Федеральное государственное бюджетное научное учреждение
«Научно-исследовательский институт биомедицинской химии имени В.Н. Ореховича»

Лаборатория интерактомики протеоформ

Поверенная Екатерина Владимировна ЗАВЕДУЮЩАЯ ЛАБОРАТОРИЕЙ
к.б.н.
ResearcherID
Scopus ID
ORCID
eLibraryID
КОНТАКТЫ

Киселева Ольга Игоревна к.б.н. ResearcherID
Scopus ID
ORCID
eLibraryID
Чернобровкин Алексей Леонидович к.б.н. Scopus ID
ORCID
eLibraryID

Арзуманян Виктория Арменовна ResearcherID
ORCID



Курбатов Илья Юрьевич




Долгаев Георгий Владимирович




В начале 2020 года группа интерактомики протеоформ, входившая в состав лаборатории анализа постгеномных данных, была преобразована в отдельную структурную единицу. Основная тематика лаборатории – функциональное описание протеоформ на основе мультиомиксных данных.

ОСНОВНЫЕ НАПРАВЛЕНИЯ ИССЛЕДОВАНИЙ И РАЗРАБОТОК

avatar none Экспериментальная оценка гетерогенности протеома и метаболома для разных органов и тканей при различных состояниях организма

avatar none Построение интерактомных карт на основе результатов геномных и постгеномных экспериментов

avatar none Получение белковых комплексов протеоформ с помощью методов геномного редактирования на основе CRISPR-Cas систем

avatar none Масс-спектрометрический анализ белок-белковых и белок-метаболитных комплексов

avatar none Разработка методов детекции низкокопийных белков (в т.ч. ‘missing’ proteins) в биообразцах

ОБРАЗОВАТЕЛЬНАЯ ДЕЯТЕЛЬНОСТЬ

В рамках сотрудничества с Тюменским государственным университетом (ТюмГУ) сотрудники лаборатории читают курсы по молекулярной и системной биологии, протеомике и пептидомике студентам магистратуры по направлению «математическая биология, биоинформатика». Осуществляется выполнение курсовых и дипломных работ студентами ТюмГУ, МГУ и МФТИ.

avatar none  Krasnov G., Shkrigunov T., Radko S., Ptitsyn K., Shapovalova V., Timoshenko O., Khmeleva S., Kurbatov L., Kiseleva Y., Ilgisonis E., Kiseleva O., Vakhrushev I., Tsvetkova A., Buromski I., Markin S., Archakov A., Lisitsa A., Ponomarenko E. (2021) Human Chr18 transcriptome dataset combined from the Illumina HiSeq, ONT MinION, and qPCR data, Data in Brief, 36, 107130. DOI:10.1016/j.dib.2021.107130

avatar none  Дейниченко К.А., Краснов Г.С., Радько С.П., Птицын К.Г., Шаповалова В.В., Тимошенко О.С., Хмелева С.А., Курбатов Л.К., Киселева Я.Я., Ильгисонис Е.В., Пятницкий М.А., Поверенная Е.В., Киселева О.И., Вахрушев И.В., Цветкова А.В., Буромский И.В., Маркин С.С., Згода В.Г., Арчаков А.И., Лисица А.В., Пономаренко Е.А. (2021) Гены «стахановцы» 18 хромосомы человека, отсутствующие белки и не охарактеризованные белки в ткани печени и клеточной линии HepG2, Biomedical Chemistry: Research and Methods, 4(1), e00144. DOI:10.18097/BMCRM00144

avatar none  Kiseleva O.I., Arzumanian V.A., Poverennaya E.V., Pyatnitskiy M.A., Ilgisonis E.V., Zgoda V.G., Plotnikova O.A., Sharafetdinov K.K., Lisitsa A.V., Tutelyan V.A., Nikityuk D.B., Archakov A.I., Ponomarenko E.A. (2021) Does Proteomic Mirror Reflect Clinical Characteristics of Obesity?, Personalized Medicine, 11(2), 64. DOI:10.3390/jpm11020064

avatar none  Ilgisonis E.V., Vavilov N., Ponomarenko E., Lisitsa A., Poverennaya E., Zgoda V., Radko S.P., Archakov A. (2021) Genome of the single human chromosome 18 as a "gold standard" for its transcriptome, Frontiers in Genetics, 12, 674534. DOI:10.3389/fgene.2021.674534

avatar none  Курбатов Л.К., Радько С.П., Кравченко С.В., Киселёва О.И., Дурманов Н.Д., Лисица А.В. (2020) Одностадийная очистка CRISPR-нуклеазы Cas13a методом металл-хелатной хроматографии после гетерологичной экспрессии с сохранением коллатеральной рибонуклеазной активности, Прикладная биохимия и микробиология, 56(6), 587-594. DOI:10.31857/S0555109920060070

avatar none  Kiseleva O., Zgoda V., Naryzhny S., Poverennaya E. (2020) Empowering Shotgun Mass Spectrometry with 2DE: A HepG2 Study, International Journal of Molecular Sciences, 21(11), 3813. DOI:10.3390/ijms21113813

avatar none  Dyshlovoy S., Kaune M., Hauschild J., Kriegs M., Hoffer K., Busenbender T., Smirnova P., Zhidkov M., Poverennaya E., Oh-Hohenhorst S., Spirin P., Prassolov V., Tilki D., Bokemeyer C, Graefen M, Amsberg G. (2020) Efficacy and Mechanism of Action of Marine Alkaloid 3,10-Dibromofascaplysin in Drug-Resistant Prostate Cancer Cells, Marine Drugs, 18(12), 609. DOI:10.3390/md18120609

avatar none  Ilgisonis E.V., Kiseleva O.I., Lisitsa A.V., Poverennaya E.V., Toporkova M.N., Ponomarenko E.A. (2020) Medical Subject Headings for the Scientific Groups Evolution Analysis on the Example of Academician A.I. Archakov’s Scientific School, Biochemistry (Moscow) Supplement Series B: Biomedical Chemistry, 14(3), 193-203. DOI:10.1134/S1990750820030051

avatar none  Poverennaya E., Kiseleva O., Ilgisonis E., Novikova S., Kopylov A., Ivanov Y., Kononikhin A., Gorshkov M., Kushlinskii N., Archakov A., Ponomarenko E. (2020) Is It Possible to Find Needles in a Haystack? Meta-Analysis of 1000+ MS/MS Files Provided by the Russian Proteomic Consortium for Mining Missing Proteins, Proteomes, 8(2), 12. DOI:10.3390/proteomes8020012

avatar none  Poverennaya E., Kiseleva O., Romanova A., Pyatnitskiy M. (2020) Predicting Functions of Uncharacterized Human Proteins: From Canonical to Proteoforms, Genes, 1(6), 677. DOI:10.3390/genes11060677