Дополнительное профессиональное образование
Структурная биоинформатика: AlphaFold3
Курс разработан по инициативе академика Российской академии наук АРЧАКОВА Александра Ивановича, научного руководителя Института биомедицинской химии имени В.Н.Ореховича.
Белки выполняют множество функций в организме живого существа и в клетке. Разгадать как работает тот или иной белок - сложная и кропотливая работа. На основе данных о структуре белка мы не только можем понять, как работает клетка, но и сможем создавать эффективные лекарства.
Только представьте, что у вас есть интернет, где вы можете прочитать любую информацию, но она вся на непонятном для вас языке. Тут в игру вступает AlphaFold, предлагая алгоритмическое «переводческое» решение для расшифровки структуры белков.
На нашем курсе вы прикоснетесь к будущему, так как AlphaFold3 выводит нас за пределы белков и охватывает широкий спектр биомолекул. Этот скачок может открыть новые возможности для развития науки, от разработки биовозобновляемых материалов и повышения устойчивости сельскохозяйственных культур до ускорения разработки лекарств и исследований в области геномики.
Мы дадим вам импульс и научим пользоваться этим прекрасным инструментом, дадим вам связку ключей, которыми вы сможете открыть тысячи дверей. Дальше все будет зависить только от вас. Только представьте, что вы сможете сделать с этими знаниями! Открыть лекарство от старости? Возможно. Придумать вакцину от рака? Может быть. Все зависит только от вашей фантазии и целеустремлённости.
Дерзай, мы верим в тебя!
Преподаватели курса
д.б.н., академик РАН
Поройков Владимир Васильевич
Компьютерное конструирование лекарств, хемоинформатика
д.б.н.
Веселовский Александр Владимирович
Биоинформатика. Молекулярное моделирование
д.б.н., академик РАН
Лисица Андрей Валерьевич
Медицинская протеомика и биоинформатика
Константинов Михаил Александрович
Изучение специфичности протеаз, предсказание взаимодействий белков
Сухачёв Владислав Сергеевич
Межлекарственные взаимодействия. QSAR, системная биология, сетевая фармакология, фармакометрика
Козлова Анна Сергеевна
Транслятомика, транскриптомика, метаболомика, машинное обучение и молекулярное моделирование
Инструкторы
Згода Алексей Викторович
Структурная биоинформатика, молекулярное моделирование, метагеномика
Деменчук Ярослав Вячеславович
Метабаркодинг, анализ МС-данных, структурная биоинформатика
Федорцова Елизавета Владимировна
Онкогенетика и процессы миграции опухолевых клеток, эволюционная биология
Реутова Екатерина Витальевна
Молекулярная биология и генная инженерия, клеточные технологии и микроскопия
Вы узнаете и научитесь
Работать с облачными вычислительными технологиями на примере платформы Yandex Cloud.
Научитесь выбирать условия проведения эксперимента in silico, планировать и осуществлять моделирование структуры белка и молекулярную динамику. Сможете оценивать и интерпретировать результаты своих экспериментов. Получите наиболее актуальные пособия по работе с AlphaFold3, Gromacs, PyMOL.
Режим занятий
Формат обучения - дистанционный. Каскадно-водопадная форма обучения на базе Yandex.Telemost.
Лекции проходят в будние дни
Практические занятия: вторник и пятница с 18:00 до 19:30
76 академических часов
Старт потока: 10 ноября 2025 года
Цена: 25 000 руб.
По окончании обучения Вы получите удостоверение.
Программа курса
Модуль 1. Компьютерная грамотность
- Вступительная лекция "Поиск и конструирование новых лекарств с применением методов in silico"
- Платформа аренды вычислительных мощностей Yandex Cloud. Основы, достоинства, недостатки
- Основы удаленного доступа: протоколы RDP и SSH
- Передача файлов на удаленные машины: протоколы SFTP и SCP, утилита winSCP
Модуль 2. AlphaFold3
- Экспериментальное определение структуры белка. База данных PDB. Предсказание структуры белка in silico. Modeller, Swiss-Model, Rosetta, AlphaFold
- Визуализация молекул, функционал приложений: PyMol, VMD
- Базовые принципы AlphaFold3
- AlphaFold3. Прорыв в структурной биоинформатике благодаря нейронным сетям. Принципы работы. Оценка качества моделирования. Сравнение с PDB
- Возможности AlphaFold3 в области моделирования комплексов белок-лиганд (белок, нуклеиновые кислоты и низкомолекулярные соединения)
Модуль 3. Молекулярная динамика
- Молекулярная механика. Поля сил
- Молекулярный докинг
- Моделирование комплекса белок-низкомолекулярный лиганд и белок-белкового комплекса методом докингаг
- Сущность молекулярной динамики. Программы моделирования молекулярной динамики (Amber, Gromacs, NAMD, CHARMM)
- Молекулярное моделирование. Молекулярная динамика. Применение методов молекулярной динамики в пакете GROMACS (Amber)
- Молекулярная динамика белок-лигандного комплекса
- Интерпретация результатов и основы статистического обработки
Документы
Лицензия на образовательную деятельность
Порядок приема
Порядок и основания отчисления и восстановления обучающихся
Расчет стоимости
Политика конфиденциальности
Контакты
Для записи на курс напишите краткое резюме на адрес электронной почты