Федеральное государственное бюджетное научное учреждение
«Научно-исследовательский институт биомедицинской химии имени В.Н. Ореховича»

Лаборатория структурной биоинформатики

<
Веселовский Александр Владимирович ЗАВЕДУЮЩИЙ ЛАБОРАТОРИЕЙ
д.б.н.
ResearcherID
Scopus ID
eLibraryID

КОНТАКТЫ

(499) 245-07-68

Щербинин Дмитрий Сергеевич к.б.н. ResearcherID
Scopus ID


Таланова Анастасия Владимировна ResearcherID
Scopus ID



Щербаков Кирилл Андреевич eLibraryID




Борисов Дмитрий Викторович




ОСНОВНЫЕ МЕТОДЫ ИССЛЕДОВАНИЙ

ОСНОВНОЕ НАПРАВЛЕНИЕ ИССЛЕДОВАНИЙ

Применение методов биоинформатики и трехмерного молекулярного моделирования для предсказания структуры, свойств высоко- и низкомолекулярных соединений и их взаимодействий, поиск новых биологически активных соединений, предсказание токсичности веществ для широкого спектра практических задач, преимущественно биомедицинской направленности.

avatar none Kомпьютерное моделирование пространственных структур белков, межмолекулярных комплексов (белок/белок, белок/низкомолекулярный лиганд, белок/нуклеиновые кислоты).

avatar none Предсказание аффинности комплексов.

avatar none Предсказание ADMET свойств соединений.

avatar none Поиск и конструирование ингибиторов ферментов, белок-белковых взаимодействий и др.

avatar none Виртуальный скрининг.

avatar none Анализ количественной взаимосвязи структура-активность (свойство).

  • Участие в межведомственной программы исследований РАМН «Протеомика в медицине и биотехнологии».
  • Участие в работах в рамках договора с ЦНИИмаш по ОКР «МКС-Наука-ИБМХ-2007-2009» «Определение белков и ингибиторов. Проведение подготовки космических экспериментов для кристаллизации белков и их комплексов (КЭ «Кристаллизатор»)»
  • Development and application of QSAR rodent toxicity models for chemical compounds (грант МНТЦ №3777)
  • Азольные ингибиторы CYP51 из M. tuberculosis (грант РФФИ №04-04-48039-а, 2004-2006)
  • Analysis of active sites structures of MAO A and B (грант INTAS 99-00433, 2000-2003)
  • Функциональное картирование белков вируса гепатита С В рамках проекта «Идентификация перспективных мишеней действия новых лекарственных препаратов на основе реконструкции генных сетей» (Договор № 02.434.11.3004)
  • Создание пакета прикладных программ для оценки токсичности химических соединений (Гос. контракт № 02.434.11.1014 совместно с ИФАВ РАН)
  • Разработка ингибиторов белок-белковых взаимодействий для инфекционных и соматических заболеваний (гос. контракт 02.512.11.2044)
  • Исследование молекулярных механизмов взаимодействия хитин-связывающих доменов белков с природными и модифицированными лигандами и созданиe сорбетов с заданной селективностью для аффинной очистки и иммобилизации рекомбинантных белков (грант РФФИ 07-04-12204 совместно с Центром «Биоинженирии» РАН)
  • Ингибирование про- и антипрогестинами роста раковых клеток (грант РФФИ, 2005-2007)
  • Computer-aided prediction of chemical ecotoxicity (грант МНТЦ №888, 2005-2008)
  • Computer-assisted discovery of new HIV integrase inhibitors (грант МНТЦ №3197р, 2005-2008)
  • Предсказание селективности связывания и спектра действия лигандов ядерных рецепторов на основании анализа виртуальных взаимодействий (грант РФФИ, 2008-2009)

avatar none  Masamrekh R.A., Filippova T.A., Sherbakov K.A., Veselovsky A.V., Shumyantseva V.V., Kuzikov A.V. (2021) Interactions of galeterone and its 3-keto-Δ4 metabolite (D4G) with one of the key enzymes of corticosteroid biosynthesis – steroid 21-monooxygenase (CYP21A2), Fundamental & Clinical Pharmacology, 35(2), 423-431. DOI:10.1111/fcp.12607

avatar none  Kazakova O.B., Medvedeva N.I., Smirnova I.E., Lopatina T.V., Veselovsky A.V. (2021) The Introduction of Hydrazone, Hydrazide, or Azepane Moieties to the Triterpenoid Core Enhances an Activity Against M. tuberculosis, Medicinal Chemistry, 17(2), 134-145. DOI:10.2174/1573406416666200115161700

avatar none  Shcherbinin D., Veselovsky A., Rubtsova M., Grigorenko V., Egorov A. (2020) The impact of long-distance mutations on the Ω-loop conformation in TEM type β-lactamases, Journal of Biomolecular Structure & Dynamics, 38(8), 2369-2376. DOI:10.1080/07391102.2019.1634642

avatar none  Masamrekh R., Filippova T., Haurychenka Y., Shcherbakov K., Veselovsky A., Strushkevich N., Shkel T., Gilep A., Usanov S., Shumyantseva V., Kuzikov A. (2020) Estimation of the inhibiting impact of abiraterone D4A metabolite on human steroid 21-monooxygenase (CYP21A2), Steroids, 154, 108528. DOI:10.1016/j.steroids.2019.108528

avatar none  Latysheva A.S., Zolottsev V.A., Veselovsky A.V., Scherbakov K.A., Morozevich G.E., Pokrovsky V.S., Novikov R.A., Timofeev V.P., Tkachev Y.V., Misharin A.Y. (2020) New steroidal oxazolines, benzoxazoles and benzimidazoles related to abiraterone and galeterone, Steroids, 153(1), 108534. DOI:10.1016/j.steroids.2019.108534

avatar none  Masamrekh R.A., Filippova T.A., Haurychenka Y.I., Sherbakov K.A., Veselovsky A.V., Shumyantseva V.V., Kuzikov A.V. (2020) The interactions of a number of steroid-metabolizing cytochromes P450 with abiraterone D4A metabolite: spectral analysis and molecular docking, Steroids, 162, 108693. DOI:10.1016/j.steroids.2020.108693

avatar none  Ershov P.V., Veselovsky A.V., Mezentsev Y.V., Yablokov E.O., Kaluzhskiy L.A., Tumilovich A.M., Kavaleuski A.A., Gilep A.A., Moskovkina T.V., Medvedev A.E., Ivanov A.S. (2020) Mechanism of the Affinity-Enhancing Effect of Isatin on Human Ferrochelatase and Adrenodoxin Reductase Complex Formation: Implication for Protein Interactome Regulation, International Journal of Molecular Sciences, 21(20), 7605. DOI:10.3390/ijms21207605

avatar none  Borisov D.V., Veselovsky A.V. (2020) Ligand–Receptor Binding Kinetics in Drug Design, Biochemistry (Moscow) Supplement Series B: Biomedical Chemistry, 14(3), 228-240. DOI:10.1134/S199075082003004X

avatar none  Savosina P., Karasev D., Veselovsky A., Miroshnichenko Yu., Sobolev B. (2020) Functional and structural features of proteins associated with alternative splicing, International Journal of Biological Macromolecules, 147, 513-520. DOI:10.1016/j.ijbiomac.2019.09.241

avatar none  Masamrekh R.A., Kuzikov A.V., Haurychenka Y.I., Shcherbakov K.A., Veselovsky A.V., Filimonov D.A., Dmitriev A.V., Zavialova M.G., Gilep A.A., Shkel T.V., Strushkevich N.V., Usanov S.A., Archakov A.I., Shumyantseva V.V. (2020) In vitro interactions of abiraterone, erythromycin, and CYP3A4: implications for drug–drug interactions, Fundamental & Clinical Pharmacology, 34(1), 120-130. DOI:10.1111/fcp.12497

avatar none  Druzhilovskiy D.S., Stolbov L.A., Savosina P.I., Pogodin P.V., Filimonov D.A., Veselovsky A.V., Stefanisko K., Tarasova N.I., Nicklaus M.C., Poroikov V.V. (2020) Computational Approaches to Identify a Hidden Pharmacological Potential in Large Chemical Libraries, Supercomputing Frontiers and Innovations, 7(3), 57-76. DOI:10.14529/jsfi200306

avatar none  Egorov A., Rubtsova M.,Grigorenko V., Uporov I., Veselovsky A. (2019) The Role of the omega-Loop in Regulation of the Catalytic Activity of TEM-Type beta -Lactamases, Biomolecules, 9(12), 854. DOI:10.3390/biom9120854

avatar none  Masamrekh R., Kuzikov A., Veselovsky A., Toropygin I., Shkel T., Strushkevich N., Gilep A., Usanov S., Archakov A., Shumyantseva V. (2018) Interaction of 17α-hydroxylase, 17(20)-lyase (CYP17A1) inhibitors – abiraterone and galeterone – with human sterol 14α-demethylase (CYP51A1), Journal of inorganic Biochemistry, 186, 24-33. DOI:10.1016/j.jinorgbio.2018.05.010

avatar none  Kugaevskaya E.V., Veselovsky A.V., Indeykina M.I, Solovyeva N.I., Zharkova M.S., Popov I.A., Nikolaev E.N., Mantsyzov A.B., Makarov A.A., Kozin S.A. (2018) N-domain of angiotensin-converting enzyme hydrolyzes human and rat amyloid-β(1-16) peptides as arginine specific endopeptidase potentially enhancing risk of Alzheimer’s disease, Scientific Reports, 8, 298. DOI:10.1038/s41598-017-18567-5

avatar none  Grigorenko V., Uporov I., Rubtsova M., Andreeva I., Shcherbinin D., Veselovsky A., Serova O., Ulyashova M., Ishtubaev I., Egorov A. (2018) Mutual influence of secondary and key drug-resistance mutations on catalytic properties and thermal stability of TEM-type β-lactamases, FEBS Open Bio, 8(1), 117-129. DOI:10.1002/2211-5463.12352

avatar none  Karasev D.А., Veselova D.A., Veselovsky A.V., Sobolev B.N., Zgoda V.G., Archakov A.I. (2018) Spatial features of proteins related to their phosphorylation and associated structural changes, Proteins: Structure, Function and Bioinformatics, 86(1), 13-20. DOI:10.1002/prot.25397

avatar none  Tarasova O., Poroikov V., Veselovsky A. (2018) Molecular docking studies of HIV-1 resistance to reverse transcriptase inhibitors: mini-review, Molecules, 23(5), 1233. DOI:10.3390/molecules23051233

avatar none  Chirkova Z.V., Kabanova M.V., Filimonov S.I., Abramov I.G., Petzer A., Engelbrecht I., Petzer J.P., Suponitsky K. Yu., Veselovsky A.V. (2018) An investigation of the monoamine oxidase inhibition properties of pyrrolo[3,4-f]indole-5,7-dione and indole-5,6-dicarbonitrile derivatives, Drug Development Research, 79(2), 81-93. DOI:10.1002/ddr.21425

avatar none  Shcherbinin D.S., Rubtsova M.Yu., Grigorenko V.G., Uporov I.V., Veselovsky A.V., Egorov A.M. (2017) The study of the role of mutations M182T and Q39K in the TEM-72 β-lactamase structure by the molecular dynamics method, Biochemistry (Moscow) Supplement Series B: Biomedical Chemistry, 11(2), 120-127. DOI:10.1134/S1990750817020056

avatar none  Karasev D.A., Veselovsky A.V., Oparina N.Yu., Filimonov D.A., Sobolev B.N. (2016) Prediction of amino acid positions specific for functional groups in a protein family based on local sequence similarity, Journal of Molecular Recognition : JMR, 29(4), 159-169. DOI:10.1002/jmr.2515

avatar none  Щербинин Д.С., Рубцова М.Ю., Григоренко В.Г., Упоров И.В., Веселовский А.В., Егоров А.М. (2016) Изучение роли мутаций M182T и Q39K в структуре бета-лактамазы TEM-72 методом молекулярной динамики, Биомедицинская химия, 62(5), 527-534. DOI:10.18097/PBMC20166205527

avatar none  Kostin V.A., Zolottsev V.A., Kuzikov A.V., Masamrekh R.A., Shumyantseva V.V., Veselovsky A.V., Stulov S.V., Novikov R.A., Timofeev V.P., Misharin A.Y. (2016) Oxazolinyl derivatives of [17(20)E]-21-norpregnene differing in the structure of A and B rings. Facile synthesis and inhibition of CYP17A1 catalytic activity, Steroids, 115, 114-122. DOI:10.1016/j.steroids.2016.06.002

avatar none  Severina I.S., Fedchenko V.I., Veselovsky A.V., Medvedev A.E. (2016) The history of renalase from amine oxidase to α-NAD(P)H-oxidase/anomerase, Biochemistry (Moscow) Supplement Series B: Biomedical Chemistry, 10(2), 97-109. DOI:10.1134/S1990750816020098

avatar none  Веселовский А.В., Иванов А.С., Медведев А.Е. (2015) Компьютерное моделирование моноаминоксидаз, Биомедицинская химия, 61(2), 265-271. DOI:10.18097/PBMC20156102265

avatar none  Fedchenko V.I., Buneeva O.A., Kopylov A.T., Veselovsky A.V., Zgoda V.G., Medvedev A.E. (2015) Human urinary renalase lacks the N-terminal signal peptide crucial for accommodation of its FAD cofactor, International Journal of Biological Macromolecules, 78, 347-353. DOI:10.1016/j.ijbiomac.2015.04.023

avatar none  Shcherbinin D.S., Gnedenko O.V., Khmeleva S.A., Usanov S.A., Gilep A.A., Yantsevich A.V., Shkel T.V., Yushkevich I.V., Radko S.P., Ivanov A.S., Veselovsky A.V., Archakov A.I. (2015) Computer-aided design of aptamers for cytochrome p450, Journal of Structural Biology, 191(2), 112-119. DOI:10.1016/j.jsb.2015.07.003

avatar none  Veselovsky A.V., Zharkova M.S., Poroikov V.V., Nicklaus M.C. (2014) Computer-aided design & discovery of protein-protein interaction inhibitors as agents for anti-HIV therapy, SAR and QSAR in Environmental Research, 25(6), 457-471. DOI:10.1080/1062936X.2014.898689

avatar none  Соболев Б.Н., Веселовский А.В., Поройков В.В. (2014) Предсказание посттрансляционных модификаций в белках: основные направления и методы, Успехи химии, 83(2), 143-154. DOI:10.1070/RC2014v083n02ABEH004377

avatar none  Zharkova M.S., Sobolev B.N., Oparina N.Yu., Veselovsky A.V., Archakov A.I. (2013) Prediction of amino acid residues participated in substrate recognition by cytochrome P450 subfamilies with broad substrate specificity, Journal of Molecular Recognition : JMR, 26(2), 86-91. DOI:10.1002/jmr.2251

avatar none  Suprun E.V., Zharkova M.S., Morozevich G.E., VeselovskyA.V., Shumyantseva V.V., Archakov A.I. (2013) Analysis of redox activity of proteins on the carbon screen printed electrodes, Electroanalysis, 25(9), 2109-2116. DOI:10.1002/elan.201300248

avatar none  Медведев А.Е., Веселовский А.В., Федченко В.И. (2010) Реналаза - новый секреторный фермент, осуществляющий селективную деградацию катехоламинов: достижения и проблемы (обзор), Биохимия, 75(8), 1045-1054. DOI:10.1134/S0006297910080018

avatar none  Veselovsky A.V., Sobolev B.N., Zharkova M.S., Archakov A.I. (2010) Computer-based substrate specificity prediction for cytochrome P450, Biochemistry (Moscow) Supplement Series B: Biomedical Chemistry, 4(1), 75-81. DOI:10.1134/S1990750810010105

avatar none  Veselovsky A.V., Archakov A.I. (2007) Inhibitors of protein-protein interactions as potential drugs, Current Computer-Aided Drug Design, 3(1), 51-58. DOI:10.2174/157340907780058754

avatar none  Ivanov A.S., Veselovsky A.V., Dubanov A.V., Skvortsov V.S. (2006) Bioinformatics platform development: from gene to lead compound, Methods in Molecular Biology, 316, 389-431. DOI:10.1385/1-59259-964-8:389

avatar none  Veselovsky A.V., Ivanov A.S., Medvedev A.E. (2004) Computer Modelling and Visualization of Active Site of Monoamine Oxidases, NeuroToxicology, 25(1-2), 37-46. DOI:10.1016/S0161-813X(03)00087-1

avatar none  Archakov A.I., Govorun V.M., Dubanov A.V., Ivanov Y.D., Veselovsky A.V., Lewi P., Janssen P. (2003) Protein-protein interactions as a target for drugs in proteomics, Proteomics, 3(4), 380-391. DOI:10.1002/pmic.200390053

avatar none  Северина И.С., Аксенова Л.Н., Веселовский А.В., Пятакова Н.В., Бунеева О.А., Иванов А.С., Медведев А.Е. (2003) Неселективное ингибирование моноаминоксидаз а и б активаторами растворимой гуанилатциклазы, Биохимия, 68(9), 1280-1286. DOI:10.1023/A:1026029000085

avatar none  Veselovsky A.V., Ivanov A.S. (2003) Strategy of computer-aided drug design, Current Drug Targets - Infectious Disorders, 3(1), 33-40. DOI:10.2174/1568005033342145

avatar none  Veselovsky A.V., Ivanov Y.D., Ivanov A.S., Archakov A.I., Lewi P., Janssen P. (2002) Protein-protein interactions: mechanisms and modification by drugs, Journal of Molecular Recognition : JMR, 15(6), 405-422. DOI:10.1002/jmr.597