Лаборатория нанобиотехнологии

• ГК 02.740.11.0791 (2010-2013гг.) Методы формирования высокочувствительных нанопроволочных сенсорных систем на основе нанослоев кремния и изолятора для нового поколения медицинских электронных детекторов (биосенсоров). В рамках ФЦП «Научные и научно-педагогические кадры инновационной России».
• Разработка фундаментальных основ детекции единичных молекул белка с помощью АСМ и нанопроводных молекулярных детекторов. 2009-2010гг. РФФИ 09-04-12113-офи_м.
• Построение молекулярных моделей металлсвязывающих фрагментов природных форм бета-амилоида и разработка методики идентификации низкокопийных белков. 2009-2010гг. ГК 02.512.11.2334.
• Выявление и идентификация белков-партнеров цитохром Р4502B4-содержащей монооксигеназной системы в микросомальной фракции с помощью комбинации оптического биосенсора и масс-спектрометра. 2005-2007гг. ГК 05-04-48690-а.
• РФФИ 12-04-31570 мол_а (2012-2013гг.) Разработка метода визуализации и идентификации низкокопийных белков на основе комбинации АСМ-фишинга и масс-спектрометрического анализа.
• ГК 14.512.11.0018 (2013г.) Разработка мультиплексной тест-системы для выявления многофакторных протеинопатий, лежащих в основе онкологических заболеваний, с помощью АСМ-чипов и масс-спектрометрической идентификации. В рамках ФЦП «Исследования и разработки по приоритетным направлениям развития научно-технологического комплекса России на 2007-2013 годы».
• Грант по заявке № 2012-1.3.1-12-000-2008-013 (Соглашение № 8717 в рамках федеральной целевой программы «Научные и научно-педагогические кадры инновационной России» на 2009-2013 годы). Разработка метода регистрации и идентификации белков 18-й хромосомы на основе комбинации методов АСМ-химического фишинга и таргетной масс-спектрометрии.
• РФФИ 15-04-08368 А (2015-2017 гг.) Высокочувствительная детекция белков c использованием электрокинетических эффектов при АСМ-фишинге.
• РНФ 14-25-00132 (2017-2018 гг.). Хромосомоцентричная таргетная протеомика белков плазмы крови человека.

• Высокоскоростной атомно-силовой микроскоп Dimension FastScan Bio™ (Bruker, США)
• Среднескоростной атомно-силовой микроскоп TITANIUM (NT-MDT, Россия)
• Атомно-силовые микроскопы, NTEGRA (NT-MDT, Россия), Agilent 5500 (США), Nanoscope IVa (Veeco, США)
• Высокоскоростной атомно-силовой микроскоп RIBM (Япония)
• Сканирующий электронный микроскоп S-5500 (Hitachi, Япония)
• Нанопроволочный молекулярный детектор (совместно с ИФП СО РАН)
• Масс-спеткрометр Autoflex III (Bruker, ФРГ);
• Масс-спеткрометр Orbitrap Velos и инжекторная приставка MALDI/ESI к масс-спектрометру
• Роботизированная ультравысокоточная система (споттер) iONE-600 (M2-Automation GmbH, Берлин, ФРГ)
• • Роботизированная высокоточная система Piezorray (Perkin Elmer, США).

  Gordeeva A.I., Valueva A.A., Rybakova E.E., Ershova M.O., Shumov I.D., Kozlov A.F., Ziborov V.S., Kozlova A.S., Zgoda V.G., Ivanov Y.D., Ilgisonis E.V., Kiseleva O.I., Ponomarenko E.A., Lisitsa A.V., Archakov A.I., Pleshakova T.O. (2024) MS Identification of Blood Plasma Proteins Concentrated on a Photocrosslinker-Modified Surface, International Journal of Molecular Sciences, 25(1), 409. DOI:10.3390/ijms25010409

  Gordeeva A.I., Valueva A.A., Ershova M.O., Rybakova E.E., Shumov I.D., Kozlov A.F., Ziborov V.S., Zavialova M.G., Zgoda V.G., Ivanov Y.D., Archakov A.I., Pleshakova T.O. (2023) Mass Spectrometric Identification of BSA Covalently Captured onto a Chip for Atomic Force Microscopy, International Journal of Molecular Sciences, 24(10), 8999. DOI:10.3390/ijms24108999

  Ivanov Y.D., Ableev A.N., Shumov I.D., Ivanova I.A., Vaulin N.V., Lebedev D.V., Bukatin A.S., Mukhin I.S., Archakov A.I. (2023) Registration of Functioning of a Single Horseradish Peroxidase Macromolecule with a Solid-State Nanopore, International Journal of Molecular Sciences, 24(21), 15636. DOI:10.3390/ijms242115636

  Pleshakova T.O., Ivanov Y.D., Valueva A.A., Shumyantseva V.V., Ilgisonis E.V., Ponomarenko E.A., Lisitsa A.V., Chekhonin V.P., Archakov A.I. (2023) Analysis of Single Biomacromolecules and Viruses: Is It a Myth or Reality?, International Journal of Molecular Sciences, 24(3), 1877. DOI:10.3390/ijms24031877

  Kraevsky S.V., Ivanova I.A., Kanashenko S.L., Shumov I.D., Ryazantsev I.A., Tereshkina Yu.A., Kostryukova L.V., Romashova Yu.A., Pleshakova T.O. (2023) Nanoform of Phospholipid Composition: Investigation of the Morphological Features by Atomic Force Microscopy, International Journal of Molecular Sciences, 24(20), 15338. DOI:10.3390/ijms242015338

  Filippova T.A., Masamrekh R.A., Shumyantseva V.V., Latsis I.A., Farafonova T.E., Ilina I.Y., Kanashenko S.L., Moshkovskii S.A., Kuzikov A.V. (2023) Electrochemical biosensor for trypsin activity assay based on cleavage of immobilized tyrosine-containing peptide, Talanta, 257, 124341. DOI:10.1016/j.talanta.2023.124341

  Ershova M.O., Taldaev A., Konarev P.V., Peters G.S., Valueva A.A., Ivanova I.A., Kraevsky S.V., Kozlov A.F., Ziborov V.S., Ivanov Yu.D., Archakov A.I., Pleshakova T.O. (2023) Selection of Aptamers for Use as Molecular Probes in AFM Detection of Proteins, Biomolecules, 13(12), 1776. DOI:10.3390/biom13121776

  Kaysheva A.L., Frantsuzov P.A., Kopylov A.T., Pleshakova T.O., Stepanov A.A., Malsagova K.A., Archakov A.I., Ivanov Y.D. (2021) Mass Spectrometric Identification of Proteins Enhanced by the Atomic Force Microscopy Immobilization Surface, International Journal of Molecular Sciences, 22(1), 431. DOI:10.3390/ijms22010431

  Goryanin I., Karbainov S., Shevelev O., Tarakanov A., Redpath K., Vesnin S., Ivanov Yu. (2020) Passive microwave radiometry in biomedical studies, Drug Discovery Today, 25(4), 757-763. DOI:10.1016/j.drudis.2020.01.016

  Archakov A.I., Aseev A.L., Bykov V.A., Grigoriev A.I., Govorun V.M., Ilgisonis E.V., Ivanov Y.D., Ivanov V.T., Kiseleva O.I., Kopylov A.T., Lisitsa A.V., Mazurenko S.N., Makarov A.A., Naryzhny S.N., Pleshakova T.O., Ponomarenko E.A., Poverennaya E.V., Pyatnitskiy M.A., Sagdeev R.Z., Skryabin K.G., Zgoda V.G. (2019) Challenges of the Human Proteome Project: 10-year Experience of the Russian Consortium, Journal of Proteome Research, 18(12), 4206-4214. DOI:10.1021/acs.jproteome.9b00358