Лаборатория интерактомики протеоформ

Поверенная Екатерина Владимировна ЗАВЕДУЮЩАЯ ЛАБОРАТОРИЕЙ к.б.н. ResearcherID Scopus ID ORCID eLibraryID

КОНТАКТЫ

Киселева Ольга Игоревна к.б.н. ResearcherID Scopus ID ORCID eLibraryID	Курбатов Илья Юрьевич ResearcherID ORCID eLibraryID	Арзуманян Виктория Арменовна ResearcherID Scopus ID ORCID eLibraryID
Ихалайнен Юрий Андреевич	Крюкова Полина Андреевна

ОСНОВНЫЕ НАПРАВЛЕНИЯ ИССЛЕДОВАНИЙ И РАЗРАБОТОК

• Экспериментальная оценка гетерогенности протеома и метаболома для разных органов и тканей при различных состояниях организма
• Построение интерактомных карт на основе результатов геномных и постгеномных экспериментов
• Получение белковых комплексов протеоформ с помощью методов геномного редактирования на основе CRISPR-Cas систем
• Масс-спектрометрический анализ белок-белковых и белок-метаболитных комплексов
• Разработка методов детекции низкокопийных белков (в т.ч. ‘missing’ proteins) в биообразцах

В начале 2020 года группа интерактомики протеоформ, входившая в состав лаборатории анализа постгеномных данных, была преобразована в отдельную структурную единицу.

Основная тематика лаборатории – функциональное описание протеоформ на основе мультиомиксных данных. Задача выявления и доказательства функции белка требует многомерного анализа геномных и постгеномных данных, сопоставления с другими организмами, моделирования сложных экспериментов и их реализации на живых системах. При этом текущие знания о функции белков относятся к, так называемой, мастерной форме белка (Poverennaya et al., 2016), или же характеристике гена в случае предсказывание функции по гомологии (Jiang et al., 2016, Zhang et al., 2017). Сами сведения о функции зачастую носят фрагментарный характер (Poverennaya et al., 2020a), и даже хорошо изученные консервативные по своей функциональной роли белки могут иметь дополнительные свойства (Attar et al., 2020; Drakeford et al., 2022).

С одного гена может быть транслировано до 100 различных протеоформ - белковых форм, образованных в результате одноаминокислотных замен, альтернативного сплайсинга и др. процессов. При этом, информация о роли конкретных протеоформ в клеточных процессах практически отсутствует (Poverennaya et al., 2020b).

На основе построения белок-белковых и белок-метаболитных карт с учетом экспрессии и трансляции конкретных протеоформ, их теггированию, мы надеемся расширить имеющиеся сведения о генах и их реализации.

ОБРАЗОВАТЕЛЬНАЯ ДЕЯТЕЛЬНОСТЬ

В рамках сотрудничества с Тюменским государственным университетом (ТюмГУ) сотрудники лаборатории читают курсы по молекулярной и системной биологии, протеомике и пептидомике студентам магистратуры по направлению «математическая биология, биоинформатика». Осуществляется выполнение курсовых и дипломных работ студентами ТюмГУ, МГУ и МФТИ.