Веб-системы

ScanBious: система автоматического поиска ключевых концепций

PubMed является одной из крупнейших публичных баз данных биомедицинской литературы. Количество статей в системе PubMed исчисляется миллионами, что создает трудности при поиске информации. Система ScanBious разработана как бесплатный веб-ресурс для выделения ключевых понятий на основе анализа PubMed и создания семантических карт. Объектами (“узлами”) такой карты могут быть MeSH-термины или другие понятия (названия белков, болезней, химических соединений и т. д.), структурированные в виде контролируемых словарей. Границы между двумя объектами автоматически рассчитываются  на основе индекса семантического сходства, который пропорционален количеству публикаций, относящихся к обоим объектам одновременно.

Семантические карты могут быть построены для оценки взаимосвязей между белками. В качестве примера создана семантическая сеть для 150 белков человека, участвующих в различных метаболических путях. Белки, участвующие в одних и тех же молекулярных процессах, находятся в составе изолированных кластеров. 

В процессе навигации по PubMed исследователи неосознанно создают пользовательские профили чтения. Исследована структура социальной сети, созданная пользователями при работе с PubMed.

Персонализированные библиографические профили могут использоваться для оценки взаимосвязи научных траекторий выпускников одной научной школы.

На примере исследования проблемы ожирения показана роль ScanBious для визуализации обширной области знаний в форме набора концепций, отражающих современные тенденции развития и ключевые молекулярные факторы развития ожирения.