Лаборатория исследования единичных биомакромолекул

• Определение характеристик биомакромолекул (размеры, жесткость, особенности структуры) по АСМ-данным
• АСМ-фишинг: концентрирование биомакромолекул из разбавленных биологических образцов и модельных растворов на поверхностях
• Реконструкция работы ферментных систем на поверхности и определение их функциональных свойств по АСМ-данным
• Масс-спектрометрическая идентификация биомакромолекул, сконцентрированных на поверхностях в результате АСМ-фишинга
• Детекция биомакромолекул с использованием нанопроводных технологий
• Разработка теоретических моделей, описывающих поведение биомакромолекул на поверхностях и в растворах

Определение активности фермента в присутствии субстрата по изменению высот

Фишинг биомакромолекул из исследуемого образца с последующим АСМ/МС-анализом

• Микроскоп атомно-силовой сканирующий зондовый Dimension FastScan (Bruker)
• Автоматизированный микроскоп для визуализации биологических объектов SOLVER NEXT TITANIUM (NT-MDT)
• Атомно-силовой микроскоп NEXT II (NT-MDT)
• Установка магнетронного напыления Orion-3 (AJA Inc)
• Установка для обработки поверхности слюды в тлеющем разряде MPC DC-12 (GN tech)
• Установка модификации поверхности слюды в высокочастотной плазме водяных паров PlasmaLab-100
• Сканирующий электронный микроскоп S-5500 (Hitachi)
• Времяпролетный масс-спектрометр Autoflex III MALDI TOF/TOF (Bruker)
• Масс-спектрометр Orbitrap Velos и инжекторная приставка MALDI/ESI к масс-спектрометру (Thermo Scientific)
• ИС-20СД с виброизоляционной платформой (ООО "РИКОмед", ООО "Лаборатория прецизионной механики и оптики")

  Gordeeva A.I., Valueva A.A., Rybakova E.E., Ershova M.O., Shumov I.D., Kozlov A.F., Ziborov V.S., Kozlova A.S., Zgoda V.G., Ivanov Y.D., Ilgisonis E.V., Kiseleva O.I., Ponomarenko E.A., Lisitsa A.V., Archakov A.I., Pleshakova T.O. (2024) MS Identification of Blood Plasma Proteins Concentrated on a Photocrosslinker-Modified Surface, International Journal of Molecular Sciences, 25(1), 409. DOI:10.3390/ijms25010409

  Kraevsky S.V., Ivanova I.A., Kanashenko S.L., Shumov I.D., Ryazantsev I.A., Tereshkina Yu.A., Kostryukova L.V., Romashova Yu.A., Pleshakova T.O. (2023) Nanoform of Phospholipid Composition: Investigation of the Morphological Features by Atomic Force Microscopy, International Journal of Molecular Sciences, 24(20), 15338. DOI:10.3390/ijms242015338

  Gordeeva A.I., Valueva A.A., Ershova M.O., Rybakova E.E., Shumov I.D., Kozlov A.F., Ziborov V.S., Zavialova M.G., Zgoda V.G., Ivanov Y.D., Archakov A.I., Pleshakova T.O. (2023) Mass Spectrometric Identification of BSA Covalently Captured onto a Chip for Atomic Force Microscopy, International Journal of Molecular Sciences, 24(10), 8999. DOI:10.3390/ijms24108999

  Pleshakova T.O., Ivanov Y.D., Valueva A.A., Shumyantseva V.V., Ilgisonis E.V., Ponomarenko E.A., Lisitsa A.V., Chekhonin V.P., Archakov A.I. (2023) Analysis of Single Biomacromolecules and Viruses: Is It a Myth or Reality?, International Journal of Molecular Sciences, 24(3), 1877. DOI:10.3390/ijms24031877

  Ershova M.O., Taldaev A., Konarev P.V., Peters G.S., Valueva A.A., Ivanova I.A., Kraevsky S.V., Kozlov A.F., Ziborov V.S., Ivanov Yu.D., Archakov A.I., Pleshakova T.O. (2023) Selection of Aptamers for Use as Molecular Probes in AFM Detection of Proteins, Biomolecules, 13(12), 1776. DOI:10.3390/biom13121776

  Ivanova I.A., Ershova M.O., Shumov I.D., Valueva A.A., Ivanov Y.D., Pleshakova T.O. (2022) Atomic Force Microscopy Study of the Temperature and Storage Duration Dependencies of Horseradish Peroxidase Oligomeric State, Biomedicines, 10(10), 2645. DOI:10.3390/biomedicines10102645

  Kanashenko S.L., Galiullin R.A., Shumov I.D., Ivanova I.A., Ivanov Y.D., Kozlov A.F., Ziborov V.S., Ableev A.N., Pleshakova T.O. (2022) The Use of Excess Electric Charge for Highly Sensitive Protein Detection: Proof of Concept, Electronics, 11(13), 1955. DOI:10.3390/electronics11131955

  Kaysheva A.L., Frantsuzov P.A., Kopylov A.T., Pleshakova T.O., Stepanov A.A., Malsagova K.A., Archakov A.I., Ivanov Y.D. (2021) Mass Spectrometric Identification of Proteins Enhanced by the Atomic Force Microscopy Immobilization Surface, International Journal of Molecular Sciences, 22(1), 431. DOI:10.3390/ijms22010431

  Valueva A.A., Shumov I.D., Kaysheva A.L., Ivanova I.A., Ziborov V.S., Ivanov Yu.D., Pleshakova T.O. (2020) Covalent Protein Immobilization onto Muscovite Mica Surface with a Photocrosslinker, Minerals, 10(1), 464. DOI:10.3390/min10050464

  Pleshakova T.O., Bukharina N.S., Archakov A.I., Ivanov Yu.D. (2018) Atomic Force Microscopy for Protein Detection and Their Physicochemical Characterization, International Journal of Molecular Sciences, 19(4), 1142. DOI:10.3390/ijms19041142