Лаборатория анализа постгеномных данных

Ильгисонис Екатерина Викторовна ЗАВЕДУЮЩАЯ ЛАБОРАТОРИЕЙ
к.б.н. ResearcherID
Scopus ID
ORCID
eLibraryID

КОНТАКТЫ

Пономаренко Елена Александровна д.б.н. ResearcherID Scopus ID ORCID eLibraryID	Ключникова Анна Алексеевна к.б.н. ResearcherID Scopus ID ORCID eLibraryID	Зорина Елена Сергеевна ResearcherID Scopus ID ORCID eLibraryID
Козлова Анна Сергеевна	Сарыгина Елизавета Викторовна	Тарбеева Светлана Николаевна ResearcherID ORCID

Технологические достижения последних лет позволяют получать данные о сотнях транскриптах или белках в ходе одного эксперимента. Накопление таких данных и открытый доступ к ним создает хорошие предпосылки для развития мета-анализа и получения новых знаний без постановки эксперимента, при этом с каждым годом все сложнее аннотировать полученные экспериментальные результаты без использования автоматизированных подходов.

Лаборатория анализа постгеномных данных специализируется на разработке Веб-ориентированных программных продуктов, предназначенных для анализа и аннотации результатов транскриптомных или протеомных экспериментов.

Основная тематика лаборатории – информационное сопровождение российской части проекта «Протеом человека».

Данные, полученные в ходе выполнения работ по договору №2Т/1361-24

(1) Этап 1: Перечень белков, полученных в ходе МС-анализа на масс-спектрометре типа Orbitrap (MaxQuant)

(2) Этап 1: Перечень белков, полученных в ходе МС-анализа на масс-спектрометре типа Orbitrap (IdentiProt)

(3) Этап 1: Перечень белков, полученных в ходе МС-анализа образцов немодельных организмов типа членистоногие на масс-спектрометре типа Q-TOF

(4) Этап 1: Перечень метаболитов, полученных в ходе МС-анализа образцов немодельных организмов типа членистоногие на масс-спектрометре типа Leco

(5) Этап 2: Перечень белков, полученных в ходе МС-анализа на масс-спектрометре типа Orbitrap

(6) Этап 2: Перечень метаболитов, полученных в ходе МС-анализа образцов немодельных организмов типа членистоногие на масс-спектрометре типа Leco

(7) Идентифицированные ортогруппы генов, связанные со старением у человека и модельных организмов

ИЗБРАННЫЕ ПУБЛИКАЦИИ

Naryzhny S. (2023) Proteomics and Its Applications in Cancers, International Journal of Molecular Sciences, 24(5), 4457. DOI:10.3390/ijms24054457

Naryzhny S. (2023) Quantitative Aspects of the Human Cell Proteome, International Journal of Molecular Sciences, 24(10), 8524. DOI:10.3390/ijms24108524

Pleshakova T.O., Ivanov Y.D., Valueva A.A., Shumyantseva V.V., Ilgisonis E.V., Ponomarenko E.A., Lisitsa A.V., Chekhonin V.P., Archakov A.I. (2023) Analysis of Single Biomacromolecules and Viruses: Is It a Myth or Reality?, International Journal of Molecular Sciences, 24(3), 1877. DOI:10.3390/ijms24031877

Barashkova A.S., Smirnov A.N., Zorina E.S., Rogozhin E.A. (2023) Diversity of Cationic Antimicrobial Peptides in Black Cumin (Nigella sativa L.) Seeds, International Journal of Molecular Sciences, 24(9), 8066. DOI:10.3390/ijms24098066

Sarygina E., Kozlova A., Deinichenko K., Radko S., Ptitsyn K., Khmeleva S., Kurbatov L.K., Spirin P., Prassolov V.S., Ilgisonis E., Lisitsa A., Ponomarenko E. (2023) Principal Component Analysis of Alternative Splicing Profiles Revealed by Long-Read ONT Sequencing in Human Liver Tissue and Hepatocyte-Derived HepG2 and Huh7 Cell Lines, International Journal of Molecular Sciences, 24(21), 15502. DOI:10.3390/ijms242115502

Kiseleva O.I., Kurbatov I.Y., Arzumanian V.A., Ilgisonis E.V., Vakhrushev I.V., Lupatov A.Y., Ponomarenko E.A., Poverennaya E.V. (2022) Exploring Dynamic Metabolome of the HepG2 Cell Line: Rise and Fall, Cells, 11(22), 3548. DOI:10.3390/cells11223548

Vavilov N.E., Zgoda V.G., Tikhonova O.V., Farafonova T.E., Shushkova N.A., Novikova S.E., Yarygin K.N., Radko S.P., Ilgisonis E.V., Ponomarenko E.A., Lisitsa A.V., Archakov A.I. (2020) Proteomic Analysis of Chr 18 Proteins Using 2D Fractionation, Journal of Proteome Research, 19(12), 4901-4906. DOI:10.1021/acs.jproteome.0c00856

Radko S.P., Poverennaya E.V., Kurbatov L.K., Ponomarenko E.A., Lisitsa A.V., Archakov A.I. (2019) The "Missing" Proteome: Undetected Proteins, Not-Translated Transcripts, and Untranscribed Genes, Journal of Proteome Research, 18(12), 4273-4276. DOI:10.1021/acs.jproteome.9b00383

Archakov A.I., Aseev A.L., Bykov V.A., Grigoriev A.I., Govorun V.M., Ilgisonis E.V., Ivanov Y.D., Ivanov V.T., Kiseleva O.I., Kopylov A.T., Lisitsa A.V., Mazurenko S.N., Makarov A.A., Naryzhny S.N., Pleshakova T.O., Ponomarenko E.A., Poverennaya E.V., Pyatnitskiy M.A., Sagdeev R.Z., Skryabin K.G., Zgoda V.G. (2019) Challenges of the Human Proteome Project: 10-year Experience of the Russian Consortium, Journal of Proteome Research, 18(12), 4206-4214. DOI:10.1021/acs.jproteome.9b00358

Kopylov A.T., Ponomarenko E.A., Ilgisonis E.V., Pyatnitskiy M.A., Lisitsa A.V., Poverennaya E.V., Kiseleva O.I., Farafonova T.E., Tikhonova O.V., Zavialova M.G., Novikova S., Moshkovskii S.A., Radko S.P., Morukov B.V., Grigoriev A.I., Paik Y.K., Salekdeh G.H., Urbani A., Zgoda V.G., Archakov A.I. (2019) 200+ Protein Concentrations in Healthy Human Blood Plasma: Targeted Quantitative SRM SIS Screening of Chromosomes 18, 13, Y and the Mitochondrial Chromosome Encoded Proteome, Journal of Proteome Research, 18(1), 120-129. DOI:10.1021/acs.jproteome.8b00391