и белок-пептидных взаимодействий" А. С. Иванова, П. В. Ершова, Ю. В. Мезенцева, Л. А. Калужского, Е. О. Яблокова, А. В. Флоринскую, О. В. Гнеденко, А. Е. Медведева.

Работа отмечена дипломом II степени журнала "Биоорганическая химия". В статье рассматривается оригинальный экспериментальный метод прямого молекулярного фишинга. Разработан оригинальный экспериментальный метод прямого молекулярного фишинга для выявления потенциальных партнеров белок-белковых и белок-пептидных взаимодействий. Подход основан на совместном применении технологий поверхностного плазмонного резонанса (SPR), гель-фильтрационной и аффинной хроматографии и масс-спектрометрической идентификации белков (LC-MS/MS). Ранее мы показали возможность использования данного метода для решения задач белковой интерактомики как в экспериментальной модельной системе, так и в пилотном исследовании в рамках проекта “Протеом человека”. В настоящей работе метод успешно применен для выявления возможных молекулярных партнеров 7 целевых белков, кодируемых генами 18-й хромосомы человека (также в рамках проекта “Протеом человека”). Фишинг на аффинных сорбентах с иммобилизованными в качестве лигандов целевыми белками выполнен из лизата ткани печени человека и его отдельных фракций, полученных индивидуально для каждого белка-наживки с помощью комбинации гель-хроматографии и SPR-анализа на присутствие в них потенциально способных к взаимодействию белков. Были идентифицированы возможные молекулярные партнеры и выполнена сравнительная оценка специфичности прямого фишинга для целевых белков. Прямой молекулярный фишинг был также успешно использован для поиска потенциальных белков-партнеров, взаимодействующих с различными изоформами бета-амилоида, которые играют ключевую роль в развитии болезни Альцгеймера. Для этого в качестве молекулярных наживок были использованы синтетические пептиды, являющиеся аналогами металл-связывающего домена изоформ бета-амилоида, а фишинг выполнен из лизата цитозольной фракции иммортализованных нейрональных клеток человека. При фишинге на пептид А-бета-(1-16) идентифицированы 13 потенциальных белков-партнеров, выделенных из цитозольной фракции клеток.