Лаборатория структурной протеомики
Кайшева Анна Леонидовна ЗАВЕДУЮЩИЙ ЛАБОРАТОРИЕЙ
д.б.н. ResearcherID Scopus ID ORCID eLibraryID |
КОНТАКТЫ |
|
|
|
Куликова Людмила Ивановна к.ф.-м.н. ResearcherID
Scopus ID ORCID eLibraryID |
|
Изотов Александр Анатольевич ResearcherID
Scopus ID ORCID eLibraryID |
|
Петровский Денис Витальевич
ResearcherID
Scopus ID ORCID eLibraryID |
|
Наход Валерия Игоревна
ResearcherID Scopus ID ORCID eLibraryID |
Руднев Владимир Ремович ResearcherID
Scopus ID ORCID eLibraryID |
Букреева Анастасия Сергеевна
ResearcherID
ORCID eLibraryID |
|
Никольский Кирилл Сергеевич ResearcherID
Scopus ID ORCID eLibraryID |
ОСНОВНЫЕ НАПРАВЛЕНИЯ ИССЛЕДОВАНИЙ И РАЗРАБОТОК
Группа биобанкинга входит в состав Национальной ассоциации биобанков и специалистов по биобанкрованию (НАСБИО).
Создание программы «БиоВитрина» для обеспечения доступа сотрудников нашего института к информации об имеющихся биоресурсных коллекциях и клинических данных, а также обмена результатами аналитических исследований. На сегодня мы располагаем всей необходимой инфраструктурой для эффективного взаимодействия с клиническими центрами и научными коллективами.
Создание веб-доступной базы знаний PSSKB для решения медико-биологических задач: изучение молекулярных основ развития заболевания, выявление мишеней белкового происхождения для лекарственных средств и проектирование миметиков (белков с заданными свойствами).
Модулями базы знаний являются:
- база данных аннотированных структурных мотивов, обеспечивающих функциональную специфичность белков. Переход от анализа целых белков к анализу структурных мотивов обеспечивает снижение сложности математических расчетов и повышение производительности структурного анализа;
- сервис быстрого поиска структур с заданными свойствами для создания новых миметиков и выявления антигенных детерминант;
- инструменты структурного анализа модифицированных форм белков: моделирование трехмерной конформации боковых цепей белков для канонических и неканонических аминокислотных остатков.
Масс-спектрометрический анализ образцов биологического происхождения, разработка высокопроизводительных методов количественного детектирования метаболитов и белков для решения следующих задач:
- выявление особенностей изменения метаболитного и белкового состава образцов крови высококвалифицированных спортсменов в ответ на различные варианты физической нагрузки;
- исследование фармакодинамических параметров элиминации лекарственных препаратов в крови;
- прогнозирование ответа больных ревматоидным артритом на лечение генно-инженерными биологическими препаратами и ингибиторами Янус (JAK)-киназ.
Nikolsky K.S., Kopylov A.T., Nakhod V.I., Potoldykova N.V., Enikeev D.V., Butkova T.V., Kulikova L.I., Malsagova K.A., Rudnev V.R., Petrovsky D.V., Izotov A.A., Kaysheva A.L. (2025) Plasma proteome fingerprint in kidney diseases, Frontiers in Molecular Biosciences, 11, 1494779. DOI:10.3389/fmolb.2024.1494779
Petrovskiy D.V., Nikolsky K.S., Kulikova L.I., Rudnev V.R., Butkova T.V., Malsagova K.A., Kopylov A.T., Kaysheva A.L. (2024) PowerNovo: de novo peptide sequencing via tandem mass spectrometry using an ensemble of transformer and BERT models, Scientific Reports, 14(1), 15000. DOI:10.1038/s41598-024-65861-0
Petrovsky D.V., Butkova T.V., Nikolsky K.S., Kopylov A.T., Nakhod V.I., Kulikova L.I., Malsagova K.A., Kibrik N.D., Rudnev V.R., Izotov A.A., Kaysheva A.L. (2024) Extended range proteomic analysis of blood plasma from schizophrenia patients, Frontiers in Molecular Biosciences, 11, 1483933. DOI:10.3389/fmolb.2024.1483933
Nikolsky K.S., Kulikova L.I., Petrovskiy D.V., Rudnev V.R., Butkova T.V., Malsagova K.A., Kopylov A.T., Kaysheva A.L. (2023) Three-helix bundle and SH3-type barrels: autonomously stable structural motifs in small and large proteins, Journal of Biomolecular Structure & Dynamics, 42(17), 9090-9104. DOI:10.1080/07391102.2023.2250450
Petrovskiy D.V., Nikolsky K.S., Rudnev V.R., Kulikova L.I., Butkova T.V., Malsagova K.A., Kopylov A.T., Kaysheva A.L. (2023) Modeling Side Chains in the Three-Dimensional Structure of Proteins for Post-Translational Modifications, International Journal of Molecular Sciences, 24(17), 13431-13431. DOI:10.3390/ijms241713431
Kopylov A.T., Stepanov A.A., Butkova T.V., Malsagova K.A., Zakharova N.V., Kostyuk G.P., Elmuratov A.U., Kaysheva A.L. (2023) Consolidation of metabolomic, proteomic, andGWAS data in connective model of schizophrenia, Scientific Reports, 13(1), 2139. DOI:10.1038/s41598-023-29117-7
Malsagova K.A., Kopylov A.T., Stepanov A.A., Enikeev D.V., Potoldykova N.V., Balakin E.I., Pustovoyt V.I., Kaysheva A.L. (2023) Molecular Profiling of Athletes Performing High-Intensity Exercises in Extreme Environments, Sports, 11(2), 36. DOI:10.3390/sports11020036
Stepanov A.A., Malsagova K.A., Kopylov A.T., Rudnev V.R., Karateev D.E., Markelova E.I., Luchikhina E.L., Borisova E.E., Kaysheva A.L. (2023) Determination of Heterogeneous Proteomic and Metabolomic Response in anti-TNF and anti-IL-6 Treatment of Patients with Rheumatoid Arthritis, Life, 13(2), 596. DOI:10.3390/life13020596
Petrovsky D.V., Pustovoyt V.I., Nikolsky K.S., Malsagova K.A., Kopylov A.T., Stepanov A.A., Rudnev V.R., Balakin E.I., Kaysheva A.L. (2022) Tracking Health, Performance and Recovery in Athletes Using Machine Learning, Sports, 10(10), 160. DOI:10.3390/sports10100160
Kopylov A.T., Petrovsky D.V., Stepanov A.A., Rudnev V.R., Malsagova K.A., Butkova T.V., Zakharova N.V., Kostyuk G.P., Kulikova L.I., Enikeev D.V., Potoldykova N.V., Kulikov D.A., Zulkarnaev A.B., Kaysheva A.L. (2021) Convolutional neural network in proteomics and metabolomics for determination of comorbiity between cancer and schizophrenia, Journal of Biomedical Informatics, 122, 103890. DOI:10.1016/j.jbi.2021.103890
- Петровский Д.В., Никольский К.С., Куликова Л.И., Руднев В.Р., Кайшева А.Л. Способ секвенирования de novo аминокислотных последовательностей. Патент на изобретение, заявка №2024136220 от 2024-12-03.
- Копылов А.Т., Ильгисонис Е.В., Кайшева А.Л., Мошковский С.А, Филимонов А.Д., Ромашова Ю.А., Згода В.Г., Лисица А.В., Арчаков А.И Способ получения аналитической тест-системы для мультиплексной идентификации и количественного измерения содержания интересующих белков в биологическом образце по содержанию соответствующих им протеотипических маркерных пептидов. Патент RU2013134985A от 2016-08-27.
- Иванов Ю. Д., Плешакова Т. О. Мальсагова К. А. Козлов А. Ф., Арчаков А. И., Попов В.П. Способ диагностики рака молочной железы и рака яичников. Патент RU2696114C2 от 2019-07-31.
- Букреева А.С., Мальсагова К.А., Кайшева А.Л., Лисица А.В., Пономаренко Е.А., Киселева О.И. Клинические данные коллекции биологических образцов (сыворотка, плазма крови, биоптаты) биобанка ИБМХ. Свидетельство о государственной регистрации базы данных №2022622579 от 2022-10-20.
- Петровский Д.В., Никольский К.С., Куликова Л.И., Мальсагова К.А., Руднев В.Р., Лисица А.В., Кайшева А.Л. Программа искусственного интеллекта для поиска и сегментации трехмерных белковых структур. Свидетельство о государственной регистрации программы для ЭВМ №022680056 от 2022-10-27.
- Никольский К.С., Петровский Д.В., Куликова Л.И., Мальсагова К.А., Руднев В.Р., Лисица А.В., Кайшева А.Л. Программа автоматизации потоковых молекулярно-динамических расчетов. Свидетельство о государственной регистрации программы для ЭВМ № 2022680148 от 2022-10-27.
- Иванов Ю.Д., Мальсагова К.А., Козлов А.Ф., Попов В.П., Глухов А.В., Романова Т.С., Арчаков А.И. Способ ранней диагностики глиомы. Патент RU2772193C1 от 2022-05-18.
- Букреева А.С., Кайшева А.Л., Лисица А.В., Мальсагова К.А., Пономаренко Е.А. Программное обеспечение для ЭВМ для системы "БиоВитрина". Свидетельство о государственной регистрации базы данных № 2023612736 от 2023-02-07.
- Петровский Д.В., Никольский К.С., Куликова Л.И., Мальсагова К.А., Руднев В.Р., Кайшева А.Л. Программа поиска и выравнивания белковых структур с использованием нейронной сети и структурного алфавита. Свидетельство о государственной регистрации программы для ЭВМ №2023684274 от 2023-11-14..
- Петровский Д.В., Никольский К.С., Куликова Л.И., Мальсагова К.А., Руднев В.Р., Кайшева А.Л. Программа моделирования аминокислотных замен и посттрасляционных модификаций в трехмерных структурах белков. Свидетельство о государственной регистрации программы для ЭВМ №2023654331 от 2023-11-14.