Лаборатория анализа постгеномных данных
Ильгисонис Екатерина Викторовна ЗАВЕДУЮЩАЯ ЛАБОРАТОРИЕЙ
к.б.н. ResearcherID Scopus ID ORCID eLibraryID |
КОНТАКТЫ |
|
Пономаренко Елена Александровна д.б.н. ResearcherID
Scopus ID ORCID eLibraryID |
Зорина Елена Сергеевна
ResearcherID
Scopus ID ORCID eLibraryID |
Козлова Анна Сергеевна
|
|
Сарыгина Елизавета Викторовна
|
Селицкий Максим Вадимович
|
Тарбеева Светлана Николаевна
ResearcherID
ORCID |
|
Филатова Татьяна Алексеевна
|
Технологические достижения последних лет позволяют получать данные о сотнях транскриптах или белках в ходе одного эксперимента. Накопление таких данных и открытый доступ к ним создает хорошие предпосылки для развития мета-анализа и получения новых знаний без постановки эксперимента, при этом с каждым годом все сложнее аннотировать полученные экспериментальные результаты без использования автоматизированных подходов.
Лаборатория анализа постгеномных данных специализируется на разработке Веб-ориентированных программных продуктов, предназначенных для анализа и аннотации результатов транскриптомных или протеомных экспериментов.
Основная тематика лаборатории – информационное сопровождение российской части проекта «Протеом человека».
Данные, полученные в ходе выполнения работ по договору №2Т/1361-24
(1) Перечень белков, полученных в ходе МС-анализа на масс-спектрометре типа Orbitrap (MaxQuant)
(2) Перечень белков, полученных в ходе МС-анализа на масс-спектрометре типа Orbitrap (IdentiProt)
Pleshakova T.O., Ivanov Y.D., Valueva A.A., Shumyantseva V.V., Ilgisonis E.V., Ponomarenko E.A., Lisitsa A.V., Chekhonin V.P., Archakov A.I. (2023) Analysis of Single Biomacromolecules and Viruses: Is It a Myth or Reality?, International Journal of Molecular Sciences, 24(3), 1877. DOI:10.3390/ijms24031877
Naryzhny S. (2023) Proteomics and Its Applications in Cancers, International Journal of Molecular Sciences, 24(5), 4457. DOI:10.3390/ijms24054457
Barashkova A.S., Smirnov A.N., Zorina E.S., Rogozhin E.A. (2023) Diversity of Cationic Antimicrobial Peptides in Black Cumin (Nigella sativa L.) Seeds, International Journal of Molecular Sciences, 24(9), 8066. DOI:10.3390/ijms24098066
Naryzhny S. (2023) Quantitative Aspects of the Human Cell Proteome, International Journal of Molecular Sciences, 24(10), 8524. DOI:10.3390/ijms24108524
Sarygina E., Kozlova A., Deinichenko K., Radko S., Ptitsyn K., Khmeleva S., Kurbatov L.K., Spirin P., Prassolov V.S., Ilgisonis E., Lisitsa A., Ponomarenko E. (2023) Principal Component Analysis of Alternative Splicing Profiles Revealed by Long-Read ONT Sequencing in Human Liver Tissue and Hepatocyte-Derived HepG2 and Huh7 Cell Lines, International Journal of Molecular Sciences, 24(21), 15502. DOI:10.3390/ijms242115502
Kiseleva O.I., Kurbatov I.Y., Arzumanian V.A., Ilgisonis E.V., Vakhrushev I.V., Lupatov A.Y., Ponomarenko E.A., Poverennaya E.V. (2022) Exploring Dynamic Metabolome of the HepG2 Cell Line: Rise and Fall, Cells, 11(22), 3548. DOI:10.3390/cells11223548
Vavilov N.E., Zgoda V.G., Tikhonova O.V., Farafonova T.E., Shushkova N.A., Novikova S.E., Yarygin K.N., Radko S.P., Ilgisonis E.V., Ponomarenko E.A., Lisitsa A.V., Archakov A.I. (2020) Proteomic Analysis of Chr 18 Proteins Using 2D Fractionation, Journal of Proteome Research, 19(12), 4901-4906. DOI:10.1021/acs.jproteome.0c00856
Kopylov A.T., Ponomarenko E.A., Ilgisonis E.V., Pyatnitskiy M.A., Lisitsa A.V., Poverennaya E.V., Kiseleva O.I., Farafonova T.E., Tikhonova O.V., Zavialova M.G., Novikova S., Moshkovskii S.A., Radko S.P., Morukov B.V., Grigoriev A.I., Paik Y.K., Salekdeh G.H., Urbani A., Zgoda V.G., Archakov A.I. (2019) 200+ Protein Concentrations in Healthy Human Blood Plasma: Targeted Quantitative SRM SIS Screening of Chromosomes 18, 13, Y and the Mitochondrial Chromosome Encoded Proteome, Journal of Proteome Research, 18(1), 120-129. DOI:10.1021/acs.jproteome.8b00391
Radko S.P., Poverennaya E.V., Kurbatov L.K., Ponomarenko E.A., Lisitsa A.V., Archakov A.I. (2019) The "Missing" Proteome: Undetected Proteins, Not-Translated Transcripts, and Untranscribed Genes, Journal of Proteome Research, 18(12), 4273-4276. DOI:10.1021/acs.jproteome.9b00383
Archakov A.I., Aseev A.L., Bykov V.A., Grigoriev A.I., Govorun V.M., Ilgisonis E.V., Ivanov Y.D., Ivanov V.T., Kiseleva O.I., Kopylov A.T., Lisitsa A.V., Mazurenko S.N., Makarov A.A., Naryzhny S.N., Pleshakova T.O., Ponomarenko E.A., Poverennaya E.V., Pyatnitskiy M.A., Sagdeev R.Z., Skryabin K.G., Zgoda V.G. (2019) Challenges of the Human Proteome Project: 10-year Experience of the Russian Consortium, Journal of Proteome Research, 18(12), 4206-4214. DOI:10.1021/acs.jproteome.9b00358