Федеральное государственное бюджетное научное учреждение
«Научно-исследовательский институт биомедицинской химии имени В.Н. Ореховича»

Лаборатория структурно-функционального конструирования лекарств

Поройков Владимир Васильевич ЗАВЕДУЮЩИЙ ЛАБОРАТОРИЕЙ
к.ф-м.н., д.б.н., профессор, член-корреспондент РАН
ResearcherID
Scopus ID
ORCID
eLibraryID
КОНТАКТЫ

(499) 246-09-20

(499) 255-30-29

Web-site

Бизюкова Надежда Юрьевна ResearcherID
Scopus ID
ORCID

Глориозова Татьяна Андреевна ResearcherID
Scopus ID
ORCID
eLibraryID

Гомазков Олег Александрович д.б.н. , профессор ResearcherID
Scopus ID
ORCID
eLibraryID
Дмитриев Алeксандp Виктoрoвич к.б.н. ResearcherID
Scopus ID
ORCID
eLibraryID
Дружиловский Дмитрий Сергеевич к.б.н. ResearcherID
Scopus ID
ORCID
eLibraryID
Иванов Сергей Михайлович к.б.н. ResearcherID
Scopus ID
ORCID
eLibraryID
Ионов Никита Сергеевич ResearcherID
ORCID

Карасев Дмитрий Алексеевич ResearcherID
Scopus ID
ORCID
eLibraryID

Лагунин Алексей Александрович д.б.н., профессор ResearcherID
Scopus ID
ORCID
eLibraryID
Погодин Павел Викторович к.б.н. ResearcherID
Scopus ID
ORCID
eLibraryID
Рудик Анастасия Владимировна к.б.н. ResearcherID
Scopus ID
ORCID
eLibraryID
Савосина Полина Игоревна ResearcherID
Scopus ID
ORCID
eLibraryID

Соболев Борис Николаевич к.б.н. ResearcherID
Scopus ID
ORCID
eLibraryID
Столбов Леонид Алексеевич ResearcherID
Scopus ID
ORCID
eLibraryID

Сухачёв Владислав Сергеевич ORCID
eLibraryID

Тарасова Ольга Александровна к.б.н. ResearcherID
Scopus ID
ORCID
eLibraryID
Филимонов Дмитрий Алексеевич к.ф-м.н. ResearcherID
Scopus ID
ORCID
eLibraryID
Брюшинина Татьяна Викторовна

УЧЕБНО-НАУЧНАЯ РАБОТА

Сотрудники лаборатории читают лекции и ведут семинарские занятия по биоинформатике и компьютерному конструированию лекарств на Медико-биологическом факультете Российского национального исследовательского медицинского университета имени Н. И. Пирогова (МБФ РНИМУ им. Н. И. Пирогова) и в других университетах г. Москвы, а также в аспирантуре ИБМХ по специальности 03.01.09 - «математическая биология, биоинформатика».

ОСНОВНЫЕ НАПРАВЛЕНИЯ ИССЛЕДОВАНИЙ И РАЗРАБОТОК

Анализ взаимосвязей «структура-активность» и «структура-свойство», предсказание спектров биологической активности и токсичности, биотрансформаций и метаболизма лекарственно-подобных соединений в биологических объектах.

Исследование структурно-функциональных особенностей биологических макромолекул и анализ молекулярных механизмов, лежащих в основе физиологических и патологических процессов в организме.

Моделирование регуляторных процессов в сигнальных сетях для поиска перспективных фармакологических мишеней и их комбинаций, и прогноза молекулярных механизмов возникновения основных фармакологических и побочных эффектов лекарственных веществ в организме.

Разработка компьютерных методов для поиска и конструирования физиологически активных соединений с заданными свойствами и их практическая апробация.

Студенты ряда московских университетов (РНИМУ им. Н. И. Пирогова, МИРЭА – РТУ, МГУ им. М. В. Ломоносова, МФТИ, МИФИ, и др.) проходят учебную и дипломную практику на базе лаборатории. Лучшие из выпускников продолжают учебу в аспирантуре ИБМХ по специальностям 03.01.09 – «математическая биология, биоинформатика» и 03.01.04 – «биохимия».

Профессором О.А. Гомазковым на основе изданных им концептуальных монографий о мозге (Старение мозга и нейротрофическая терапия, 2011, Нейрогенез как адаптивная функция взрослого мозга, 2013), Астроциты – звёзды, которые управляют мозгом, 2018, и др.) регулярно проводятся лекции и доклады для врачей и молодых специалистов в различных городах Российской Федерации (Москва, Санкт-Петербург, Ярославль, Вологда, Казань, Пермь, Уфа, Ростов, Волгоград и др.), а также за рубежом (Берлин, Зальцбург, Гастайн).

Членом-корреспондентом РАН, профессором В.В. Поройковым регулярно проводятся лекции для ученых, молодых специалистов, аспирантов и студентов в рамках Программы Кластера биологических и медицинских технологий Фонда «Сколково» «Pharma's Cool» (2015, 2019), Казанских летних школ по хемоинформатике (2013, 2015, 2017, 2018), Рабочего совещания e-Pharma – IT в фармации (2015), Chemoinformatics Strasbourg Summer School (2016), авторской программы Марины Аствацатурян для врачей на Первом медицинском канале «Медицина в контексте» (2019), и др.

В рамках ежегодных Симпозиумов «Биоинформатика и компьютерное конструирование лекарств» мы проводим конкурсы устных докладов молодых ученых с награждением победителей дипломами.

РАЗРАБОТКА МЕТОДОВ БИО- И ХЕМОИНФОРМАТИКИ И ИХ АПРОБАЦИЯ

Разработан оригинальный метод анализа аминокислотных последовательностей на основе локального сходства, отличающийся высоким быстродействием и гибкостью по сравнению с общепринятыми подходами, основанными на выравнивании первичной структуры белков. Реализованы компьютерные программы для анализа аминокислотных последовательностей с целью установления их структурно-функциональной специфичности и функционально важных сайтов. (работа выполнена при поддержке грантов РФФИ №№ 16-04-00491 и 19-015-00374).

Предложена оригинальная система атомоцентрических молекулярных дескрипторов, позволяющая охарактеризовать межмолекулярные взаимодействия «белок-лиганд» и проводить на этой основе анализ разнообразных взаимосвязей «структура-свойство»: MNA (Multilevel Neighborhoods of Atoms, множественные атомные окрестности), QNA (Quantitative Neighborhoods of Atoms, количественные атомные окрестности), LMNA (Labeled Multilevel Neighborhoods of Atoms, помеченные множественные атомные окрестности), и др.

Реализован оригинальный метод для анализа количественных взаимосвязей «структура-активность» (QSAR) и прогноза активности новых веществ; продемонстрированы его преимущества по сравнению с рядом других широко используемых методов QSAR. (работа выполнена при частичной поддержке Европейских грантов FP6 LSHB-CT-2007-037590 и FP7 grant 200787).

Предложен новый метод дизайна физиологически активных веществ с требуемыми свойствами на основе структуры фрагментов (Fragment-Based Drug Design) с применением разработанных в лаборатории молекулярных дескрипторов и алгоритмов. С помощью данного подхода сконструированы, синтезированы и протестированы в эксперименте противовоспалительные препараты с дуальными механизмами действия – ингибиторы циклооксигеназ 1, 2 и липоксигеназы.

Предложен метод генерации комбинаторных библиотек макролидов in silico с одновременной оценкой свойств генерируемых молекул для отбора среди них веществ с заданными свойствами, конструирования и получения методами генетической инженерии соответствующих штаммов-продуцентов. (работа выполнена при поддержке гранта МФТИ № RU.55229907.00160)

Разработан метод дихотомического моделирования процессов в регуляторных сигнальных сетях с целью выявления перспективных молекулярных мишеней, ингибирование которых приводит к остановке клеточного цикла либо к переводу опухолевых клеток в апоптоз. Его апробация на примере рака молочной железы позволила идентифицировать фармакологические мишени и их комбинации и на основе виртуального скрининга свыше 24 млн химических соединений из библиотеки ChemNavigator выявить новые перспективные ингибиторы, проявляющие синергизм с веществом RITA — известным реактиватором белка P53, супрессированным во многих типах опухолей. Активность найденных соединений подтверждена in vivo в экспериментах на мышах-ксенографтах с привитыми опухолями человека. (работа выполнена при поддержке Европейского гранта FP6 LSHB-CT-2007-037590).

Исследованы возможности предсказания резистентности к антиретровирусным препаратам на основе анализа аминокислотных и нуклеотидных последовательностей с целью оптимизации терапии ВИЧ/СПИД. Исследованы возможности прогнозирования эффективности комбинаций антиретровирусных препаратов с целью оптимизации терапии ВИЧ/СПИД на основе нуклеотидных последовательностей обратной транскриптазы и протеазы ВИЧ. (работа выполнена при поддержке грантов РНФ №№ 17-75-10187 и 19-75-10097).

Предложен подход к описанию механизмов побочного действия лекарств на разных уровнях биологической организации, основанный на оценке профилей воздействия лекарственных соединений на белки человека; анализе лекарственно-индуцированных изменений генной экспрессии с поиском генов, изменение экспрессии которых коррелирует с проявлением побочного эффекта; рассмотрении роли выявленных белков и генов в известных сигнальных путях для установления тех путей, воздействие на которые играет ключевую роль в индукции побочного эффекта. Проведена апробация разработанного подхода на примере оценки механизмов побочного действия лекарственных средств на сердечно-сосудистую систему и гепатобилиарную систему. (работа выполнена при поддержке гранта РНФ № 17-75-10168).

В рамках совместного проекта, инициированного Агентством по охране окружающей среды США, по оценке активности веществ по отношению к рецепторам андрогенов (CoMPARA) показана хорошая предсказательная способность нашей программы GUSAR. Тестирование предсказательной способности на выборке тщательно отобранных разных источников литературных данных, позволило сделать вывод о том, что консенсусные модели обеспечивают среднюю точность прогноза около 80%, что позволяет преодолеть ограничения отдельных моделей.

Разработан метод интегральной оценки in silico токсичности ксенобиотиков с учетом их метаболизма в организме человека, позволяющий оценить пути метаболизма соединений в организме человека и получить оценку их острой, специфической (кардиотоксичность, гепатотоксичность, нефротоксичность) и хронической токсичности (канцерогенность, тератогенность, мутагенность, влияние на репродуктивную систему). (работа выполнена при поддержке гранта РНФ № 14-15-00449).

Проведен анализ существующих подходов к компьютерному прогнозированию мультитаргетного действия и плейотропных эффектов фармакологических веществ. Полученные оценки приводят к выводу, что накопление данных химической геномики и расширение изучаемого химического пространства приведет к более широкому применению методов мультитаргетного QSAR, на основе которого будут созданы более безопасные и эффективные лекарственные препараты. (работа выполнена при поддержке Программы фундаментальных исследований государственных академий наук на 2013-2020 г.г.).

С применением разработанных нами компьютерных методов найдены новые физиологически активные соединения, обладающие ноотропной, анксиолитической, антидепрессантной, антиконвульсантной, антидиабетической, противоопухолевой, антимикробной, противогрибковой, антиретровирусной и рядом других видов биологической активности.

Предсказано ранее неизвестное ноотропное действие у антигипертензивных препаратов — ингибиторов ангиотензинпревращающего фермента (периндоприл, квинаприл и др.), подтвержденное в эксперименте и, впоследствии, в клинике.

На основе компьютерного прогноза предсказано и подтверждено в эксперименте наличие противовоспалительного действия у антибактериального препарата кларитромицина, благодаря которому этот препарат может быть использован для терапии Inflammatory Bowel Disease. (работа выполнена при поддержке Европейского гранта № 305564).

С применением разработанных нами компьютерных методов найдены новые производные пиперазина — агонисты TRPC6 (Transient Receptor Potential Canonical 6) каналов, которые являются потенциальными фармакологическими веществами для терапии болезни Альцгеймера.

Проведен анализ скрытого фармакологического потенциала фитокомпонентов, входящих в состав некоторых препаратов традиционной Индийской медицины Аюрведа. Предсказанные для ряда природных веществ новые виды биологической активности подтверждены экспериментально. (работа выполнена при поддержке гранта РФФИ № 16-54-45016).

С использованием разработанной нами технологии для анализа больших химических данных проведен анализ 961 млн структур легко-синтезируемых соединений из библиотеки SAVI (Synthetically Accessible Virtual Inventory). Отобраны потенциальные ингибиторы протеазы (53 соединения) и обратной транскриптазы ВИЧ-1 (48 соединений), а также агонисты рецепторов Toll-like 7 (53 соединения) и Toll-like 8 (1378 соединений) и STING (627 соединений), влияющие на врожденный иммунитет. Информация об этих молекулах передана нашим партнерам в National Cancer Institute (NIH) с целью синтеза и биологического тестирования; для четырех отобранных нами агонистов Toll-like рецепторов подтипа 7 результаты прогноза подтверждены экспериментально; остальные экспериментальные исследования продолжаются. (работа выполнена при поддержке гранта РФФИ № 17-54-30015-НИЗ_а).

На основе разработанных нами компьютерных методов установлено, что метаболизм оригинального отечественного препарата феназепам осуществляется с участием CYP3A4; прогноз in silico подтвержден в экспериментах in vitro и in vivo. (работа выполнена при поддержке гранта РНФ № 14-15-00449).

Предсказано, что метаболизм антикоагулянтного препарата фениндиона осуществляется с участием цитохрома P450 1A2, а не 2C9, как считалось ранее, что позволило объяснить наблюдаемое в клинике отсутствие влияния полиморфизма генов цитохрома CYP2C9 на эффекты препарата, рационализировать медикаментозную тактику лечения фибрилляции предсердий и повысить приверженность пациентов к антикоагулянтной терапии путем снижения геморрагических осложнений. (работа выполнена при поддержке гранта РНФ № 14-15-00449).

Проведен анализ in silico возможного межлекарственного взаимодействия препарата умифеновир (арбидол), исследуемого в клинике с целью терапии COVID-19. Полученные результаты указывают на низкую вероятность взаимодействия с парацетамолом и дабигатраном. Однако для антикоагулянтов аценокумарола и варфарина предсказывается максимальная тяжесть возможного взаимодействия с умифеновиром (класс 1 по ORCA классификации), которые могут быть обусловлены ингибированием CYP2C9. (работа выполнена при поддержке гранта РНФ № 17-75-20250)

Представлен анализ данных о роли полипептидов и «минипептидов» как компонентов нейротрофической терапии нейродегенеративной и возрастной патологии мозга.

Обоснована гипотеза о роли нейрогенеза (новых клеток взрослого мозга) как организующей и адаптивной функции, важной для реализации физиологических и патофизиологических процессов: памяти, когнитивных функций, психических процессов, компенсаторных реакций при патологии, травме, старении.

Обоснована гипотеза о роли астроглиальных клеток, связанных с нейронами компонентов, в обеспечении нейротрансмиттерной функции мозга. Анализ данных показал, что астроциты являются неотъемлемыми элементами информационных нейронных сетей, влияющими на синаптические процессы вследствие модуляции активности нейротрансмиттеров. Благодаря взаимодействию глиотрансмиттеров с нейронами, астроциты участвуют в регуляции памяти и сложных поведенческих процессов в норме и при патологии мозга.

  • Ананикян Грачья Симавонович, к.х.н., Научно-технологический центр органической и фармацевтической химии Национальной академии наук Армении (НТЦОФХ), Ереван, Армения.
  • Васильев Павел Михайлович, д.б.н., Волгоградский государственный медицинский университет, Волгоград.
  • Воронина Татьяна Александровна, д.м.н., профессор, Научно-исследовательский институт фармакологии им. В.В. Закусова, Москва.
  • Готтих Марина Борисовна, д.б.н., профессор, Институт физико-химической биологии им. А.Н. Белозерского МГУ, Москва.
  • Казакова Оксана Борисовна, д.х.н., профессор, Институт химии РАН, Уфа, Россия.
  • Колпаков Федор Анатольевич, к.б.н. Институт системной биологии, Новосибирск, Россия.
  • Кукес Владимир Григорьевич, д.м.н., профессор, академик РАН, Первый Московский государственный университет им. И.М. Сеченова, Москва, Россия.
  • Лужанин Владимир Геннадьевич, к.б.н., Санкт-Петербургский химико-фармацевтический университет, Санкт-Петербург, Россия.
  • Маргулис Борис Александрович, Институт цитологии РАН, Санкт-Петербург, Россия.
  • Моисеев Дмитрий Владимирович, д.фарм.н., профессор, Витебский государственный медицинский университет, Витебск, Беларусь.
  • Новиков Сергей Михайлович, д.м.н., проф., ЦСП и УМБРЗ ФМБА РФ, Москва.
  • Повыдыш Мария Николаевна, д.б.н., Санкт-Петербургский химико-фармацевтический университет, Санкт-Петербург, Россия.
  • Сычев Дмитрий Алексеевич, д.м.н., профессор, чл.-корр. РАН, РМАНПО МЗ РФ, Москва.
  • Valery Dembitsky, Centre for Applied Research and Innovation, Lethbridge College, Lethbridge, Canada.
  • James Devillers, Centre for the Treatment of the Scientific Information (CTIS), Rillieux La Pape, France.
  • Athina Geronikaki, Aristotle University of Thessaloniki, Thessaloniki, Greece.
  • Rajesh K. Goel, Punjabi University, Patiala, Punjab, India.
  • Alexander Kel, GeneXplain GmbH, Germany.
  • Marc C. Nicklaus, National Cancer Institute, National Institute of Health. NCI-Frederick, MD, USA.
  • Narahari G. Sastry, CSIR Indian Institute of Chemical Technologies, Hyderabad, India.
  • Galina Selivanova, Karolinska Institute, Stockholm, Sweden.
  • Marcus Tullius Scotti, Universidade Federal da Paraíba, Brazil
  • Maryna Stasevych, Lviv Polytechnic National University, Lviv, Ukraine.
  • Natalia Sucman, The Institute of Chemistry of Moldova, Chisinau, Moldova
  • Alexander Tropsha, School of Pharmacy, University of North Carolina at Chapel Hill, USA.
  • Alexandre Varnek, Louis Pasteur University (Strasbourg I), France.
  • Alexey Zakharov, National Center for Advancing Translational Sciences, National Institutes of Health, Bethesda, MD, USA.

Реализован первый в мире свободно-доступный в Интернете веб-ресурс PASS Online, прогнозирующий свыше 4000 видов биологической активности со средней точностью около 95%.

Создана информационно-вычислительная платформа Way2Drug, на базе которой представлено двадцать свободно-доступных веб-сервисов:

  • Acute Rat Toxicity — прогноз острой токсичности для крыс при четырех путях введения препарата.
  • ADVER-Pred — прогноз побочного действия фармакологических веществ на сердечно-сосудистую и гепатобилиарную систему.
  • AntiBac-Pred — прогноз антибактериальной активности.
  • AntiFun-Pred — прогноз противогрибковой активности.
  • AntiHIV-Pred — прогноз антиретровирусной активности и эффектов, связанных с коморбидностями ВИЧ-инфекции.
  • Antitarget Prediction — прогноз взаимодействия с нежелательными мишенями.
  • CLC Pred — прогноз взаимодействия с опухолевыми и неопухолевыми клеточными линиями.
  • DDI-Pred — прогноз межлекарственного взаимодействия.
  • DIGEP-Pred — прогноз влияния лекарств на генную экспрессию.
  • Ecotoxicity — количественный прогноз характеристик, связанных с оценкой экотоксичности для химических соединений.
  • KinScreen — прогноз взаимодействия фармакологических веществ с киномом человека.
  • MetaTox — прогноз токсичности с учетом метаболизма.
  • PASS Online — Прогноз свыше 4000 видов биологической активности.
  • PASS Targets — прогноз взаимодействия с молекулярными мишенями.
  • RA — прогноз сайтов биотрансформации.
  • Resistance – Прогноз лекарственной устойчивости ВИЧ-1 по нуклеотидной последовательности протеазы и обратной транскриптазы.
  • ROSC-Pred — прогноз органо-специфичной канцерогенности.
  • SMP — прогноз специфичности субстратов и метаболитов по отношению к ферментам биотрансформации.
  • SOMP — прогноз сайтов метаболизма фармакологических веществ.
  • SprOS — анализ функциональной специфичности аминокислотных последовательностей белков.

В настоящее время наши веб-сервисы используют свыше 24 тысяч ученых, аспирантов и студентов из 100 стран мира с целью отбора наиболее перспективных молекул для синтеза и определения оптимальных направлений тестирования их биологической активности.

avatar none  Гомазков О.А. (2021) Поражение сосудистого эндотелия как ведущий механизм системной патологии COVID-19, Успехи современной биологии, 141(2), 118-127. DOI:10.31857/S0042132421020058

avatar none  Уэйли А.К., Понкратова А.О., Орлова А.А., Серебряков Е.Б., Смирнов С.Н., Прокш П., Ионов Н.С., Поройков В.В., Лужанин В.Г. (2021) Фитохимический анализ вторичных метаболитов полифенольной природы в листьях морошки обыкновенной (Rubus Chamaemorus L.), Химико-фармацевтический журнал, 55(3), 22-27. DOI:10.30906/0023-1134-2021-55-3-22-27

avatar none  Rudik A., Dmitriev A., Lagunin A., Filimonov D., Poroikov V. (2021) MetaPASS: A Web Application for Analyzing the Biological Activity Spectrum of Organic Compounds Taking into Account their Biotransformation, Molecular Informatics, 40(4), 2000231. DOI:10.1002/minf.202000231

avatar none  Tarasova O.A., Biziukova N.Y., Rudik A.V., Dmitriev A.V., Filimonov D.A., Poroikov V.V. (2021) Extraction of Data on Parent Compounds and Their Metabolites from Texts of Scientific Abstracts, Journal of Chemical Information and Modeling, 61(4), 1683-1690. DOI:10.1021/acs.jcim.0c01054

avatar none  Muratov E.N., Amaro R., Andrade C.H., Brown N., Ekins S., Fourches D., Isayev O., Kozakov D., Medina-Franco J., Merz K.M., Oprea T.I., Poroikov V., Schneider G., Todd M.H., Varnek A., Winkler D.A., Zakharov A., Cherkasov A., Tropsha A. (2021) A critical overview of computational approaches employed for COVID-19 drug discovery, Chemical Society Reviews, 50(16), 9121-9151. DOI:10.1039/d0cs01065k

avatar none  Dmitriev A.V., Rudik A.V., Karasev D.A., Pogodin P.V., Lagunin A.A., Filimonov D.A., Poroikov V.V. (2021) In Silico Prediction of Drug–Drug Interactions Mediated by Cytochrome P450 Isoforms, Pharmaceutics, 13(4), 538. DOI:10.3390/pharmaceutics13040538

avatar none  Tarasova O., Rudik A., Kireev D., Poroikov V. (2021) RHIVDB: A freely accessible database of HIV amino acid sequences and clinical data of infected patients, Frontiers in Genetics, 12, 679029. DOI:10.3389/fgene.2021.679029

avatar none  Stolbov L., Druzhilovskiy D., Rudik A., Filimonov D., Poroikov V., Nicklaus M. (2020) AntiHIV-Pred: Web-resource for in silico prediction of anti-HIV/AIDS activity, Bioinformatics, 36(3), 978-979. DOI:10.1093/bioinformatics/btz638

avatar none  Савосина П.И., Дружиловский Д.С., Поройков В.В. (2020) COVID-19: анализ практики репозиционирования лекарственных препаратов, Химико-фармацевтический журнал, 54(10), 7-14. DOI:10.30906/0023-1134-2020-54-10-7-14

avatar none  Karasev D., Sobolev B., Lagunin A., Filimonov D., Poroikov V. (2020) Prediction of Protein–Ligand Interaction Based on the Positional Similarity Scores Derived from Amino Acid Sequences, International Journal of Molecular Sciences, 21(1), 24. DOI:10.3390/ijms21010024

avatar none  Tarasova O., Biziukova N., Kireev D., Lagunin A., Ivanov S., Filimonov D., Poroikov V. (2020) A Computational Approach for the Prediction of Treatment History and the Effectiveness or Failure of Antiretroviral Therapy, International Journal of Molecular Sciences, 21(3), 748. DOI:10.3390/ijms21030748

avatar none  Lagunin A.A., Ivanov S.M., Gloriozova T.A., Pogodin P.V., Filimonov D.A., Kumar S., Goel R.K. (2020) Combined network pharmacology and virtual reverse pharmacology approaches for identification of potential targets to treat vascular dementia, Scientific Reports, 10, 257. DOI:10.1038/s41598-019-57199-9

avatar none  Muratov E.N., Bajorath J., Sheridan R.P., Tetko I.V., Filimonov D., Poroikov V., Oprea T.I., Baskin I.I., Varnek A., Roitberg A., Isayev O., Curtarolo S., Fourches D., Cohen Y., Aspuru-Guzik A., Winkler D.A., Agrafiotis D., Cherkasov A., Tropsha A. (2020) QSAR without borders, Chemical Society Reviews, 49, 3525-3564. DOI:10.1039/d0cs00098a

avatar none  Druzhilovskiy D.S., Stolbov L.A., Savosina P.I., Pogodin P.V., Filimonov D.A., Veselovsky A.V., Stefanisko K., Tarasova N.I., Nicklaus M.C., Poroikov V.V. (2020) Computational Approaches to Identify a Hidden Pharmacological Potential in Large Chemical Libraries, Supercomputing Frontiers and Innovations, 7(3), 57-76. DOI:10.14529/jsfi200306

avatar none  Lloyd K., Papoutsopoulou S., Smith E., Stegmaier P., Bergey F., Morris L., Kittner M., England H., Spiller D., White M.H.R., Duckworth C.A., Campbell B.J., Poroikov V., Martins Dos Santos V.A.P., Kel A., Muller W., Pritchard D.M., Probert C., Burkitt M.D. (2020) Using systems medicine to identify a therapeutic agent with potential for repurposing in inflammatory bowel disease, Disease Models & Mechanisms, 2020(13), dmm044040. DOI:10.1242/dmm.044040

avatar none  Ivanov S.M., Lagunin A.A., Rudik A.V., Filimonov D.A., Poroikov V.V. (2018) ADVERPred – web service for prediction of adverse effects of drugs, Journal of Chemical Information and Modeling, 58(1), 8-11. DOI:10.1021/acs.jcim.7b00568

avatar none  Rudik A.V., Bezhentsev V.M., Dmitriev A.V., Druzhilovskiy D.S., Lagunin A.A., Filimonov D.A., Poroikov V.V. (2017) MetaTox: Web Application for Predicting Structure and Toxicity of Xenobiotics’ Metabolites, Journal of Chemical Information and Modeling, 57(4), 638-642. DOI:10.1021/acs.jcim.6b00662

avatar none  Ivanov S.M., Lagunin A.A., Poroikov V.V. (2016) In silico assessment of adverse drug reactions and associated mechanisms, Drug Discovery Today, 21(1), 58-71. DOI:10.1016/j.drudis.2015.07.018

avatar none  Tarasova O.A., Urusova A.F., Filimonov D.A., Nicklaus M.C., Zakharov A.V., Poroikov V.V. (2015) QSAR Modeling Using Large-Scale Databases: Case Study for HIV-1 Reverse Transcriptase Inhibitors, Journal of Chemical Information and Modeling, 55(7), 1388-1399. DOI:10.1021/acs.jcim.5b00019

avatar none  Ivanov S.M., Lagunin A.A., Pogodin P.V., Filimonov D.A., Poroikov V.V. (2014) Identification of drug-induced myocardial infarction-related protein targets through the prediction of drug-target interactions and analysis of biological processes, Chemical Research in Toxicology, 27(7), 1263-1281. DOI:10.1021/tx500147d.

avatar none  Lagunin A.A., Goel R.K., Gawande D.Y. Pahwa P., Gloriozova T.A., Dmitriev A.V., Ivanov S.M., Rudik A.V., Konova V.I., Pogodin P.V., Druzhilovsky D.S., Poroikov V.V. (2014) Chemo- and bioinformatics resources for in silico drug discovery from medicinal plants beyond their traditional use: a critical review, Natural Product Reports, 21(11), 1585-1611. DOI:10.1039/C4NP00068D

avatar none  Lagunin A., Zakharov A., Filimonov D., Poroikov V. (2011) QSAR Modelling of Rat Acute Toxicity on the Basis of PASS Prediction, Molecular Informatics, 30(2-3), 241-250. DOI:10.1002/minf.201000151

avatar none  Filimonov D.A., Zakharov A.V., Lagunin A.A., Poroikov V.V. (2009) QNA based “Star Track” QSAR approach, SAR and QSAR in Environmental Research, 20(7-8), 679-709. DOI:10.1080/10629360903438370

avatar none  Geronikaki A.A., Dearden J.C., Filimonov D., Galaeva I., Garibova T.L., Gloriozova T., Krajneva V., Lagunin A., Macaev F.Z., Molodavkin G., Poroikov V.V., Pogrebnoi S.I., Shepeli F., Voronina T.A., Tsitlakidou M., Vlad L. (2004) Design of new cognition enhancers: from computer prediction to synthesis and biological evaluation, Journal of Medicinal Chemistry, 47(11), 2870-2876. DOI:10.1021/jm031086k

avatar none  Poroikov V.V., Filimonov D.A., Ihlenfeldt W.D., Gloriozova T.A., Lagunin A.A., Borodina Y.V., Stepanchikova A.V., Nicklaus M.C. (2003) PASS biological activity spectrum predictions in the enhanced open NCI database browser, Journal of Chemical information and Computer Sciences, 43(1), 228-236. DOI:10.1021/ci020048r

avatar none  Lagunin A.A., Gomazkov O.A., Filimonov D.A., Gureeva T.A., Dilakyan E.A., Kugaevskaya E.V., Elisseeva Y.E., Solovyeva N.I., Poroikov V.V. (2003) Computer-aided selection of potential antihypertensive compounds with dual mechanism of action, Journal of Medicinal Chemistry, 46(15), 3326-3332. DOI:10.1021/jm021089h

avatar none  Poroikov V., Akimov D., Shabelnikova E., Filimonov D. (2001) Top 200 medicines: can new actions be discovered through computer-aided prediction?, SAR and QSAR in Environmental Research, 12(4), 327-344. DOI:10.1080/10629360108033242

avatar none  Poroikov V.V., Filimonov D.A., Borodina Y.V., Lagunin A.A., Kos A. (2000) Robustness of biological activity spectra predicting by computer program PASS for noncongeneric sets of chemical compounds, Journal of Chemical information and Computer Sciences, 40, 1349-1355. DOI:10.1021/ci000383k

avatar none  Lagunin A., Stepanchikova A., Filimonov D., Poroikov V. (2000) PASS: prediction of activity spectra for biologically active substances, Bioinformatics, 16, 747-748. DOI:10.1093/bioinformatics/16.8.747

avatar none  Filimonov D., Poroikov V., Borodina Y., Gloriozova T. (1999) Chemical similarity assessment through multilevel neighborhoods of atoms: Definition and comparison with the other descriptors, Journal of Chemical information and Computer Sciences, 39(4), 666-670. DOI:10.1021/ci980335o

avatar none Погодин П.В., Лагунин А.А., Филимонов Д.А., Поройков В.В. Свидетельство о государственной регистрации программы для ЭВМ PASS Targets № 2016610846. Москва: Федеральная служба по интеллектуальной собственности, 20.01.2016 г.

avatar none Конова В.И., Погодин П.В., Лагунин А.А., Филимонов Д.А., Поройков В.В. Свидетельство о государственной регистрации программы для ЭВМ PASS CLC Pred № 2016610382. Москва: Федеральная служба по интеллектуальной собственности, 11.01.2016 г.

avatar none Иванов С.М., Филимонов Д.А., Лагунин А.А., Поройков В.В. Свидетельство о государственной регистрации программы для ЭВМ Net2Target № 2014660877. Москва: Федеральная служба по интеллектуальной собственности, 17.10.2014 г.

avatar none Коборова О.Н., Филимонов Д.А., Кель А.Э., Поройков В.В. Свидетельство о государственной регистрации программы для ЭВМ NetFlowEx № 2011617330 от 21.09.2011 г., Федеральная служба по интеллектуальной собственности, патентам и товарным знакам, М., 2011.

avatar none Соболев Б.Н., Колесанова Е.Ф., Оленина Л.В., Рудик А.В., Поройков В.В. Свидетельство об официальной регистрации базы данных HCVmap № 2007620132 от 10 мая 2007 г., Москва, Федеральная служба по интеллектуальной собственности, патентам и товарным знакам. 

avatar none Зотчев С.Б., Соболев Б.Н., Степанчикова А.В., Сергейко А.П., Филимонов Д.А., Лагунин А.А., Глориозова Т.А., Поройков В.В. Свидетельство об официальной регистрации программы для ЭВМ BIOGENPHARM № 2006614395 от 15 февраля 2007 г., Москва, Федеральная служба по интеллектуальной собственности, патентам и товарным знакам. 

avatar none Зотчев С.Б., Соболев Б.Н., Степанчикова А.В., Сергейко А.П., Поройков В.В. Свидетельство об официальной регистрации программы для ЭВМ BIOGENERATOR № 2006614396 от 15 февраля 2007 г., Москва, Федеральная служба по интеллектуальной собственности, патентам и товарным знакам. 

avatar none Захаров А.В., Филимонов Д.А., Лагунин А.А., Поройков В.В. Свидетельство об официальной регистрации программы для ЭВМ GUSAR (General Unrestricted Structure Activity Relationships) № 2006613591 от 16 октября 2006 г., Москва, Федеральная служба по интеллектуальной собственности, патентам и товарным знакам. 

avatar none Лагунин А.А., Поройков В.В., Филимонов Д.А., Глориозова Т.А. Свидетельство об официальной регистрации программы для ЭВМ PharmaExpert № 2006613590 от 16 октября 2006 г., Москва, Федеральная служба по интеллектуальной собственности, патентам и товарным знакам. 

avatar none Филимонов Д.А., Поройков В.В., Глориозова Т.А., Лагунин А.А. Свидетельство об официальной регистрации программы для ЭВМ ПРЕТОКС (PreTox) № 2006613276 от 15 сентября 2006 г., Москва, Федеральная служба по интеллектуальной собственности, патентам и товарным знакам. 

avatar none Филимонов Д.А., Поройков В.В., Глориозова Т.А., Лагунин А.А. Свидетельство об официальной регистрации программы для ЭВМ PASS № 2006613275 от 15 сентября 2006 г., Москва, Федеральная служба по интеллектуальной собственности, патентам и товарным знакам. 

avatar none Поройков В.В., Филимонов Д.А., Бородина Ю.В., Рудик А.В. Свидетельство об официальной регистрации программы для ЭВМ METAPREDICT № 2004610666 от 12 марта 2004 г., Москва: Российское агентство по патентам и товарным знакам.

avatar none Андрей Егорович Щекотихин, Andrey Egorovich Shchekotikhin, Галина Николаевна Селиванова, Galina Nikolaevna Selivanova, Владимир Васильевич Поройков, Vladimir Vasilievich Poroikov, Алексей Владимирович Захаров, Aleksey Vladimirovich Zakharov, Александр Эдуардович Кель, Alexander Eduardovich Kel, Владимир Георгиевич Кучеров, Vladimir Georgievich Kutcherov. Способ лечения опухолевого заболевания и способ селективного ингибирования роста опухолевых клеток с помощью производного хиноксалин-1,4-диоксида / Method for treating a tumour disease and method for selectively inhibiting tumour cell growth using a quinoxaline-1,4-dioxide derivative. Номер заявки PCT/RU2014/000310, номер публикации WO2015167350 A1, дата приоритета 28 апр 2014, дата публикации 5 ноя 2015.

avatar none Щекотихин Андрей Егорович; Селиванова Галина Николаевна; Поройков Владимир Васильевич; Захаров Алексей Владимирович; Кель Александр Эдуардович; Кучеров Владимир Георгиевич. Способ лечения опухолевого заболевания и способ селективного ингибирования роста опухолевых клеток с помощью производного хиноксалин-1,4-диоксида. Евразийский патент № 031473. Дата подачи заявки: 28.04.2014 г. Дата выдачи патента: 21.01.2019 г.

ДОКТОРСКИЕ ДИССЕРТАЦИИ

avatar none Лагунин А.А. «Компьютерная оценка плейотропного действия фармакологических веществ». Дисс. соиск. уч. ст. д.б.н. по специальности 03.01.09. – «математическая биология, биоинформатика».

КАНДИДАТСКИЕ ДИССЕРТАЦИИ

avatar none Акимов Д.В. «Компьютерный поиск новых ингибиторов интегразы ВИЧ-1». Дисс. соиск. уч. ст. к.б.н. по специальности 03.00.04 – «биохимия».

avatar none Бородина Ю.В. «Компьютерный анализ сходства фармакологических веществ с эндогенными биорегуляторами рецепторного действия и их синтетическими аналогами». Дисс. соиск. уч. ст. к.б.н. по специальности 03.00.04 – «биохимия».

avatar none Дмитриев А.В. «Компьютерный прогноз взаимодействия ксенобиотиков с цитохромами Р450 человека». Дисс. соиск. уч. ст. к.б.н. по специальности 03.00.28 – «биоинформатика».

avatar none Дружиловский Д.С. «Поиск и оптимизация новых ингибиторов интегразы ВИЧ-1 на основе компьютерного прогноза», Дисс. соиск. уч. ст. к.б.н. по специальности 03.01.09 – «математическая биология, биоинформатика».

avatar none Дубовская (Конова) В.И., «Компьютерный поиск веществ, обладающих цитотоксичностью по отношению к клеточным линиям рака молочной железы», Дисс. соиск. уч. ст. к.б.н. по специальности 03.01.09 – «математическая биология, биоинформатика».

Захаров А.В. «Прогноз количественных свойств органических соединений на основе дескрипторов атомных окрестностей». Дисс. соиск. уч. ст. к.б.н. по специальности 03.00.28 – «биоинформатика».

avatar none Еремеевская (Коборова) О.Н. «Поиск фармакологических мишеней для терапии рака молочной железы на основе компьютерного моделирования регуляции клеточного цикла», Дисс. соиск. уч. ст. к.б.н. по специальности 03.01.09 – «математическая биология, биоинформатика».

avatar none Лагунин А.А. «Поиск новых биологически активных веществ на основе компьютерного анализа взаимосвязей структура-механизм-эффект». Дисс. соиск. уч. ст. к.б.н. по специальности 03.00.04 – «биохимия».

avatar none Линде Д.М. «Межмолекулярное узнавание в глобулярных белках Брукхейвенского банка данных». Дисс. соиск. уч. ст. к.б.н. по специальности 03.00.04 – «биохимия».

avatar none Погодин П.В. «Компьютерная оценка взаимодействия низкомолекулярных органических соединений с киномом человека, Дисс. соиск. уч. ст. к.б.н. по специальности 03.01.09 – «математическая биология, биоинформатика».

avatar none Ромеро Рейес И.В. «Оценка аффинности комплексов белок-лиганд с применением нейронных сетей», Дисс. соиск. уч. ст. канд. физ.-мат наук по специальности 05.13.18 – «математическое моделирование, численные методы и комплексы программ».

avatar none Рудик А.В. «Компьютерный прогноз биотрансформации ксенобиотиков». Дисс. соиск. уч. ст. к.б.н. по специальности 03.00.28 – «биоинформатика».

avatar none Сергейко А.В. «Компьютерное конструирование ферментативных систем, обеспечивающих синтез макролидов с заданными свойствами». Дисс. соиск. уч. ст. к.б.н. по специальности 03.00.28 – «биоинформатика».

avatar none Тарасова (Фильц) О.А. «Конструирование веществ с заданной биологической активностью на основе комбинирования функционально-значимых фрагментов», Дисс. соиск. уч. ст. к.б.н. по специальности 03.01.09 – «математическая биология, биоинформатика».

ДИПЛОМНЫЕ РАБОТЫ

avatar none Акимов Д.В., МБФ РНИМУ им. Н. И. Пирогова. «Компьютерный поиск ингибиторов интегразы ВИЧ-1».

avatar none Александров К.Е., МБФ РНИМУ им. Н. И. Пирогова. «Информационный ресурс по функциональному картированию белков вируса гепатита С».

avatar none Беженцев В.М. НИУ «ВШЭ». «Поиск новых ингибиторов интегразы ВИЧ-1 методами структурной биоинформатики».

avatar none Веселова Д.А. МБФ РНИМУ им. Н. И. Пирогова. «Анализ трёхмерных паттернов ферментативной специфичности фосфорилирования белков с использованием разработанного программного средства».

avatar none Дмитриев А.В., МБФ РНИМУ им. Н. И. Пирогова. «Компьютерный прогноз биотрансформаций химических соединений, осуществляемых изоформой 3А4 цитохрома Р 450».

avatar none Дружиловский Д.С., МБФ РНИМУ им. Н. И. Пирогова. «Компьютерное прогнозирование ингибиторов интегразы ВИЧ-1».

avatar none Захаров А.В., МБФ РНИМУ им. Н. И. Пирогова. «Количественный анализ взаимосвязей «структура-активность» ингибиторов циклин-зависимой киназы 1».

avatar none Ионов Н.С., МБФ РНИМУ им. Н. И. Пирогова. «Компьютерный анализ возможностей применения природных биологически активных соединений в терапии метаболических заболеваний».

avatar none Карасев Д.А., РНИМУ им. Н. И. Пирогова. «Анализ аминокислотных последовательностей, обуславливающих специфичность белков-субстратов к протеинкиназам семейств MAPK и CDK».

avatar none Коборова (Еремеевская) О.Н., Факультет Биоинформатики и Биоинженерии МГУ. «Разработка и реализация метода оценки противоопухолевых мишеней для терапии рака молочной железы».

avatar none Конова (Дубовская) В.И., МБФ РНИМУ им. Н. И. Пирогова. «Поиск перспективных фармакологических мишеней для терапии болезни Альцгеймера».

avatar none Иванов С.М., МБФ РНИМУ им. Н. И. Пирогова. «Компьютерный поиск молекулярных мишеней, связанных с побочными эффектами нестероидных противовоспалительных препаратов».

avatar none Лагунин А.А., МБФ РНИМУ им. Н. И. Пирогова. «Экспертная система по взаимосвязям фармакологических эффектов и механизмов действия биологически активных соединений».

avatar none Левченко М.Е., МБФ РНИМУ им. Н. И. Пирогова. «Рецепторы возбуждающих аминокислот: компьютерный поиск новых лигандов и анализ механизмов».

avatar none Мартынова Н.Б., МБФ РНИМУ им. Н. И. Пирогова. «Создание компьютерных комбинаторных библиотек олигопептидов и пептидомиметиков для поиска базовых структур новых лекарств».

avatar none Муртазалиева Х.А. МБФ РНИМУ им. Н. И. Пирогова. «Компьютерный поиск и экспериментальная валидация фармакологических веществ, действующих на клеточную линию MDA-MB-231».

avatar none Погодин П.В., МБФ РНИМУ им. Н. И. Пирогова. «Компьютерное прогнозирование взаимодействия низкомолекулярных органических соединений с белками-мишенями на основе программы PASS и базы данных ChEMBL».

avatar none avatar none Потапов В.Ю., МБФ РНИМУ им. Н. И. Пирогова. «О роли электростатических взаимодействий в формировании белок-белковых комплексов».

avatar none Савосина П.И., МБФ РНИМУ им. Н. И. Пирогова. «Разработка методов анализа «больших данных» для поиска новых анти-ВИЧ соединений».

avatar none Садым (Рудик) А.В., МИФИ. «Разработка Интернет-системы прогнозирования спектра биологических активностей».

avatar none Саулин П.С., МБФ РНИМУ им. Н. И. Пирогова. «Особенности аминокислотного состава Т-эпитопов».

avatar none Семин М.И. МБФ РНИМУ им. Н. И. Пирогова. «Компьютерный подход к оценке межлекарственных взаимодействий, приводящих к гепатотоксичности».

avatar none Сергейко А.В., МБФ РНИМУ им. Н. И. Пирогова. «Расчет химической структуры соединений класса макролидов на основе доменной структуры белкового синтезирующего комплекса».

avatar none Сереженкина И.В., МБФ РНИМУ им. Н. И. Пирогова. «Функциональное и антигенное картирование аминокислотных последовательностей структурных белков вирусов семейства Flaviviridae».

avatar none Сухачев В.С., «МИРЭА – Российский технологический университет». «Прогнозирование аритмогенности лекарственных соединений методом анализа молекулярных сетей» (Бакалавриат).

avatar none Фильц (Тарасова) О.А., МБФ РНИМУ им. Н. И. Пирогова. «Компьютерное конструирование веществ с заданными свойствами из библиотек структурных фрагментов»

avatar none Фоменко А.Е., МБФ РНИМУ им. Н. И. Пирогова. «Анализ структурно-функциональных соотношений в сериновых протеазах методами биоинформатики».

avatar none Урусова А.Ф., РНИМУ им. Н. И. Пирогова. «Разработка алгоритма выбора данных для построения моделей количественного анализа взаимосвязи «структура-активность» на примере обратной транскриптазы ВИЧ».

avatar none Языкова Е.И., «МИРЭА – Российский технологический университет». «Оценка роли отдельных подструктур лекарственно-подобных соединений в проявлении биологической активности во множественных испытаниях in vitro» (Бакалавриат).