Группа медицинской геномики
Сотрудники
|
Чеботарёва Анастасия Александровна eLibraryID
|
ОСНОВНЫЕ НАПРАВЛЕНИЯ ИССЛЕДОВАНИЙ И РАЗРАБОТОК
-
Группа медицинской геномики входит в состав Лаборатории анализа постегеномных данных. Группа изучает применение данных геномики и транскриптомики для персонализированной онкологии и медицинской генетике. Область интересов включает онкогеномику и исследования многофакторных и орфанных заболеваний.
- Разработан способ дифференциальной диагностики рака молочной железы на основе анализа циркулирующей опухолевой ДНК. Создаются генетические тест-системы для оценки риска возникновения инфаркта миокарда, ишемического инсульта и преэклампсии. Разработано ПО для аннотации генетических вариантов для целей персонализированной онкологии.
Levitsky L.I., Ivanov M.V., Goncharov A.O., Kliuchnikova A.A., Bubis Ju.A., Lobas A.A., Solovyeva E.M., Pyatnitskiy M.A., Ovchinnikov R.K., Kukharsky M.S., Farafonova T.E., Novikova S.E., Zgoda V.G., Tarasova I.A., Gorshkov M.V., Moshkovskii S.A. (2023) Massive Proteogenomic Reanalysis of Publicly Available Proteomic Datasets of Human Tissues in Search for Protein Recoding via Adenosine-to-Inosine RNA Editing, Journal of Proteome Research, 22(6), 1695-1711. DOI:10.1021/acs.jproteome.2c00740
Arzumanian V., Pyatnitskiy M., Poverennaya E. (2023) Comparative Transcriptomic Analysis of Three Common Liver Cell Lines, International Journal of Molecular Sciences, 24(10), 8791. DOI:10.3390/ijms24108791
Nikitina A.S., Goncharov A.O., Kliuchnikova A.A., Pyatnitskiy M.A., Kuznetsova K.G., Anufrieva K.S., Arapidi G.P., Moshkovskii S.A., Lipatova A.V., Hamad A., Vorobyev P.O., Alekseeva O.N., Chumakov P.M., Mahmoud M., Shakiba Y., Ivanov M.V., Tarasova I.A., Gorshkov M.V. (2022) Multiomic Profiling Identified EGF Receptor Signaling as a Potential Inhibitor of Type I Interferon Response in Models of Oncolytic Therapy by Vesicular Stomatitis Virus, International Journal of Molecular Sciences, 23(9), 5244. DOI:10.3390/ijms23095244
Ilgisonis E.V., Pyatnitskiy M.A., Tarbeeva S.N., Aldushin A.A., Ponomarenko E.A. (2022) How to catch trends using MeSH terms analysis?, Scientometrics, 127, 1953-1967. DOI:10.1007/s11192-022-04292-y
Kuznetsova K.G., Levitsky L.I., Pyatnitskiy M.A., Ilina I.Y., Bubis Ju.A., Solovyeva E.M., Zgoda V.G., Gorshkov M.V., Moshkovskii S.A. (2021) Cysteine alkylation methods in shotgun proteomics and their possible effects on methionine residues, Journal of Proteomics, 231, 104022. DOI:10.1016/j.jprot.2020.104022
Kliuchnikova A.A., Goncharov A.O., Levitsky L.I., Pyatnitskiy M.A., Novikova S.E., Kuznetsova K.G., Ivanov M.V., Ilina I.Y., Farafonova T.E., Zgoda V.G., Gorshkov M.V., Moshkovskii S.A. (2020) Proteome-Wide Analysis of ADAR-mediated Messenger RNA Editing During Fruit Fly Ontogeny, Journal of Proteome Research, 19(10), 4046-4060. DOI:10.1021/acs.jproteome.0c00347
Kopylov A.T., Ponomarenko E.A., Ilgisonis E.V., Pyatnitskiy M.A., Lisitsa A.V., Poverennaya E.V., Kiseleva O.I., Farafonova T.E., Tikhonova O.V., Zavialova M.G., Novikova S., Moshkovskii S.A., Radko S.P., Morukov B.V., Grigoriev A.I., Paik Y.K., Salekdeh G.H., Urbani A., Zgoda V.G., Archakov A.I. (2019) 200+ Protein Concentrations in Healthy Human Blood Plasma: Targeted Quantitative SRM SIS Screening of Chromosomes 18, 13, Y and the Mitochondrial Chromosome Encoded Proteome, Journal of Proteome Research, 18(1), 120-129. DOI:10.1021/acs.jproteome.8b00391
Archakov A.I., Aseev A.L., Bykov V.A., Grigoriev A.I., Govorun V.M., Ilgisonis E.V., Ivanov Y.D., Ivanov V.T., Kiseleva O.I., Kopylov A.T., Lisitsa A.V., Mazurenko S.N., Makarov A.A., Naryzhny S.N., Pleshakova T.O., Ponomarenko E.A., Poverennaya E.V., Pyatnitskiy M.A., Sagdeev R.Z., Skryabin K.G., Zgoda V.G. (2019) Challenges of the Human Proteome Project: 10-year Experience of the Russian Consortium, Journal of Proteome Research, 18(12), 4206-4214. DOI:10.1021/acs.jproteome.9b00358
Levitsky L.I., Kliuchnikova A.A., Kuznetsova K.G., Karpov D.S., Ivanov M.V., Pyatnitskiy M.A., Kalinina O.V., Gorshkov M.V., Moshkovskii S.A. (2019) Adenosine-to-Inosine RNA Editing in Mouse and Human Brain Proteomes, Proteomics, 19(23), 1900195. DOI:10.1002/pmic.201900195
Tarkhov A.E., Alla R., Ayyadevara S., Pyatnitskiy M., Menshikov L.I., Shmookler Reis R.J., Fedichev P.O. (2019) A universal transcriptomic signature of age reveals the temporal scaling of Caenorhabditis elegans aging trajectories, Scientific Reports, 9, 7368. DOI:10.1038/s41598-019-43075-z